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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c6p | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of AmpC beta-lactamase with inhibitor | ||||||
要素 | AmpC Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.663 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, F. / Shoichet, B.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Improved correlations with score, hit-rate, and affinity as docking library and testing scale increase 著者: Liu, F. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9c6p.cif.gz | 175.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9c6p.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9c6p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9c6p_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9c6p_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9c6p_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9c6p_validation.cif.gz | 46 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41593.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ampC, ampA, b4150, JW4111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase #2: 化合物 | 分子量: 389.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10Cl2N2O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M KPI; pH 8.56 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月29日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11583 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.663→58.54 Å / Num. obs: 91682 / % possible obs: 97.95 % / 冗長度: 1.99 % / Biso Wilson estimate: 26.45 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01435 / Net I/σ(I): 27.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.663→1.722 Å / Rmerge(I) obs: 0.08429 / Num. unique obs: 8895 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / % possible all: 95.98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.663→58.54 Å / SU ML: 0.2232 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.9728 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.21 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.663→58.54 Å
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拘束条件 | タイプ: f_dihedral_angle_d / Dev ideal: 16.0592 / 数: 2029 | ||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.663→1.722 Å
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