PDB-9c79: Human monoclonal antibody MAD21-101 bound to the N-terminus of cl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c79

タイトル

Human monoclonal antibody MAD21-101 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein

要素

(Monoclonal antibody MAD21-101 Fab ...) x 2
Circumsporozoite protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / malaria

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Moskovitz, R. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Protective antibodies target cryptic epitope unmasked by cleavage of malaria sporozoite protein.
著者: Dacon, C. / Moskovitz, R. / Swearingen, K. / Da Silva Pereira, L. / Flores-Garcia, Y. / Aleshnick, M. / Kanatani, S. / Flynn, B. / Molina-Cruz, A. / Wollenberg, K. / Traver, M. / Kirtley, P. ...

履歴

登録	2024年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c79.cif.gz	241.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c79.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c79.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/9c79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/9c79	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9c7dC 9c7fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Monoclonal antibody MAD21-101 Fab Heavy Chain

L: Monoclonal antibody MAD21-101 Fab Light Chain

D: Circumsporozoite protein

ヘテロ分子

50.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Monoclonal antibody MAD21-101 Fab Heavy Chain

L: Monoclonal antibody MAD21-101 Fab Light Chain

D: Circumsporozoite protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.493, 73.892, 86.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.132, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-538- HOH

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	Monoclonal antibody MAD21-101 Fab Heavy Chain 分子量: 24225.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Monoclonal antibody MAD21-101 Fab Light Chain 分子量: 23964.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 D

#3: タンパク質・ペプチド

Circumsporozoite protein / CS / PfCSP

分子量: 1828.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q7K740

#4: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 429分子

#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→42 Å / Num. obs: 81657 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.92 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 1.46→1.48 Å / R_merge(I) obs: 1.223 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4113 / CC_1/2: 0.362 / R_pim(I) all: 0.625

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5127	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.46→41.98 Å / SU ML: 0.2044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5792
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	4058	4.98 %
R_work	0.1733	77465	-
obs	0.1746	81523	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→41.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3497	0	56	421	3974

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	3784
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.067	5181
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0877	602
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	666
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2537	1370

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.46-1.48	0.4584	124	0.4146	2323	X-RAY DIFFRACTION	86.74
1.48-1.5	0.3722	135	0.3655	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.5-1.51	0.3498	149	0.331	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.51-1.53	0.3644	129	0.2925	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.53-1.56	0.2882	139	0.2645	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.56-1.58	0.3024	160	0.2502	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.58-1.6	0.2469	140	0.2385	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.6-1.63	0.2854	148	0.2375	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.63-1.65	0.2713	128	0.2342	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.65-1.68	0.2633	137	0.2252	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.68-1.71	0.2724	152	0.2291	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.71-1.74	0.2632	124	0.2064	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.74-1.78	0.2421	131	0.194	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.78-1.82	0.2085	137	0.1848	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.86	0.2188	147	0.1808	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.86-1.91	0.1991	130	0.1723	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.91-1.96	0.176	131	0.1638	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.96-2.02	0.1963	124	0.166	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.02-2.08	0.2317	134	0.1643	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.08-2.16	0.2041	121	0.1627	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.24	0.2014	163	0.1523	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.24-2.35	0.1943	144	0.1531	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.47	0.1884	149	0.1545	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.62	0.1691	150	0.1537	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.83	0.1793	146	0.1591	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.11	0.1977	138	0.1566	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.56	0.1625	143	0.1556	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-4.48	0.1572	152	0.1414	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-41.98	0.1774	153	0.1692	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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