PDB-9c4y: Menin mutant - T349M

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c4y

タイトル

Menin mutant - T349M

要素

Menin

キーワード

PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.309 Å

データ登録者

Clegg, B.D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Menin mutant T349M
著者: Clegg, B.D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.

履歴

登録	2024年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c4y.cif.gz	212.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c4y.ent.gz	162 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Menin

ヘテロ分子

55.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.024, 80.268, 124.941
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Menin 分子量: 54600.316 Da / 分子数: 1 / 変異: T349M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255

-
非ポリマー , 5種, 594分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.309→50 Å / Num. obs: 118901 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 30.02
反射シェル	解像度: 1.309→1.33 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.707 / Num. unique obs: 5800 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000	722	データ削減
HKL-2000	722	データスケーリング
MOLREP	11.0 / 22.07.2010/	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.309→28.916 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.721 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1829	5836	4.912 %
R_work	0.1617	112984	-
all	0.163	-	-
obs	-	118820	99.607 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.615 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.057 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.159 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.216 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.309→28.916 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3650	0	40	590	4280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	3866
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.024	1.826	5242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.659	1.742	8394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.737	5	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.497	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.424	10	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.682	10	171
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	3291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.073	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.327	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.544	1.211	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.543	1.211	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.341	2.174	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.341	2.174	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.609	1.451	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.609	1.452	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.95	2.527	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.949	2.528	2824
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.296	14.707	4544
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.296	14.709	4545

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.309-1.343	0.25	402	0.246	7977	0.246	8732	0.962	0.965	95.9574	0.218
1.343-1.38	0.234	439	0.211	8019	0.213	8484	0.966	0.972	99.6935	0.185
1.38-1.42	0.226	395	0.2	7844	0.202	8261	0.968	0.975	99.7337	0.174
1.42-1.463	0.198	386	0.18	7616	0.181	8012	0.976	0.979	99.8752	0.154
1.463-1.511	0.188	403	0.172	7385	0.173	7795	0.976	0.981	99.9102	0.148
1.511-1.564	0.189	361	0.161	7185	0.162	7551	0.978	0.983	99.9338	0.14
1.564-1.623	0.19	380	0.156	6903	0.158	7285	0.978	0.985	99.9725	0.137
1.623-1.689	0.175	326	0.153	6702	0.155	7028	0.981	0.985	100	0.136
1.689-1.764	0.194	340	0.155	6392	0.157	6732	0.977	0.985	100	0.139
1.764-1.85	0.185	297	0.151	6153	0.153	6450	0.978	0.986	100	0.138
1.85-1.949	0.189	297	0.156	5867	0.158	6164	0.978	0.985	100	0.146
1.949-2.067	0.17	282	0.154	5536	0.155	5818	0.983	0.986	100	0.148
2.067-2.209	0.169	252	0.146	5237	0.147	5489	0.982	0.987	100	0.145
2.209-2.385	0.168	249	0.139	4875	0.14	5124	0.982	0.988	100	0.139
2.385-2.61	0.172	235	0.148	4539	0.149	4774	0.981	0.986	100	0.153
2.61-2.916	0.179	212	0.157	4084	0.158	4296	0.979	0.985	100	0.166
2.916-3.361	0.17	212	0.164	3629	0.165	3841	0.981	0.984	100	0.179
3.361-4.103	0.167	151	0.148	3132	0.149	3283	0.983	0.987	100	0.169
4.103-5.744	0.189	149	0.163	2433	0.164	2585	0.984	0.987	99.8839	0.198
5.744-28.916	0.183	68	0.211	1476	0.21	1567	0.983	0.977	98.5322	0.265

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