PDB-9c61: Crystal structure of the human LRRK2 WDR domain in complex with C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c61

タイトル

Crystal structure of the human LRRK2 WDR domain in complex with CACHE1193-26

要素

Non-specific serine/threonine protein kinase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / WD-repeat / WDR / LRRK2 / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

GTP-dependent protein kinase activity / cell communication / regulation of signal transduction / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zeng, H. / Dong, A. / Kutera, M. / Ilyassov, O. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L.

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1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the human LRRK2 WDR domain in complex with CACHE1193-26
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Kutera, M. / Ilyassov, O. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L.

履歴

登録	2024年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c61.cif.gz	263 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c61.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c61.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c61	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (5) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (5) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (5)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (5)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Non-specific serine/threonine protein kinase

B: Non-specific serine/threonine protein kinase

ヘテロ分子

88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.162, 103.064, 115.301
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Non-specific serine/threonine protein kinase 分子量: 43639.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRK2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q17RV3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1AUU / (4R)-4-[4-(5-fluoro-1H-indol-3-yl)piperidine-1-carbonyl]piperidin-2-one 分子量: 343.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₂FN₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl at pH 8.5, 1 M LiCl, 14% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000 and 10% galactose

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29052 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 0.828 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	7.4	0.902	1425	0.795	0.941	0.35	0.97	0.727	97.7
2.64-2.69	7.2	0.746	1423	0.884	0.969	0.291	0.803	0.725	97.7
2.69-2.74	7	0.607	1352	0.876	0.967	0.242	0.656	0.748	91
2.74-2.8	7.6	0.503	1350	0.926	0.98	0.193	0.54	0.75	92
2.8-2.86	7.9	0.41	1451	0.95	0.987	0.154	0.439	0.767	98.6
2.86-2.93	7.9	0.333	1468	0.967	0.992	0.125	0.356	0.788	99.2
2.93-3	8	0.286	1459	0.974	0.993	0.107	0.306	0.791	98.9
3-3.08	7.9	0.233	1461	0.985	0.996	0.088	0.249	0.818	98.6
3.08-3.17	7.8	0.173	1475	0.988	0.997	0.066	0.185	0.89	98.8
3.17-3.28	7.8	0.131	1462	0.993	0.998	0.05	0.141	0.927	98.9
3.28-3.39	7.6	0.108	1471	0.992	0.998	0.042	0.116	0.922	98.9
3.39-3.53	7.5	0.088	1469	0.996	0.999	0.034	0.094	0.948	99.1
3.53-3.69	7.4	0.073	1474	0.997	0.999	0.028	0.078	0.963	98.3
3.69-3.88	7.1	0.061	1455	0.996	0.999	0.024	0.066	0.972	97.5
3.88-4.13	7.2	0.05	1323	0.997	0.999	0.02	0.054	0.943	87.7
4.13-4.45	7.7	0.04	1502	0.999	1	0.015	0.043	0.855	99.5
4.45-4.89	7.6	0.035	1492	0.999	1	0.014	0.038	0.828	99
4.89-5.6	7.5	0.032	1510	0.999	1	0.012	0.034	0.778	98.8
5.6-7.05	7.3	0.032	1505	0.999	1	0.012	0.034	0.76	96.9
7.05-50	7.2	0.023	1525	0.999	1	0.009	0.025	0.663	92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.6→47.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU R Cruickshank DPI: 0.371 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.366 / SU R_free Blow DPI: 0.252 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.256

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	2412	8.31 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.202	29020	96.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.3604 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.5118 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.8486 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→47.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	52	44	4869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4895	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.2	6649	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1652	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		818	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4895	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.16
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.56
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		686	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5201	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.61 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3226	-	8.78 %
R_work	0.2468	530	-
obs	-	-	85.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6479	0.9252	-0.1001	2.6016	0.1575	1.4242	-0.1515	0.3608	0.2437	-0.1929	0.2089	0.0752	-0.0383	0.1096	-0.0574	-0.1273	0.0241	-0.0461	-0.1	-0.032	-0.1324	-18.146	-12.801	8.3135
2	1.953	1.2394	1.0702	3.8631	1.1051	2.112	-0.1137	0.6264	-0.3696	-0.4071	0.3907	-0.4295	-0.0893	0.4989	-0.277	-0.2556	-0.0781	0.1105	-0.0412	-0.1257	-0.147	24.2946	11.675	14.8265

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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