PDB-9c4w: Menin mutant - G331R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c4w

タイトル

Menin mutant - G331R

要素

Menin

キーワード

PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.398 Å

データ登録者

Clegg, B.D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Menin mutant - G331R
著者: Clegg, B.D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.

履歴

登録	2024年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c4w.cif.gz	214.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c4w.ent.gz	165.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c4w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Menin

ヘテロ分子

55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.714, 80.012, 124.62
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Menin 分子量: 54670.367 Da / 分子数: 1 / 変異: G331R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.398→67.33 Å / Num. obs: 96452 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.398→1.47 Å / R_merge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 13763 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MOLREP	11.0 / 22.07.2010/	位相決定
XDS		データ削減
Aimless	0.7.15	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.398→67.329 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 0.89 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1812	4914	5.099 %
R_work	0.1576	91457	-
all	0.159	-	-
obs	-	96371	99.361 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.345 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.379 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.424 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.803 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.398→67.329 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3664	0	47	509	4220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.985	1.831	5468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.669	1.748	8669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.728	5	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.786	5	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.671	10	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.572	10	184
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4894
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	972
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	847
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.383	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.772	1.568	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.772	1.568	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.652	2.81	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.652	2.811	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.99	1.866	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.989	1.868	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.543	3.264	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.543	3.265	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.656	18.062	4733
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.557	16.936	4615

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.398-1.435	0.222	327	0.221	6598	0.221	7055	0.966	0.969	98.1573	0.214
1.435-1.474	0.201	352	0.203	6472	0.203	6913	0.974	0.974	98.7126	0.192
1.474-1.517	0.208	363	0.182	6304	0.183	6730	0.974	0.979	99.0639	0.169
1.517-1.563	0.183	351	0.172	6122	0.172	6531	0.979	0.982	99.1119	0.157
1.563-1.615	0.192	312	0.164	5981	0.165	6342	0.977	0.983	99.2274	0.147
1.615-1.671	0.176	311	0.155	5780	0.156	6140	0.981	0.985	99.202	0.139
1.671-1.734	0.181	306	0.151	5593	0.153	5944	0.98	0.985	99.2429	0.135
1.734-1.805	0.18	283	0.149	5374	0.151	5702	0.978	0.986	99.2108	0.134
1.805-1.885	0.182	303	0.151	5149	0.152	5470	0.98	0.986	99.6709	0.138
1.885-1.977	0.186	263	0.156	4962	0.157	5237	0.98	0.986	99.7709	0.145
1.977-2.084	0.19	258	0.154	4771	0.156	5037	0.98	0.987	99.8412	0.146
2.084-2.21	0.18	230	0.153	4495	0.155	4730	0.98	0.988	99.8943	0.147
2.21-2.363	0.162	219	0.14	4248	0.141	4472	0.985	0.989	99.8882	0.137
2.363-2.552	0.167	217	0.139	3948	0.14	4166	0.984	0.988	99.976	0.14
2.552-2.795	0.182	199	0.151	3642	0.153	3841	0.98	0.986	100	0.156
2.795-3.124	0.202	168	0.163	3360	0.165	3528	0.977	0.983	100	0.174
3.124-3.606	0.179	158	0.15	2952	0.152	3110	0.98	0.987	100	0.167
3.606-4.413	0.155	144	0.137	2518	0.138	2662	0.986	0.988	100	0.166
4.413-6.228	0.179	94	0.179	2011	0.179	2105	0.986	0.986	100	0.218
6.228-67.329	0.209	56	0.198	1177	0.198	1239	0.973	0.978	99.5157	0.264

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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