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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c49 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Danio rerio voltage-sensing phosphatase (VSP) phosphatase domain | ||||||
要素 | Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / phosphatase / voltage-sensing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / regulation of endocytosis / protein-tyrosine-phosphatase / monoatomic ion channel activity / cell projection / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L. / Brohawn, S.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Coupling sensor to enzyme in the voltage sensing phosphatase. 著者: Yawei Yu / Lin Zhang / Baobin Li / Zhu Fu / Stephen G Brohawn / Ehud Y Isacoff / 要旨: Voltage-sensing phosphatases (VSPs) dephosphorylate phosphoinositide (PIP) signaling lipids in response to membrane depolarization. VSPs possess an S4-containing voltage sensor domain (VSD), ...Voltage-sensing phosphatases (VSPs) dephosphorylate phosphoinositide (PIP) signaling lipids in response to membrane depolarization. VSPs possess an S4-containing voltage sensor domain (VSD), resembling that of voltage-gated cation channels, and a lipid phosphatase domain (PD). The mechanism by which voltage turns on enzyme activity is unclear. Structural analysis and modeling suggest several sites of VSD-PD interaction that could couple voltage sensing to catalysis. Voltage clamp fluorometry reveals voltage-driven rearrangements in three sites implicated earlier in enzyme activation-the VSD-PD linker, gating loop and R loop-as well as the N-terminal domain, which has not yet been explored. N-terminus mutations perturb both rearrangements in the other segments and enzyme activity. Our results provide a model for a dynamic assembly by which S4 controls the catalytic site. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9c49.cif.gz | 162.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9c49.ent.gz | 100.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9c49.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9c49_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9c49_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9c49_validation.xml.gz | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9c49_validation.cif.gz | 42.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c49 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 45178MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59640.520 Da / 分子数: 2 / 変異: C302S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: tpte, tpip, vsp, wu:fd20e11, wu:fi24b06 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q4V9E4, protein-tyrosine-phosphatase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2) in lipid nanodisc タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.119 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: VSP reconstituted in MSP2N2 lipid nanodiscs with 2:1:1:0.2 DOPE:POPS:POPC:Brain PI(3,4)P2 | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K / 詳細: 3s blot, blot force 1 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208690 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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