PDB-9c6e: High-resolution structure of bovine (3-367)Arrestin-1 in a pre-ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c6e

タイトル

High-resolution structure of bovine (3-367)Arrestin-1 in a pre-activated conformation

要素

S-arrestin

キーワード

SIGNALING PROTEIN / GPCR / RHODOPSIN / PHOTOTRANSDUCTION / VISION

機能・相同性

機能・相同性情報

opsin binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G protein-coupled receptor internalization / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / phosphoprotein binding / G protein-coupled receptor binding / signal transduction / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Salom, D. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Insights into the Activation and Self-Association of Arrestin-1.
著者: Salom, D. / Kiser, P.D. / Palczewski, K.

履歴

登録	2024年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2025年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2025年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c6e.cif.gz	238 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c6e.ent.gz	144.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (2) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (2)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: S-arrestin

ヘテロ分子

40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.560, 74.760, 79.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	S-arrestin / 48 kDa protein / Retinal S-antigen / S-AG / Rod photoreceptor arrestin 分子量: 40669.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lys-C cleavage product of bovine arrestin-1 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P08168
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸分子量: 76.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M imidazole, 0.1 M MES pH 6.5, 10% PEG 4000, 20% glycerol, 20 mM sodium formate; 20 mM ammonium acetate; 20 mM sodium citrate tribasic dihydrate; 20 mM potassium sodium tartrate ...詳細: 0.1 M imidazole, 0.1 M MES pH 6.5, 10% PEG 4000, 20% glycerol, 20 mM sodium formate; 20 mM ammonium acetate; 20 mM sodium citrate tribasic dihydrate; 20 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate; 20 mM sodium oxamate

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M imidazole, 0.1 M MES pH 6.5, 10% PEG 4000, 20% glycerol, 20 mM sodium formate; 20 mM ammonium acetate; 20 mM sodium citrate tribasic dihydrate; 20 mM potassium sodium tartrate ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 78726 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / R_merge(I) obs: 2.874 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 11792 / CC_1/2: 0.398

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.4→42.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 2.499 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1798	3937	5.001 %	RANDOM
R_work	0.1406	74788	-	-
all	0.143	-	-	-
obs	-	78725	99.707 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.644 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.48 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.975 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.495 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2729	0	12	543	3284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.212	1.66	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.417	1.571	6788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.102	5	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.403	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.987	10	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.213	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	635
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.312	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.091	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.44	2.558	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.44	2.558	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.013	4.596	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.013	4.598	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.503	2.926	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.503	2.926	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.107	5.215	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.107	5.214	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.594	33.26	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.362	31.869	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.649	3	5928

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.341	280	0.324	5309	0.325	5763	0.894	0.906	96.9807	0.324
1.436-1.476	0.287	280	0.266	5320	0.267	5612	0.926	0.938	99.7862	0.253
1.476-1.518	0.23	273	0.223	5204	0.223	5478	0.954	0.96	99.9817	0.204
1.518-1.565	0.228	267	0.184	5047	0.186	5315	0.962	0.975	99.9812	0.162
1.565-1.616	0.189	257	0.151	4906	0.153	5164	0.974	0.983	99.9806	0.126
1.616-1.673	0.183	250	0.136	4729	0.139	4981	0.977	0.987	99.9599	0.114
1.673-1.736	0.156	242	0.114	4595	0.116	4837	0.984	0.992	100	0.093
1.736-1.807	0.139	229	0.104	4393	0.106	4637	0.986	0.993	99.6765	0.085
1.807-1.887	0.15	225	0.098	4253	0.101	4480	0.987	0.994	99.9554	0.084
1.887-1.979	0.163	213	0.094	4043	0.097	4256	0.984	0.995	100	0.083
1.979-2.086	0.144	205	0.094	3881	0.096	4087	0.986	0.995	99.9755	0.087
2.086-2.212	0.149	192	0.093	3668	0.095	3861	0.986	0.995	99.9741	0.088
2.212-2.364	0.156	182	0.107	3448	0.109	3635	0.982	0.993	99.8624	0.105
2.364-2.553	0.18	169	0.127	3220	0.13	3396	0.981	0.991	99.7939	0.128
2.553-2.795	0.183	157	0.13	2984	0.133	3141	0.979	0.99	100	0.138
2.795-3.124	0.178	144	0.13	2725	0.132	2869	0.979	0.989	100	0.144
3.124-3.604	0.157	126	0.139	2394	0.14	2520	0.986	0.989	100	0.159
3.604-4.405	0.189	109	0.15	2075	0.152	2186	0.979	0.986	99.9085	0.182
4.405-6.196	0.215	85	0.165	1622	0.167	1709	0.971	0.982	99.883	0.213
6.196-42.19	0.181	52	0.222	972	0.22	1026	0.981	0.966	99.8051	0.292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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