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万見
- PDB-9c64: Cytidine deaminase T6S toxin from Pseudomonas syringae complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c64
タイトルCytidine deaminase T6S toxin from Pseudomonas syringae complexed with substrate DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • SsdA
キーワードTOXIN/DNA / toxin / DNA binding / deaminase / TOXIN-DNA complex
機能・相同性: / Single-strand DNA deaminase toxin A, C-terminal / Class I prePAAR effector Rhs1 motif / PAAR motif / PAAR motif / membrane / DNA / DNA (> 10) / Rhs protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Shi, K. / Yin, L. / Aihara, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01-CA234228 NCI 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for sequence context-independent single-stranded DNA cytosine deamination by the bacterial toxin SsdA.
著者: Yin, L. / Chen, Y. / Shi, K. / Barreto Duran, E. / Harris, R.S. / Aihara, H.
履歴
登録2024年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SsdA
B: SsdA
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6948
ポリマ－45,4394
非ポリマー2554
水4,342241
1
A: SsdA
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8474
ポリマ－22,7192
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area9280 Å2
手法PISA
2
B: SsdA
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8474
ポリマ－22,7192
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area8830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.919, 87.919, 134.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 SsdA


分子量: 18083.240 Da / 分子数: 2 / 変異: E348A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q0DAS4
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4636.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas syringae (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15M Ammonium Chloride, 22.5% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→66.26 Å / Num. obs: 39004 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.164 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.942→2.032 Å / % possible obs: 35.2 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.702 / Num. measured all: 14248 / Num. unique obs: 1950 / Rpim(I) all: 0.674 / Rrim(I) all: 1.832 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→66.26 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1902 1933 4.96 %
Rwork0.1613 --
obs0.1627 38972 89.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→66.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2382 374 10 241 3007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8061128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.990.2619420.2626546X-RAY DIFFRACTION19
1.99-2.050.2728810.23541814X-RAY DIFFRACTION61
2.05-2.110.2431190.22742468X-RAY DIFFRACTION84
2.11-2.170.2361530.20712799X-RAY DIFFRACTION96
2.17-2.250.26191520.19412930X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.340.21891580.18392917X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.450.23461540.17942951X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.580.21121410.18292944X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.740.21721740.18492915X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.950.22231600.1772922X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.250.19011470.17252946X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.720.18611420.14682948X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.680.14111470.12312960X-RAY DIFFRACTION100
4.68-66.260.14781630.13562979X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.54694.68722.23246.38154.16436.09780.20640.30640.1951-0.8786-0.17680.2557-0.6478-0.3147-0.02910.22020.13190.02120.3593-0.03530.2558-63.049151.56614.2433
27.2967-6.39973.82325.6446-3.07734.2340.52650.1911-1.2333-0.2207-0.60111.65581.6261-1.12950.04440.49910.0012-0.08010.4125-0.16820.5737-60.804828.1827-0.4905
34.9151-1.3025-0.55462.88920.07182.09860.32720.73220.3353-0.7127-0.1612-0.4938-0.15880.1809-0.16030.26280.06640.04630.3692-0.08030.335-48.957140.5394-2.2386
40.96410.3805-0.80844.8483-0.01132.0308-0.1801-0.46810.4530.44470.5016-0.61680.26160.6057-0.29920.23490.1042-0.08680.4006-0.16170.3876-40.524433.94728.4273
53.5195-2.0407-1.34293.05852.26813.01430.0798-0.15460.3446-0.02530.2181-0.353-0.16130.2048-0.23770.17170.02410.0120.2459-0.06420.2911-51.980748.07969.0819
69.32486.1696-3.0437.0021-1.95031.7508-0.21680.42290.1429-0.41010.27550.2275-0.02820.0657-0.04790.3359-0.0205-0.01180.2558-0.06050.2007-23.45117.6853-12.0722
71.26080.38451.79045.7158-5.01768.0524-0.3564-0.3548-0.10920.00910.1012-1.48040.1361.7725-0.33190.3544-0.09310.01180.7452-0.21550.4612-4.482130.9015-6.6868
83.4441-0.4002-0.57241.70110.62234.94820.01680.00660.6061-0.33110.0476-0.0392-0.73740.2517-0.00180.3355-0.0395-0.01340.1927-0.05280.2928-20.128533.6285-2.0138
93.73812.16574.10831.77372.23084.8516-0.1051-0.97510.20770.25340.1813-0.03950.2860.116-0.01610.23410.0872-0.02790.4607-0.10110.2311-18.302527.236612.2109
104.62771.66885.19322.97733.60727.1245-0.0939-0.42260.2838-0.2840.4065-0.1536-0.25310.8187-0.22820.2338-0.02610.03440.4366-0.17070.2749-15.451132.83389.3104
112.3259-0.0015-0.35633.66610.81052.1131-0.0723-0.0569-0.0951-0.04730.10050.01110.05020.1307-0.03410.2160.0251-0.01660.2137-0.04010.1729-25.158819.1646-0.4769
122.4999-1.185-0.40924.15250.55987.2167-0.1167-0.3703-2.35920.35530.3043-0.03592.1926-0.60770.2090.8268-0.0377-0.05870.414-0.14641.1466-50.332122.4963.8737
133.16262.72683.33398.23950.69264.56930.4788-1.31620.55880.9458-0.151-1.7779-0.29131.93220.05440.4577-0.1879-0.03691.0684-0.29810.7789-4.776131.82846.1398
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 255 through 279 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 280 through 289 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 290 through 325 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 326 through 340 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 341 through 408 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 255 through 279 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 280 through 289 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 290 through 324 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 325 through 334 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 335 through 346 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 347 through 408 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid -3 through 6 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid -3 through 4 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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