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- PDB-9c5m: Trypanosoma cruzi R19T/K20S/C64Y mutant beta-3-HBDH structure in ... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c5m

タイトル

Trypanosoma cruzi R19T/K20S/C64Y mutant beta-3-HBDH structure in complex with NADH and malonate (P1 space group)

要素

Hydroxybutyrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Trypanosoma cruzi / NADH / malonate / beta-3-Hydroxybutyrate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Hashimoto, H. / Debler, E.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase (HBDH) is NADP-dependent enzyme.
著者: Hashimoto, H. / Debler, E.W.

履歴

登録	2024年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c5m.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c5m.ent.gz	1000.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9c5m_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c5m_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	9c5m_validation.xml.gz	116.9 KB	表示
CIF形式データ	9c5m_validation.cif.gz	155.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9c5hC 9c5iC 9c5jC 9c5kC 9c5lC 9c5nC 9c5oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (3)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (2)

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集合体

登録構造単位

A: Hydroxybutyrate dehydrogenase

B: Hydroxybutyrate dehydrogenase

C: Hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Hydroxybutyrate dehydrogenase

E: Hydroxybutyrate dehydrogenase

F: Hydroxybutyrate dehydrogenase

G: Hydroxybutyrate dehydrogenase

H: Hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

235 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Hydroxybutyrate dehydrogenase

B: Hydroxybutyrate dehydrogenase

C: Hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 4 ポリマー
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E: Hydroxybutyrate dehydrogenase

F: Hydroxybutyrate dehydrogenase

G: Hydroxybutyrate dehydrogenase

H: Hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.820, 73.030, 124.170
Angle α, β, γ (deg.)	74.180, 74.420, 67.350
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質	Hydroxybutyrate dehydrogenase 分子量: 28578.861 Da / 分子数: 8 / 変異: R19T, K20S, C64Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: C4B63_13g310 / プラスミド: pED714 / 詳細 (発現宿主): His-3C-TcHBDH R19T/K20S/C64Y mutant / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL-codon plus / 参照: UniProt: A0A2V2VPF1
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium Tartrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月22日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→40.16 Å / Num. obs: 237502 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.85 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.69→1.73 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.115 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 17320 / CC_1/2: 0.54 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.69→40.16 Å / SU ML: 0.1719 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 18.9887
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1747	1986	0.84 %	Random
R_work	0.1481	235476	-	-
obs	0.1483	237462	96.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→40.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15601	0	448	2221	18270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	16433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9436	22360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0539	2630
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	2841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6373	5876

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.73	0.2622	138	0.2623	16542	X-RAY DIFFRACTION	94.53
1.73-1.78	0.2778	143	0.2457	16574	X-RAY DIFFRACTION	94.55
1.78-1.83	0.2692	138	0.2343	16535	X-RAY DIFFRACTION	94.77
1.83-1.89	0.2621	144	0.2318	16364	X-RAY DIFFRACTION	94
1.89-1.96	0.2947	143	0.2044	16709	X-RAY DIFFRACTION	95.55
1.96-2.04	0.2076	140	0.1764	16813	X-RAY DIFFRACTION	96.21
2.04-2.13	0.1903	149	0.1539	16817	X-RAY DIFFRACTION	96.29
2.13-2.24	0.1723	137	0.1425	16897	X-RAY DIFFRACTION	96.54
2.24-2.38	0.1949	145	0.1358	16873	X-RAY DIFFRACTION	96.78
2.38-2.57	0.1474	144	0.1292	16982	X-RAY DIFFRACTION	96.95
2.57-2.82	0.1777	136	0.1339	16912	X-RAY DIFFRACTION	97.13
2.82-3.23	0.1638	145	0.133	17120	X-RAY DIFFRACTION	97.8
3.23-4.07	0.1309	142	0.1207	17122	X-RAY DIFFRACTION	98.01
4.07-40.16	0.1361	142	0.1288	17216	X-RAY DIFFRACTION	98.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.38758129104	0.399919936714	1.06798712805	2.22654330343	0.69237151278	5.21728834957	0.0396563445114	0.18075001659	-0.0358035171204	-0.183699574466	0.010024870411	-0.0840748532964	0.0347566383311	0.0676915507648	-0.0607014837695	0.165593229417	0.0584266498833	0.0259167647513	0.124491808767	-0.014230406776	0.107467332151	-13.066	-29.033	11.78
2	5.98425573089	1.04000682306	-1.47625130693	0.564432419025	0.0176533293456	1.70580897448	-0.0382073002555	0.262983505962	0.0283920882424	-0.149620561775	0.0650184384694	0.0658298613447	-0.0392798534088	-0.0300765705883	-0.02385823297	0.222036577025	0.0464239862579	0.0146542588232	0.117755530201	-0.0237088977235	0.145651980009	-13.638	-33.861	8.258
3	2.10177482071	1.29523829851	0.0509090468187	3.70446438156	-1.3481414436	1.18256273517	-0.355312232956	-0.362116230104	-0.362371513069	0.169130197218	0.185813238723	0.117787625459	0.305106338123	0.121325047229	0.215214348977	0.322726793958	0.043958107458	0.0329547335768	0.201335510203	-0.0155707496084	0.180934687496	-17.362	-42.553	17.632
4	2.27341750488	-0.877847951069	0.558645399351	0.714607795829	-0.178165065917	0.921161794635	0.108459626951	0.22657357842	-0.0946531981619	-0.0556756293223	-0.126177207324	0.0691899636984	0.113780847181	0.0587582547978	0.00202661871478	0.205992651667	0.00570687578663	-0.00435626055752	0.144387436213	-0.0246354621761	0.148060851103	-29.48	-27.587	15.571
5	8.71982787683	-2.2177536806	6.21490328981	1.80817480097	-1.36572596122	5.89802060919	0.15818911836	0.110421745506	-0.320260236425	-0.0654114317176	-0.0589172008462	0.117122621799	0.287543707202	0.0885736490791	-0.143389604691	0.193998214472	0.0145209479174	0.0325850164153	0.119257409318	-0.0044069677456	0.133527934014	-26.979	-34.029	22.528
6	1.66749839739	-0.411547576187	0.166785462841	0.625143411532	0.195555938121	0.387805821033	-0.00574401856885	-0.033592799859	-0.008584119695	0.00871752427171	0.0203780838191	-0.0035948911441	0.0482263027968	0.0173563983065	-0.0143328666533	0.17209901183	0.017662537243	0.00545339282896	0.121577810827	0.00357980487738	0.112423952281	-25.31	-22.286	23.48
7	4.72307659949	-5.90349057348	3.70331080512	8.6575906292	-3.15921338971	5.22526255831	0.18663875483	0.130627438337	-0.33687484494	-0.341952082284	0.0770796922792	0.285709460592	0.349569200507	-0.0150699122084	-0.227651324594	0.248387234373	0.00894655590155	-0.0223930951414	0.211652974266	0.0335787455168	0.150996067121	-34.177	-16.627	1.695
8	5.17275494983	-0.534995817729	4.58374218403	0.774517680983	0.126976451314	7.93646953944	-0.0803033543819	0.08923398933	0.139505399728	0.0548046027444	-0.0982712199861	-0.0014352867324	-0.0857637508934	0.491025444305	0.16963020652	0.23087478618	0.0159923162274	-0.00232995382553	0.203881101148	0.0594346307385	0.170668460129	-32.88	-7.867	1.038
9	1.92499367407	-1.34641817752	0.820627752352	2.02230210225	-1.13100120411	1.48400879988	0.0498323128132	0.0939215527185	0.0617942803547	-0.0933298075477	-0.0352308749778	-0.032640484929	0.0163642390215	0.0765149912301	-0.017113594916	0.157419716916	0.00190691288868	0.00606241315418	0.130147869389	0.00218013698365	0.108847850964	-19.51	-14.006	19.58
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:47 )	A	5 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 48:71 )	A	48 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 72:85 )	A	72 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 86:108 )	A	86 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 109:137 )	A	109 - 137
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 138:195 )	A	138 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 196:209 )	A	196 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 210:223 )	A	210 - 223
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 224:266 )	A	224 - 266
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 2:20 )	B	2 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 21:47 )	B	21 - 47
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 48:85 )	B	48 - 85
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 86:195 )	B	86 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 196:209 )	B	196 - 209
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 210:223 )	B	210 - 223
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 224:266 )	B	224 - 266
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 4:47 )	C	4 - 47
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 48:86 )	C	48 - 86
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 87:195 )	C	87 - 195
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 196:209 )	C	196 - 209
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 210:223 )	C	210 - 223
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN C AND RESID 224:266 )	C	224 - 266
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 6:47 )	D	6 - 47
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 48:85 )	D	48 - 85
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 86:108 )	D	86 - 108
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 109:137 )	D	109 - 137
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN D AND RESID 138:195 )	D	138 - 195
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN D AND RESID 196:209 )	D	196 - 209
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN D AND RESID 210:266 )	D	210 - 266
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN E AND RESID 5:20 )	E	5 - 20
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN E AND RESID 21:47 )	E	21 - 47
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN E AND RESID 48:71 )	E	48 - 71
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN E AND RESID 72:85 )	E	72 - 85
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN E AND RESID 86:108 )	E	86 - 108
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN E AND RESID 109:137 )	E	109 - 137
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN E AND RESID 138:195 )	E	138 - 195
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN E AND RESID 196:209 )	E	196 - 209
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN E AND RESID 210:223 )	E	210 - 223
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN E AND RESID 224:266 )	E	224 - 266
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN F AND RESID 4:20 )	F	4 - 20
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN F AND RESID 21:47 )	F	21 - 47
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN F AND RESID 48:85 )	F	48 - 85
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN F AND RESID 86:195 )	F	86 - 195
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN F AND RESID 196:209 )	F	196 - 209
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN F AND RESID 210:223 )	F	210 - 223
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN F AND RESID 224:266 )	F	224 - 266
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN G AND RESID 5:47 )	G	5 - 47
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN G AND RESID 48:71 )	G	48 - 71
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN G AND RESID 72:85 )	G	72 - 85
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN G AND RESID 86:195 )	G	86 - 195
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN G AND RESID 196:209 )	G	196 - 209
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN G AND RESID 210:223 )	G	210 - 223
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN G AND RESID 224:266 )	G	224 - 266
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN H AND RESID -1:32 )	H	-1 - 32
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN H AND RESID 33:71 )	H	33 - 71
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN H AND RESID 72:85 )	H	72 - 85
57	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN H AND RESID 86:108 )	H	86 - 108
58	X-RAY DIFFRACTION	58	( CHAIN H AND RESID 109:137 )	H	109 - 137
59	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN H AND RESID 138:195 )	H	138 - 195
60	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN H AND RESID 196:209 )	H	196 - 209
61	X-RAY DIFFRACTION	61	( CHAIN H AND RESID 210:266 )	H	210 - 266

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