PDB-9c4x: Menin mutant - M327I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c4x

タイトル

Menin mutant - M327I

要素

Menin

キーワード

PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.577 Å

データ登録者

Clegg, B.D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Menin mutant M327I
著者: Clegg, B.D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.

履歴

登録	2024年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c4x.cif.gz	208.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c4x.ent.gz	159.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Menin

ヘテロ分子

55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49, 80.203, 124.65
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Menin 分子量: 54552.184 Da / 分子数: 1 / 変異: M327I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.577→50 Å / Num. obs: 67731 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 23.49
反射シェル	解像度: 1.577→1.61 Å / R_merge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 3251

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000	722	データ削減
HKL-2000	722	データスケーリング
MOLREP	11.0 / 22.07.2010/	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.577→31.182 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.19 / WR_factor R_work: 0.155 / SU B: 1.526 / SU ML: 0.053 / Average fsc free: 0.9731 / Average fsc work: 0.9804 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1939	3367	4.976 %
R_work	0.1613	64300	-
all	0.163	-	-
obs	-	67667	98.738 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.425 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.596 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.021 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.577→31.182 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3672	0	52	449	4173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3863
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.816	1.826	5235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.645	1.742	8407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.035	5	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.443	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.26	10	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.368	10	173
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	902
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.99	1.701	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.989	1.701	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.978	3.047	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.977	3.048	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.039	2.007	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.022	2.006	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.581	3.514	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.555	3.511	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.921	19.596	4467
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.92	19.601	4468

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.577-1.618	0.241	217	0.228	4466	0.229	4976	0.962	0.961	94.1117	0.205
1.618-1.662	0.234	255	0.208	4466	0.21	4841	0.957	0.967	97.5212	0.183
1.662-1.71	0.238	240	0.199	4428	0.201	4763	0.961	0.97	98.0055	0.171
1.71-1.762	0.253	219	0.183	4281	0.186	4583	0.958	0.975	98.189	0.156
1.762-1.82	0.196	207	0.168	4225	0.17	4493	0.975	0.981	98.6423	0.142
1.82-1.884	0.166	195	0.151	4099	0.151	4336	0.982	0.985	99.0314	0.127
1.884-1.954	0.187	176	0.156	3983	0.157	4181	0.977	0.984	99.4738	0.133
1.954-2.034	0.199	224	0.154	3766	0.157	4011	0.973	0.985	99.4764	0.135
2.034-2.124	0.19	198	0.153	3641	0.155	3863	0.978	0.986	99.3787	0.138
2.124-2.227	0.176	194	0.145	3508	0.147	3731	0.982	0.987	99.2227	0.13
2.227-2.347	0.172	180	0.137	3337	0.139	3528	0.982	0.988	99.6882	0.125
2.347-2.488	0.175	152	0.14	3157	0.142	3319	0.98	0.988	99.6987	0.13
2.488-2.659	0.202	160	0.158	2996	0.16	3162	0.976	0.985	99.8102	0.147
2.659-2.87	0.194	156	0.156	2810	0.158	2970	0.978	0.985	99.8653	0.149
2.87-3.142	0.203	141	0.172	2568	0.174	2713	0.974	0.981	99.8526	0.171
3.142-3.508	0.2	122	0.164	2381	0.165	2503	0.976	0.984	100	0.167
3.508-4.042	0.166	117	0.147	2092	0.148	2209	0.986	0.988	100	0.158
4.042-4.93	0.156	104	0.143	1806	0.144	1914	0.986	0.988	99.791	0.16
4.93-6.886	0.258	73	0.189	1418	0.192	1493	0.972	0.982	99.866	0.213
6.886-31.182	0.214	37	0.184	872	0.185	930	0.978	0.979	97.7419	0.212

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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