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- PDB-9c75: The crystal structure of HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c75
タイトルThe crystal structure of HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II G34U mutant in complex with a Fab
要素
  • BL3-6 Fab Heavy Chain
  • BL3-6 Fab Light Chain
  • Rev Response Element
キーワードRNA/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Replication / Fab / Chaperone / Rev response element / RNA / RNA-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Ojha, M. / Koirala, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170660-01/SUBK00019302 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II G34U mutant in complex with a Fab
著者: Ojha, M. / Koirala, D.
履歴
登録2024年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: BL3-6 Fab Heavy Chain
L: BL3-6 Fab Light Chain
R: Rev Response Element


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3843
ポリマ－71,3843
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.878, 105.014, 186.603
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: 抗体 BL3-6 Fab Heavy Chain


分子量: 24766.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 BL3-6 Fab Light Chain


分子量: 23394.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖 Rev Response Element


分子量: 23222.867 Da / 分子数: 1 / Fragment: Stem-Loop II / Mutation: G34U / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: GenBank: 902798
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Tris pH 8.0, 12.5% polyvinylpyrrolidone, 10% PEG 4000
PH範囲: 7-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→34.64 Å / Num. obs: 17512 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.042→3.095 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 2.518 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 855 / CC1/2: 0.383 / Rpim(I) all: 1.028 / Rrim(I) all: 2.723 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.04→34.64 Å / SU ML: 0.6602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.8057
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 849 4.85 %
Rwork0.2055 16639 -
obs0.2079 17488 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 135.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→34.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3327 1540 0 0 4867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22627308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591879
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0113663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.68221339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.04-3.230.48131450.38622722X-RAY DIFFRACTION99.69
3.23-3.480.32971230.29142737X-RAY DIFFRACTION99.93
3.48-3.830.32191480.24042738X-RAY DIFFRACTION99.97
3.83-4.390.24011400.1962767X-RAY DIFFRACTION99.97
4.39-5.520.19661170.17162820X-RAY DIFFRACTION99.97
5.52-34.640.22121760.17082855X-RAY DIFFRACTION99.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0028831199-1.205322261711.907669153571.50840059423-2.196353614715.015192931010.322743165732-0.384838416442-0.4253030985510.1228630526630.3342822027330.0558126407114-0.2376111237470.347048846029-0.5435874567840.734798408706-0.1785475635050.0307573473490.999929671053-0.05106353963370.88087072292530.1033419064-1.0385318944133.2888440615
22.697523864910.9509753271691.144914374963.287482288690.4687584280751.63729127140.121545056706-0.4191910765930.1533347466590.24323449224-0.4373934524020.7996521805220.02558465707890.3949679484740.1439665829480.831798850165-0.269633448846-0.1156108349811.145251134820.1712971595791.0154324502430.4134325602-13.247732450148.9527660115
31.42326547897-0.242895844392-0.6052527226753.149882663132.814402940982.30223773161-0.2814867534-0.761950296546-0.6538065785770.252682931296-0.181069852948-0.5824174947890.4214807063082.617298750760.1037113729350.823940303467-0.378954540283-0.2923745032541.120298721740.5816482752421.3269174773337.5722697661-20.310698968452.6825235404
44.40235006934-1.2838388175-0.3645848978042.41028114870.9436245363284.756609291560.588540948006-1.162623691950.2706227965430.285202364011-0.4265107174110.886163907814-0.314850092593-0.267069535265-0.1458292029050.870062427743-0.0827167890750.03327212506091.18403227232-0.1665343382650.9332761655478.32758100029-1.0919535655829.1503306612
55.868624929481.91989975678-1.881533027643.312359899120.1972346762863.245541047710.266945684028-0.313313318332-0.255019667414-0.19460627598-0.010684464586-0.01665836100220.07917498356840.175951137638-0.2166175014460.67883905495-0.032826324782-0.03600939283220.649723110654-0.1007125780.75146145459513.0187984712-1.7406267003521.707291794
60.935966715218-1.311682672960.9121570885632.05255567742-0.3099941255684.14731256630.456035888253-1.84638076724-0.7776190790170.785789587331-0.1517712070320.234645369930.120512804982-0.547300844345-0.2444940478020.859610913456-0.390107601975-0.01475118608611.593534171170.2746128092561.0785313237910.5202569425-16.521288185342.7009574652
71.623163269052.120855390370.6522341134623.0502320084-0.451168389762.846668226440.544429158988-1.1728505729-0.4962386908811.27998791685-0.2732519471170.176784697279-0.351247779647-0.123824241168-0.02836005968771.30279916808-0.2339639614210.04264579913521.766541365780.2040272028861.1522620824722.3409766919-11.795207767758.0891823134
83.03832802585-0.0258200335512.482401915293.398299278240.3404451659563.084005526770.236367628603-1.519116522190.003094146597020.9121070971920.08454440950660.586184772513-0.211329111608-1.94118983555-0.384409467381.25721406757-0.1959038468720.1695568558221.818202267140.1992620215161.110208016919.1889381966-11.203732450559.8537471163
93.535558748323.662956171310.4107707138363.25381883737-0.2133677872182.00483972323-3.313449537822.17671606306-1.570110814091.91980985041.14558053535-0.866859298674-0.3864775406220.526603930960.4012496823283.41583569716-0.1121222289510.7061353094241.44939667467-0.5753013721841.3878405214426.782315592638.6904390548-18.1964705823
102.30505075941-1.66503091949-2.141517919216.189068629951.443810662432.69591930812-0.356993706556-2.303806741770.631599678349-2.850413428971.65746289194-2.609582891130.2603426384310.222780963726-0.6491267855852.79983826542-0.4722552891361.06387476032.15927921338-0.4713363191733.0349080390846.725815098834.1048424889-19.6755736159
112.082979548260.0944741591664-1.209808587410.032772136523-0.08012505009050.724602598746-1.253018632741.137690167520.298226543334-1.979631234710.8698739213911.28105285796-1.54361744563-1.212318726550.141699814793.40994816255-0.1420613178490.5706901470771.69181659229-0.150508612241.8197067057824.432221516925.6979834724-23.5684564875
12-0.4476652781960.700089309799-0.05263775506132.33548852904-1.747988620811.451907092950.4559110371420.17191369819-0.01655373369750.903352515568-0.6006438452091.00843988026-1.350048193791.092590525140.1528292220961.19822072609-0.1733158988790.2249246363550.892556691889-0.2057776022811.0986703301719.659139296819.8038115157-2.8229067212
130.0317414243480.161612623555-0.1982049280010.256712275707-0.2618528197771.172744781280.102501431993-0.173815185307-0.155112408391.5065119178-0.1557312129070.205676932731-1.91984693803-1.82857961755-0.6206667048522.66037082842-0.1509371567670.2066197088120.9284327630580.2690443343321.7415768063821.509774462650.3646883281-9.82919157238
142.8367240794-0.418937306011-0.6556865108982.637803826071.04348116847.298619703580.3329562236450.609410801036-0.1621288096140.3241099356450.666351556596-1.374121946830.1542460100562.03570509676-0.5717735122480.780348701649-0.0982474135689-0.06523865178091.02932087711-0.1263897147290.84093433367438.21180489732.9603187850727.1531184308
154.108075998580.338704697320.9398021352171.75638651757-1.795877330533.101715385660.2570845862190.347009816016-0.2110089573840.0839921595025-0.5650467659620.0281264756561-0.5782092028750.8884385375370.2738996619220.763113721897-0.1035839474480.03177153429790.919329981265-0.2147538777740.79600119289329.46387662157.083196758419.4718031228
163.084180375480.0397082836572-1.19463739043.24485337679-0.6960681478834.922687698870.5370722005140.05191313659560.1592519305280.498496600469-0.637368834080.309566126464-0.0785384055489-0.0392551530421-0.02319446269830.90356437146-0.3160505313770.06093874972731.23925872744-0.1394744787710.863452309635.745434623111.639870969322.6663919092
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 87 through 143 )HA87 - 14385 - 141
22chain 'H' and (resid 144 through 197 )HA144 - 197142 - 195
33chain 'H' and (resid 198 through 228 )HA198 - 228196 - 226
44chain 'L' and (resid 1 through 19 )LB1 - 191 - 19
55chain 'L' and (resid 20 through 103 )LB20 - 10320 - 103
66chain 'L' and (resid 104 through 116 )LB104 - 116104 - 116
77chain 'L' and (resid 117 through 151 )LB117 - 151117 - 151
88chain 'L' and (resid 152 through 215 )LB152 - 215152 - 215
99chain 'R' and (resid 1 through 15 )RC1 - 15
1010chain 'R' and (resid 16 through 35 )RC16 - 35
1111chain 'R' and (resid 36 through 40 )RC36 - 40
1212chain 'R' and (resid 41 through 65 )RC41 - 65
1313chain 'R' and (resid 66 through 72 )RC66 - 72
1414chain 'H' and (resid 3 through 26 )HA3 - 261 - 24
1515chain 'H' and (resid 27 through 63 )HA27 - 6325 - 61
1616chain 'H' and (resid 64 through 86 )HA64 - 8662 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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