[日本語] English
万見
- PDB-9c73: Hybrid G-quadruplex from Tetrahymena thermophila telomeric sequen... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c73
タイトルHybrid G-quadruplex from Tetrahymena thermophila telomeric sequence in complex with TrisQO
要素G-quadruplex telomeric sequence
キーワードDNA / G-quadruplex / TrisQO / hybrid
機能・相同性: / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Ali, A. / Yatsunyk, L.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R15CA253134 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hybrid G-quadruplex from Tetrahymena thermophila telomeric sequence in complex with triangular star shaped TrisQ ligand
著者: Ali, A. / Yatsunyk, L.A.
履歴
登録2024年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: G-quadruplex telomeric sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,18619
ポリマ－7,9851
非ポリマー2,20118
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.913, 54.913, 98.701
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-210-

HOH

-
要素

-
DNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: DNA鎖 G-quadruplex telomeric sequence


分子量: 7985.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物)

-
非ポリマー , 7種, 51分子

#2: 化合物 ChemComp-A1AVT / (5S)-6-oxo-6H-dipyrido[1,2-b:1',2'-j]quinolizino[3,2-f][2,8]phenanthroline-12,19-diium


分子量: 399.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H17N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M potassium chloride, 0.01 calcium chloride dihydrate, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 10% v/v PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 196 K / Ambient temp details: LIQUID NITROGEN / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.656→47.556 Å / Num. obs: 11080 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 32.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.656→1.684 Å / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 4.554 / Num. unique obs: 528 / CC1/2: 0.572 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
autoPROCデータ削減
PHENIX1.19.2_4158位相決定
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→27.46 Å / SU ML: 0.2116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.4149
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 578 5.24 %
Rwork0.2136 10462 -
obs0.2149 11040 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→27.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 531 140 33 704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088742
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09751091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056999
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.975328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.820.36851520.33952502X-RAY DIFFRACTION98.88
1.82-2.090.28541370.2532572X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.630.26161180.25842636X-RAY DIFFRACTION100
2.63-27.460.21871710.18922752X-RAY DIFFRACTION99.63
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.19159440873 Å / Origin y: -22.285637134 Å / Origin z: -3.52150231103 Å
111213212223313233
T0.178506745333 Å20.0119259841346 Å2-0.0301891881355 Å2-0.29366567765 Å2-0.0750054429368 Å2--0.264263948115 Å2
L4.79497271302 °20.321423918055 °20.778174291222 °2-4.20993875898 °20.732134063352 °2--4.81287137077 °2
S-0.146118695636 Å °-0.498092044623 Å °0.580158903709 Å °0.0433784143514 Å °-0.00918459357695 Å °0.0751112756031 Å °-0.484472991262 Å °-0.00357501229332 Å °0.0506563186904 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る