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- PDB-9c5d: E. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase containing (2S,3S)-4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c5d
タイトルE. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase containing (2S,3S)-4-Fluorovaline
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
キーワードISOMERASE / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Non-canonical amino acids / fluorinated valine
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperone-mediated protein folding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, E. coli cyclophilin A-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Frkic, R.L. / Jackson, C.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)CE200100012 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)CE200100029 オーストラリア
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: 1.3 angstrom Crystal Structure of E. coli Peptidyl-Prolyl Isomerase B with Uniform Substitution of Valine by (2 S ,3 S )-4-Fluorovaline Reveals Structure Conservation and Multiple ...タイトル: 1.3 angstrom Crystal Structure of E. coli Peptidyl-Prolyl Isomerase B with Uniform Substitution of Valine by (2 S ,3 S )-4-Fluorovaline Reveals Structure Conservation and Multiple Staggered Rotamers of CH 2 F Groups.
著者: Frkic, R.L. / Tan, Y.J. / Maleckis, A. / Chilton, N.F. / Otting, G. / Jackson, C.J.
履歴
登録2024年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,49512
ポリマ－77,1654
非ポリマー1,3318
水17,096949
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 19.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5923
ポリマ－19,2911
非ポリマー3002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 19.5 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5003
ポリマ－19,2911
非ポリマー2092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 19.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6544
ポリマ－19,2911
非ポリマー3623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 19.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7502
ポリマ－19,2911
非ポリマー4591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.623, 84.005, 123.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B / PPIase B / Rotamase B


分子量: 19291.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ppiB, b0525, JW0514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23869, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 7種, 957分子

#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル


分子量: 458.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H42O11 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 31 % (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris pH 7.0, 0.2 M Sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→42.18 Å / Num. obs: 203025 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 2724991
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 2.107 / Num. measured all: 127100 / Num. unique obs: 9926 / CC1/2: 0.514 / Rpim(I) all: 0.61 / Rrim(I) all: 2.194 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→42.18 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 10356 5.1 %
Rwork0.1643 --
obs0.1654 202907 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→42.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5260 0 89 949 6298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.911810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006998
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.310.28293220.26176379X-RAY DIFFRACTION100
1.31-1.330.26553500.25076345X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.350.27953500.23636343X-RAY DIFFRACTION100
1.35-1.360.23883580.22236318X-RAY DIFFRACTION100
1.36-1.380.2683140.23266402X-RAY DIFFRACTION100
1.38-1.40.26883220.2376398X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.420.25753280.20866390X-RAY DIFFRACTION100
1.42-1.440.24913410.20056333X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.460.23693660.17916375X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.490.21183290.17146366X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.510.21723300.16146386X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.540.18153310.156385X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.570.18223410.14866378X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.60.17673230.14786407X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.640.18493740.14826350X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.680.19623580.15186396X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.720.17533960.1516341X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.760.20633150.16576414X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.820.193410.15816433X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.870.18353710.15136374X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.940.16793470.15066414X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.020.16223800.15216391X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.110.16713580.16096408X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.220.17813240.15316487X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.360.1843590.15586419X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.540.19083340.16716497X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.80.18253590.17256469X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.210.19343170.17916576X-RAY DIFFRACTION100
3.21-4.040.17773770.15436545X-RAY DIFFRACTION100
4.04-42.180.17183410.15786832X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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