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万見
- PDB-9c5e: Covalent Complex Between Parkin Catalytic (Rcat) Domain and Ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c5e
タイトルCovalent Complex Between Parkin Catalytic (Rcat) Domain and Ubiquitin
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase parkin
  • Polyubiquitin-B
キーワードLIGASE / Covalent complex E3 ligase Thioether Haddock
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of compound eye pigmentation / positive regulation of locomotor rhythm / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Josephin domain DUBs / sperm mitochondrion organization / larval locomotory behavior / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Aggrephagy / positive regulation of neuronal action potential / type 2 mitophagy ...positive regulation of compound eye pigmentation / positive regulation of locomotor rhythm / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Josephin domain DUBs / sperm mitochondrion organization / larval locomotory behavior / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Aggrephagy / positive regulation of neuronal action potential / type 2 mitophagy / negative regulation of mitochondrial fusion / positive regulation of mitophagy / RBR-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of autophagy of mitochondrion / regulation of cellular response to oxidative stress / negative regulation of JNK cascade / mitochondrial fission / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of mitochondrion organization / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / oogenesis / positive regulation of mitochondrial fission / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / protein monoubiquitination / ubiquitin ligase complex / protein autoubiquitination / mitophagy / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / neuron projection morphogenesis / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / regulation of mitochondrial membrane potential / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / adult locomotory behavior / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase RBR family / : / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain ...E3 ubiquitin ligase RBR family / : / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-B / E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Connelly, E.M. / Rintala-Dempsey, A.C. / Gundogdu, M. / Freeman, E.A. / Koszela, J. / Aguirre, J.D. / Zhu, G. / Kamarainen, O. / Tadayon, R. / Walden, H. / Shaw, G.S.
資金援助 カナダ, 英国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-14606 カナダ
Wellcome Trust209347/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Capturing the catalytic intermediates of parkin ubiquitination.
著者: Connelly, E.M. / Rintala-Dempsey, A.C. / Gundogdu, M. / Freeman, E.A. / Koszela, J. / Aguirre, J.D. / Zhu, G. / Kamarainen, O. / Tadayon, R. / Walden, H. / Shaw, G.S.
履歴
登録2024年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年10月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
B: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0514
ポリマ－16,9202
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1800 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8720 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin


分子量: 8280.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: park, parkin, CG10523 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7KTX7, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8639.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic13D HN(CA)CB
122isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HNCA
151isotropic12D 1H-15N HSQC
1121isotropic12D 1H-13C HSQC
133isotropic13D HN(CA)CB
143isotropic13D CBCA(CO)NH
1113isotropic13D HNCA
163isotropic12D 1H-15N HSQC
1133isotropic12D 1H-13C HSQC
194isotropic12D 1H-15N HSQC
1105isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1300 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 300 uM Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2ORcat-Ub Covalent complex with 13C,15N-labelled Rcat domain from fly parkin (aa 410-482) linked to unlabelled Ub G75-C3.13C,15N-Rcat-Ub90% H2O/10% D2O
solution2800 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 800 uM Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2ORcat-Ub Covalent complex with 13C,15N-labelled Rcat domain from fly parkin (aa 410-482) linked to unlabelled Ub G75-C3.13C,15N-Rcat-Ub290% H2O/10% D2O
solution3300 uM [U-13C; U-15N] Ubiquitin G75-C3, 300 uM Rcat domain from Parkin, 90% H2O/10% D2ORcat-Ub Covalent complex with unlabelled Rcat domain from fly parkin (aa 410-482) linked to 13C,15N-labelled Ub G75-C3.Rcat-15N,13C-Ub90% H2O/10% D2O
solution4300 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 90% H2O/10% D2O13C,15N-Rcat domain from fly parkin (aa 410-482) in absence of Ub.13C,15N-Rcat90% H2O/10% D2O
solution5500 uM [U-13C; U-15N] Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2O13C,15N-Ub G75-C3 in absence of Rcat.13C,15N-Ub-C390% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMRcat domain from Parkin[U-13C; U-15N]1
300 uMUbiquitin G75-C3natural abundance1
800 uMRcat domain from Parkin[U-13C; U-15N]2
800 uMUbiquitin G75-C3natural abundance2
300 uMUbiquitin G75-C3[U-13C; U-15N]3
300 uMRcat domain from Parkinnatural abundance3
300 uMRcat domain from Parkin[U-13C; U-15N]4
500 uMUbiquitin G75-C3[U-13C; U-15N]5
試料状態詳細: 25 mM HEPES, 0.5 mM TCEP / イオン強度: 100 mM / Label: Conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJJohnson and Blevinschemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
HADDOCKBonvinstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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