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- PDB-9c6y: Crystal structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to COV2-3906 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c6y
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to COV2-3906 Fab
要素
  • Heavy chain of COV2-3906 Fab
  • Light chain of COV2-3906 Fab
  • Spike protein S2'
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / coronavirus / antibody / fab / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Buchman, C.D. / Crowe, J.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA)HR0011-18-2-0001 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI157155 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Epitope-focused discovery of SARS-CoV-2 antibodies that potently neutralize Omicron variants
著者: Zost, S.J. / Buchman, C.D. / Crowe, J.E.
履歴
登録2024年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain of COV2-3906 Fab
B: Light chain of COV2-3906 Fab
C: Heavy chain of COV2-3906 Fab
D: Light chain of COV2-3906 Fab
E: Spike protein S2'
F: Spike protein S2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,09919
ポリマ-143,0366
非ポリマー3,06413
1,69394
1
A: Heavy chain of COV2-3906 Fab
B: Light chain of COV2-3906 Fab
E: Spike protein S2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,11311
ポリマ-71,5183
非ポリマー1,5958
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area29810 Å2
手法PISA
2
C: Heavy chain of COV2-3906 Fab
D: Light chain of COV2-3906 Fab
F: Spike protein S2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9878
ポリマ-71,5183
非ポリマー1,4695
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area30060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.971, 170.851, 231.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質 Spike protein S2'


分子量: 24446.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 Heavy chain of COV2-3906 Fab


分子量: 23972.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Light chain of COV2-3906 Fab


分子量: 23098.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
, 4種, 6分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 101分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.1, 2 mM DL-panthenol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.961 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→48.5 Å / Num. obs: 75613 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 69.31 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.68→2.77 Å / 冗長度: 14.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 7276 / CC1/2: 0.492 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→48.5 Å / SU ML: 0.4641 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4561
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 1999 2.65 %
Rwork0.2073 73516 -
obs0.2082 75515 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9810 0 192 94 10096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009610268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.066914057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05831613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.15681479
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.750.48121390.47285122X-RAY DIFFRACTION99.91
2.75-2.820.4331420.3995192X-RAY DIFFRACTION99.96
2.82-2.90.36941420.32425220X-RAY DIFFRACTION100
2.9-30.31711400.28215165X-RAY DIFFRACTION100
3-3.110.32741420.27615204X-RAY DIFFRACTION99.96
3.11-3.230.34091420.27845200X-RAY DIFFRACTION99.98
3.23-3.380.34751420.29575215X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.550.3041420.2195252X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.780.25531420.19855220X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.070.22621420.18825190X-RAY DIFFRACTION98.91
4.07-4.480.1841440.15145302X-RAY DIFFRACTION100
4.48-5.120.18181430.13745291X-RAY DIFFRACTION100
5.12-6.450.1971450.17085345X-RAY DIFFRACTION100
6.45-48.50.18071520.19145598X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.645377270976-0.0295971949543-1.363099470684.452239136882.61275508754.515363756740.2981376320670.1661751586580.373371668386-0.6580782646680.0250395787747-0.375178660268-0.4467474096960.461534180521-0.3511473669410.426547888405-0.01431755284580.05583083910930.5537281164640.0383287462290.54029581467724.422849126143.925823228725.4143765696
20.4501593352650.526590743059-1.164000707484.251039668020.8275944712583.357451264560.124834546261-0.0503093094322-0.02797133467040.341050119447-0.0405548502126-0.3461777790120.02126434153620.482728487585-0.07786158627290.250879194095-0.00364045365319-0.05964458269110.46641853976-0.0417715869250.42492356854121.954926867444.784585625737.5710906008
30.184734931071-0.6446337297760.01340761577852.890481354181.527752264144.547722289180.1559183573990.264491823254-0.04957726089080.00277101012014-0.219817166784-0.276080334639-0.2608436771690.09637241321550.08748442674920.255837280221-0.00941123891654-0.008723908390920.4260076987690.005006381397370.42331957235919.749136396145.336866626634.6153497854
40.856839914141.18112516248-1.420936768243.086338908740.5563313583714.533826255250.09570031256950.4814725388090.111261670035-0.441127774538-0.3880555459460.911229260845-0.098391070322-0.3235490810920.3154386777870.2485808314830.0425258156828-0.07779906448520.565684143355-0.1407297628060.6137922329812.793352628942.46753489793.25240566986
50.4052602878611.232361303870.0500312740023.89543076508-0.0517165735412.86854354597-0.2225573392660.1575299904740.01374083266110.0475054702976-0.02271263765150.312985943757-0.1711357099980.09218504630580.1800816609630.2560760454520.04236620903070.04194646854820.613678294544-0.05384387175960.55640122766513.414245939845.64372295856.54122675775
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2525chain 'F' and (resid 495 through 534 )FL495 - 534175 - 214

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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