PDB-9c65: Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 11 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c65

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 11 in complex with SB618

要素

Superantigen-like protein 11

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Complex / CARBOHYDRATE

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.458 Å

データ登録者

Finton, S. / Birrane, G.

資金援助

アイルランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of SB618 in Complex with SSL11
著者: Finton, S. / Birrane, G.

履歴

登録	2024年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c65.cif.gz	120.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c65.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Superantigen-like protein 11

ヘテロ分子

23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.464, 104.464, 62.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-378- HOH
2	1	A-398- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Superantigen-like protein 11

分子量: 22687.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sl11 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8E1U5

#4: 糖

ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 107分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-A1AUS / 4-(hydroxymethyl)-1-beta-L-mannopyranosyl-1H-1,2,3-triazole 分子量: 261.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 55% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2023年10月23日 / 詳細: Rigaku
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.458→13.813 Å / Num. obs: 14193 / % possible obs: 97.89 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 44.13 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_pim(I) all: 0.06434 / R_rim(I) all: 0.2502 / Net I/σ(I): 12.51
反射シェル	解像度: 2.458→2.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 895 / CC_1/2: 0.507 / % possible all: 92.21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.458→13.813 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.172 / WR_factor R_work: 0.142 / SU B: 12.528 / SU ML: 0.148 / Average fsc free: 0.9642 / Average fsc work: 0.9754 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	658	4.636 %
R_work	0.1738	13535	-
all	0.175	-	-
obs	-	14193	97.613 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.332 Å²	-0.166 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.332 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.077 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.458→13.813 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1490	0	58	103	1651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.012	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.672	1.869	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.926	1.828	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.019	5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.148	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.974	10	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.771	10	82
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.044	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	356
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.269	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.102	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.43	3.366	733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.425	3.365	733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.126	6.012	915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.127	6.014	916
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.941	4.068	851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.937	4.07	852
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.214	7.164	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.212	7.165	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.371	42.591	7352
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.371	42.592	7353

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.458-2.52	0.369	52	0.355	895	0.356	1027	0.898	0.941	92.2103	0.344
2.52-2.587	0.312	41	0.288	939	0.289	1012	0.967	0.955	96.8379	0.26
2.587-2.659	0.322	39	0.24	925	0.243	970	0.94	0.965	99.3814	0.213
2.659-2.738	0.248	39	0.248	870	0.248	934	0.967	0.964	97.3233	0.211
2.738-2.824	0.307	28	0.228	897	0.23	948	0.961	0.968	97.5738	0.191
2.824-2.918	0.243	43	0.218	834	0.219	877	0.959	0.972	100	0.18
2.918-3.023	0.32	35	0.205	807	0.21	860	0.939	0.973	97.907	0.165
3.023-3.141	0.191	45	0.194	785	0.193	846	0.976	0.976	98.1087	0.159
3.141-3.273	0.229	44	0.181	754	0.184	808	0.969	0.982	98.7624	0.154
3.273-3.423	0.182	50	0.167	711	0.168	761	0.982	0.985	100	0.143
3.423-3.596	0.2	23	0.161	711	0.162	743	0.977	0.987	98.7887	0.142
3.596-3.798	0.182	35	0.161	659	0.162	701	0.982	0.989	99.0014	0.143
3.798-4.038	0.148	20	0.147	647	0.147	672	0.983	0.989	99.256	0.13
4.038-4.331	0.154	28	0.128	594	0.129	626	0.988	0.99	99.361	0.107
4.331-4.698	0.167	21	0.112	546	0.114	570	0.978	0.993	99.4737	0.098
4.698-5.179	0.133	30	0.116	505	0.117	540	0.987	0.992	99.0741	0.101
5.179-5.844	0.136	12	0.133	469	0.133	483	0.992	0.991	99.5859	0.117
5.844-6.858	0.326	25	0.199	406	0.206	431	0.951	0.98	100	0.168
6.858-8.686	0.261	32	0.195	330	0.2	362	0.975	0.98	100	0.168
8.686-13.813	0.14	16	0.163	251	0.161	268	0.989	0.986	99.6269	0.158

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.713 Å / Origin y: -34.12 Å / Origin z: -12.972 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.17 Å²	-0.1386 Å²	0.0263 Å²	-	0.3687 Å²	0.0603 Å²	-	-	0.0516 Å²
L	0.7692 °²	0.7729 °²	-0.5556 °²	-	0.9364 °²	-0.9198 °²	-	-	2.1343 °²
S	0.0998 Å °	-0.0773 Å °	-0.0529 Å °	-0.037 Å °	0.0484 Å °	-0.0576 Å °	0.0723 Å °	-0.331 Å °	-0.1482 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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