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- PDB-9c61: Crystal structure of the human LRRK2 WDR domain in complex with C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c61
タイトルCrystal structure of the human LRRK2 WDR domain in complex with CACHE1193-26
要素Non-specific serine/threonine protein kinase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / WD-repeat / WDR / LRRK2 / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP-dependent protein kinase activity / cell communication / regulation of signal transduction / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / GTP binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / LRRK2 ARM repeat / LRRK2 ANK repeat / LRRK2 beta propeller / : / C-terminal of Roc, COR-B domain / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain ...: / : / : / LRRK2 ARM repeat / LRRK2 ANK repeat / LRRK2 beta propeller / : / C-terminal of Roc, COR-B domain / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Roc domain profile. / Roc domain / Small GTPase Rab domain profile. / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Rab subfamily of small GTPases / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zeng, H. / Dong, A. / Kutera, M. / Ilyassov, O. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the human LRRK2 WDR domain in complex with CACHE1193-26
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Kutera, M. / Ilyassov, O. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L.
履歴
登録2024年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific serine/threonine protein kinase
B: Non-specific serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9666
ポリマ－87,2792
非ポリマー6874
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area25770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.162, 103.064, 115.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-specific serine/threonine protein kinase


分子量: 43639.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q17RV3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1AUU / (4R)-4-[4-(5-fluoro-1H-indol-3-yl)piperidine-1-carbonyl]piperidin-2-one


分子量: 343.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22FN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl at pH 8.5, 1 M LiCl, 14% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000 and 10% galactose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29052 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.828 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.647.40.90214250.7950.9410.350.970.72797.7
2.64-2.697.20.74614230.8840.9690.2910.8030.72597.7
2.69-2.7470.60713520.8760.9670.2420.6560.74891
2.74-2.87.60.50313500.9260.980.1930.540.7592
2.8-2.867.90.4114510.950.9870.1540.4390.76798.6
2.86-2.937.90.33314680.9670.9920.1250.3560.78899.2
2.93-380.28614590.9740.9930.1070.3060.79198.9
3-3.087.90.23314610.9850.9960.0880.2490.81898.6
3.08-3.177.80.17314750.9880.9970.0660.1850.8998.8
3.17-3.287.80.13114620.9930.9980.050.1410.92798.9
3.28-3.397.60.10814710.9920.9980.0420.1160.92298.9
3.39-3.537.50.08814690.9960.9990.0340.0940.94899.1
3.53-3.697.40.07314740.9970.9990.0280.0780.96398.3
3.69-3.887.10.06114550.9960.9990.0240.0660.97297.5
3.88-4.137.20.0513230.9970.9990.020.0540.94387.7
4.13-4.457.70.0415020.99910.0150.0430.85599.5
4.45-4.897.60.03514920.99910.0140.0380.82899
4.89-5.67.50.03215100.99910.0120.0340.77898.8
5.6-7.057.30.03215050.99910.0120.0340.7696.9
7.05-507.20.02315250.99910.0090.0250.66392.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
HKL-3000データスケーリング
REFMAC位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→47.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU R Cruickshank DPI: 0.371 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.366 / SU Rfree Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.256
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2412 8.31 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 29020 96.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.3604 Å20 Å20 Å2
2---4.5118 Å20 Å2
3----8.8486 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→47.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4773 0 52 44 4869
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014895HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.26649HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1652SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes818HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4895HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.56
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion686SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5201SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.61 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3226 -8.78 %
Rwork0.2468 530 -
obs--85.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.64790.9252-0.10012.60160.15751.4242-0.15150.36080.2437-0.19290.20890.0752-0.03830.1096-0.0574-0.12730.0241-0.0461-0.1-0.032-0.1324-18.146-12.8018.3135
21.9531.23941.07023.86311.10512.112-0.11370.6264-0.3696-0.40710.3907-0.4295-0.08930.4989-0.277-0.2556-0.07810.1105-0.0412-0.1257-0.14724.294611.67514.8265
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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