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万見
- PDB-9c5p: Inhibitor bound VIM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c5p
タイトルInhibitor bound VIM1
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Fischmann, T.O. / Scapin, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Discovery of sulfone containing metallo-beta-lactamase inhibitors with reduced bacterial cell efflux and histamine release issues.
著者: Bennett, F. / Huang, Y. / Dong, S. / Jiang, J. / Hunter, D. / Zhao, Z. / Gu, X. / Scott, J.D. / Tang, H. / Yang, D. / Xiao, L. / Scapin, G. / Fischmann, T. / Mirza, A. / Dayananth, P. / ...著者: Bennett, F. / Huang, Y. / Dong, S. / Jiang, J. / Hunter, D. / Zhao, Z. / Gu, X. / Scott, J.D. / Tang, H. / Yang, D. / Xiao, L. / Scapin, G. / Fischmann, T. / Mirza, A. / Dayananth, P. / Painter, R.E. / Villafania, A. / Garlisi, C.G. / Zhang, R. / Mayhood, T.W. / Si, Q. / Li, N. / Amin, R.P. / Chen, F. / Bhatt, B. / Regan, C.P. / Regan, H. / Lin, X. / Wu, J. / Leithead, A. / Young, K. / Pasternak, A.
#1: ジャーナル: BMCL / 年: 2024
タイトル: Discovery of sulfone containing metallo-beta-lactamase inhibitors with reduced bacterial cell efflux and histamine release issues
著者: Bennett, F. / Huang, Y. / Dong, S. / Jiang, J. / Hunter, D.N. / Zhao, Z. / Gu, X. / Scott, J.D. / Tang, H. / Xiao, L. / Scapin, G. / Fischmann, T. / Mirza, A. / Dayananth, P. / Painter, R.E. ...著者: Bennett, F. / Huang, Y. / Dong, S. / Jiang, J. / Hunter, D.N. / Zhao, Z. / Gu, X. / Scott, J.D. / Tang, H. / Xiao, L. / Scapin, G. / Fischmann, T. / Mirza, A. / Dayananth, P. / Painter, R.E. / Villafania, A. / Garlisi, C.G. / Zhang, R. / Mayhood, T.W. / Si, Q. / Li, N. / Amin, R.P. / Chen, F. / Bhatt, B. / Regan, C.P. / Regan, H. / Lin, X. / Wu, J. / Leithead, A. / Black, T. / Young, K. / Pasternak, A.
履歴
登録2024年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7535
ポリマ－26,0661
非ポリマー6874
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.610, 67.880, 40.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase type II


分子量: 26065.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: vim5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70GD3, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-A1AUQ / (2M)-4-(piperidine-4-sulfonyl)-4'-(piperidin-4-yl)-2-(1H-tetrazol-5-yl)[1,1'-biphenyl]-3-sulfonamide


分子量: 531.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H29N7O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.61 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% Peg 3350, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris-Cl pH=8.5, 1 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→67.884 Å / Num. obs: 72070 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.15→1.154 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2271 / Rpim(I) all: 0.343 / Rrim(I) all: 0.633 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.15→16.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9693 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU R Cruickshank DPI: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.034 / SU Rfree Blow DPI: 0.036 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.035
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1754 3619 5.02 %RANDOM
Rwork0.1548 ---
obs0.1559 72027 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.959 Å20 Å20.5373 Å2
2--0.0856 Å20 Å2
3---1.8734 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.124 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.15→16.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 0 39 318 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011839HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.112534HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d614SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes44HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes301HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1839HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.04
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion239SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2397SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 261 5.11 %
Rwork0.1947 4846 -
all0.1955 5107 -
obs--95.7 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.8936 Å / Origin y: -2.5216 Å / Origin z: -5.3031 Å
111213212223313233
T-0.0427 Å2-0.0064 Å20.0036 Å2--0.0311 Å2-0.0016 Å2---0.0204 Å2
L0.6698 °2-0.191 °2-0.0935 °2-0.7857 °20.1518 °2--0.8576 °2
S-0.0142 Å °0.0013 Å °0.0298 Å °-0.0451 Å °0.0228 Å °-0.0615 Å °-0.0219 Å °0.0328 Å °-0.0086 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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