PDB-9c6t: Structure of the Human ISM1 TSR-AMOP domains

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c6t

タイトル

Structure of the Human ISM1 TSR-AMOP domains

要素

Isthmin-1

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / throspondin repeat domain / AMOP domain / adipokine

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of angiogenesis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.41 Å

データ登録者

Stayrook, S. / Li, T. / Klein, D.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the pleiotropic factor Isthmin-1 and its inactivity on pre-adipocytes
著者: Li, T. / Stayrook, S. / Klein, D.E.

履歴

登録	2024年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c6t.cif.gz	191.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c6t.ent.gz	152.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9c6t_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c6t_full_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示
XML形式データ	9c6t_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	9c6t_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isthmin-1

B: Isthmin-1

ヘテロ分子

56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.255, 114.255, 168.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質

Isthmin-1

分子量: 28059.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ISM1, C20orf82, ISM / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B1AKI9

#2: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.85 % / 解説: hexagonal
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.0 M NaMelonate, pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.41→49.47 Å / Num. obs: 17232 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 197.43 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 89619 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
3.41-3.68	5.3	3.417	18746	3554	0.381	1.464	3.736	0.3	97.8
9.02-49.47	4.8	0.025	4562	953	0.999	0.012	0.028	47.3	89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.41→49.47 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3659	867	5.04 %
R_work	0.3316	-	-
obs	0.3334	17187	96.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.41→49.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3578	0	44	0	3622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3701
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.734	5000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.842	535
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	637

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.41-3.62	0.4117	132	0.3672	2711	X-RAY DIFFRACTION	98
3.62-3.9	0.4455	147	0.3947	2758	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9-4.3	0.4019	134	0.3574	2707	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3-4.92	0.4204	134	0.3334	2712	X-RAY DIFFRACTION	97
4.92-6.19	0.3115	169	0.2981	2716	X-RAY DIFFRACTION	96
6.19-49.47	0.2776	151	0.2601	2716	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0282	-0.0285	-0.0189	0.031	-0.04	0.0092	-0.0504	0.0738	-0.1166	0.0563	-0.0312	-0.2218	0.0563	-0.1651	0.0019	-0.1447	0.3871	-0.2213	-0.3374	0.3257	0.2323	-63.37	16.3198	22.4413
2	0.0491	-0.0529	0.0478	0.1373	-0.0369	0.0246	0.2673	0.1027	0.0859	0.2239	0.1821	-0.2842	-0.1099	0.0278	0.5746	0.1608	1.1338	0.0032	0.052	0.6024	0.0753	-71.0335	43.9523	11.771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 222:464)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 222:463)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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