PDB-9c4z: Menin mutant - G331D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c4z

タイトル

Menin mutant - G331D

要素

Menin

キーワード

PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Clegg, B.D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Menin mutant - G331D
著者: Clegg, B.D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.

履歴

登録	2024年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c4z.cif.gz	210.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c4z.ent.gz	160.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Menin

ヘテロ分子

55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.729, 79.937, 124.71
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Menin 分子量: 54628.258 Da / 分子数: 1 / 変異: G331D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255

-
非ポリマー , 5種, 512分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 96464 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 34
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.852 / Num. unique obs: 4763 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000	722	データ削減
HKL-2000	722	データスケーリング
MOLREP	11.0 / 22.07.2010/	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→24.963 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.051 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	4811	4.991 %
R_work	0.1653	91574	-
all	0.167	-	-
obs	-	96385	99.73 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.829 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.777 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.283 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.494 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.963 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3646	0	47	506	4199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.993	1.824	5312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.687	1.742	8423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.719	5	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.235	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.191	10	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.368	10	175
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	913
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	785
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.005	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.815	1.645	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.815	1.645	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.678	2.951	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.677	2.953	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.062	1.912	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.061	1.913	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.582	3.367	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.581	3.368	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.725	18.518	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.726	18.523	4574

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.278	319	0.257	6597	0.258	7032	0.943	0.954	98.3504	0.234
1.436-1.475	0.27	376	0.227	6477	0.23	6853	0.953	0.965	100	0.2
1.475-1.518	0.22	324	0.204	6356	0.205	6680	0.967	0.972	100	0.177
1.518-1.565	0.21	331	0.185	6165	0.186	6496	0.972	0.977	100	0.16
1.565-1.616	0.216	347	0.178	5973	0.18	6320	0.969	0.979	100	0.153
1.616-1.672	0.219	299	0.171	5803	0.173	6102	0.969	0.981	100	0.146
1.672-1.735	0.208	314	0.168	5606	0.17	5920	0.974	0.982	100	0.145
1.735-1.805	0.189	258	0.162	5411	0.164	5669	0.977	0.983	100	0.141
1.805-1.885	0.2	269	0.159	5170	0.161	5439	0.973	0.984	100	0.142
1.885-1.977	0.183	247	0.163	4973	0.164	5220	0.978	0.984	100	0.15
1.977-2.083	0.193	226	0.159	4781	0.16	5007	0.976	0.985	100	0.15
2.083-2.208	0.185	206	0.158	4507	0.159	4714	0.978	0.985	99.9788	0.152
2.208-2.359	0.174	226	0.144	4225	0.145	4451	0.98	0.987	100	0.141
2.359-2.547	0.171	207	0.142	3952	0.144	4160	0.983	0.987	99.976	0.143
2.547-2.787	0.179	217	0.155	3621	0.156	3840	0.979	0.985	99.9479	0.159
2.787-3.111	0.186	199	0.165	3308	0.166	3511	0.977	0.983	99.8861	0.175
3.111-3.583	0.181	143	0.16	2944	0.161	3096	0.98	0.985	99.7093	0.176
3.583-4.365	0.173	125	0.142	2535	0.144	2680	0.983	0.987	99.2537	0.165
4.365-6.081	0.172	114	0.178	2002	0.178	2128	0.985	0.985	99.4361	0.208
6.081-24.963	0.196	64	0.21	1168	0.209	1306	0.982	0.977	94.3338	0.253

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