PDB-9c6z: Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 11 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c6z

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 11 in complex with FB127

要素

Superantigen-like protein 11

キーワード

TOXIN / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.137 Å

データ登録者

Finton, S. / Birrane, G.

資金援助

アイルランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of FB127 in Complex with SSL11
著者: Finton, S. / Birrane, G.

履歴

登録	2024年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c6z.cif.gz	121.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c6z.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9c6z_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c6z_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9c6z_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	9c6z_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Superantigen-like protein 11

ヘテロ分子

23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.370, 101.370, 65.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-206- SO4

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Superantigen-like protein 11

分子量: 22687.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sl11 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8E1U5

#4: 糖

ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 95分子

#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1AU2 / (4aR,5S,6S,8R,8aS)-6-(hydroxymethyl)-8-methoxy-2,2-dimethylhexahydro-2H-pyrano[3,4-d][1,3]dioxin-5-ol 分子量: 248.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₀O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 50 mM lithium sulphate, 50 mM sodium sulphate, 30% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月8日
放射	モノクロメーター: DCM with sagittal focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.137→36.4 Å / Num. obs: 21715 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1858 / Net I/σ(I): 9.44
反射シェル	解像度: 2.14→2.193 Å / Num. unique obs: 2127 / CC_1/2: 0.926 / CC star: 0.981 / % possible all: 99.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.137→52.413 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 9.732 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	1023	4.711 %
R_work	0.2011	20692	-
all	0.203	-	-
obs	-	21715	99.825 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.034 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.458 Å²	1.229 Å²	0 Å²
2-	-	2.458 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.974 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.137→52.413 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1539	0	65	90	1694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.831	1.862	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.305	1.833	3550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.246	5	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.245	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.94	10	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.566	10	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.375	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	780
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	930
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.068	3.271	754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.061	3.271	754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.406	5.845	939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.405	5.845	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.699	3.884	869
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.644	3.87	864
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.06	6.882	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.054	6.866	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.17	33.976	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.181	33.235	1704

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.137-2.193	0.309	77	0.325	1526	0.324	1607	0.88	0.917	99.7511	0.311
2.193-2.253	0.366	87	0.286	1440	0.291	1533	0.899	0.934	99.6086	0.273
2.253-2.318	0.287	57	0.255	1447	0.257	1504	0.922	0.95	100	0.237
2.318-2.389	0.198	49	0.24	1393	0.238	1444	0.969	0.957	99.8615	0.224
2.389-2.467	0.248	63	0.216	1368	0.217	1434	0.96	0.966	99.7908	0.202
2.467-2.554	0.244	69	0.21	1295	0.212	1364	0.963	0.971	100	0.198
2.554-2.65	0.194	72	0.189	1245	0.189	1318	0.971	0.978	99.9241	0.18
2.65-2.758	0.251	67	0.204	1226	0.207	1294	0.963	0.974	99.9227	0.193
2.758-2.88	0.335	50	0.228	1181	0.233	1231	0.952	0.971	100	0.224
2.88-3.02	0.292	57	0.215	1117	0.218	1174	0.946	0.972	100	0.207
3.02-3.183	0.24	62	0.217	1051	0.218	1113	0.962	0.969	100	0.212
3.183-3.375	0.277	56	0.205	1014	0.209	1072	0.955	0.973	99.8134	0.206
3.375-3.607	0.191	49	0.192	945	0.192	994	0.977	0.979	100	0.198
3.607-3.895	0.21	25	0.172	914	0.173	940	0.972	0.983	99.8936	0.179
3.895-4.264	0.214	51	0.151	812	0.155	864	0.978	0.987	99.8843	0.161
4.264-4.763	0.19	54	0.148	729	0.151	786	0.982	0.988	99.6183	0.164
4.763-5.493	0.219	37	0.162	668	0.165	708	0.975	0.987	99.5763	0.186
5.493-6.709	0.156	15	0.2	581	0.198	597	0.988	0.977	99.8325	0.22
6.709-9.411	0.187	14	0.206	459	0.205	474	0.981	0.973	99.789	0.229
9.411-36.4	0.314	12	0.238	281	0.242	293	0.931	0.968	100	0.304

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 47.4113 Å / Origin y: -12.9292 Å / Origin z: -19.8622 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.216 Å²	-0.0189 Å²	0.0157 Å²	-	0.0289 Å²	0.0221 Å²	-	-	0.2153 Å²
L	0.013 °²	0.0209 °²	-0.0205 °²	-	1.1532 °²	-0.3173 °²	-	-	2.0247 °²
S	0.0119 Å °	-0.0118 Å °	-0.0471 Å °	-0.1908 Å °	-0.0089 Å °	-0.0055 Å °	-0.331 Å °	-0.0608 Å °	-0.003 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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