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- PDB-9c40: Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/V103Y: Suppressing G12D ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c40
タイトルCrystal structure of GDP-bound KRAS G12D/V103Y: Suppressing G12D oncogenicity via second-site V103Y mutation
要素Isoform 2B of GTPase KRas
キーワードONCOPROTEIN / KRAS / RAS / nucleotide-binding protein / signaling protein / G12D / V103Y
機能・相同性
機能・相同性情報


response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation ...response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / skeletal muscle cell differentiation / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Insulin receptor signalling cascade / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / liver development / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / female pregnancy / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of cellular senescence / DAP12 signaling / MAPK cascade / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tran, T.H. / Dharmaiah, S. / Simanshu, D.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)75N91019D00024 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Comprehensive structure-function analysis reveals gain- and loss-of-function mechanisms impacting oncogenic KRAS activity.
著者: Kwon, J.J. / Dilly, J. / Liu, S. / Kim, E. / Bian, Y. / Dharmaiah, S. / Tran, T.H. / Kapner, K.S. / Ly, S.H. / Yang, X. / Rabara, D. / Waybright, T.J. / Giacomelli, A.O. / Hong, A.L. / Misek, ...著者: Kwon, J.J. / Dilly, J. / Liu, S. / Kim, E. / Bian, Y. / Dharmaiah, S. / Tran, T.H. / Kapner, K.S. / Ly, S.H. / Yang, X. / Rabara, D. / Waybright, T.J. / Giacomelli, A.O. / Hong, A.L. / Misek, S. / Wang, B. / Ravi, A. / Doench, J.G. / Beroukhim, R. / Lemke, C.T. / Haigis, K.M. / Esposito, D. / Root, D.E. / Nissley, D.V. / Stephen, A.G. / McCormick, F. / Simanshu, D.K. / Hahn, W.C. / Aguirre, A.J.
履歴
登録2024年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8376
ポリマ－38,9022
非ポリマー9354
水2,252125
1
A: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9183
ポリマ－19,4511
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9183
ポリマ－19,4511
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.940, 85.940, 41.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-357-

HOH

21B-357-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 61 or resid 68...
21(chain B and (resid 2 through 60 or (resid 61...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLNGLN(chain A and (resid 2 through 61 or resid 68...AA2 - 613 - 62
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 2 through 61 or resid 68...AA68 - 16469 - 165
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 2 through 61 or resid 68...AA165166
14THRTHRGLUGLU(chain A and (resid 2 through 61 or resid 68...AA2 - 1683 - 169
15THRTHRGLUGLU(chain A and (resid 2 through 61 or resid 68...AA2 - 1683 - 169
16THRTHRGLUGLU(chain A and (resid 2 through 61 or resid 68...AA2 - 1683 - 169
21THRTHRGLYGLY(chain B and (resid 2 through 60 or (resid 61...BB2 - 603 - 61
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 2 through 60 or (resid 61...BB6162
23GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 2 through 60 or (resid 61...BB0 - 1681 - 169
24GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 2 through 60 or (resid 61...BB0 - 1681 - 169
25GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 2 through 60 or (resid 61...BB0 - 1681 - 169
26GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 2 through 60 or (resid 61...BB0 - 1681 - 169

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19450.891 Da / 分子数: 2 / 変異: G12D, V103Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium Nitrate, 2.2 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.47
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 31943 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.584 % / Biso Wilson estimate: 38.992 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.854.6270.7122.4723750.7170.805100
1.85-1.94.7380.553.4323140.8110.62100
1.9-1.954.6890.4074.7722430.8930.459100
1.95-2.014.6180.3046.1621480.9350.34499.8
2.01-2.084.5290.2527.4821280.9450.28699.9
2.08-2.154.5930.1899.520270.9640.21499.8
2.15-2.234.5230.14311.3319760.9770.16299.9
2.23-2.324.450.11113.8319180.9850.12699.8
2.32-2.434.3470.09615.4517720.9850.10999.6
2.43-2.554.0120.0816.4917350.9880.09298.9
2.55-2.684.680.07319.916520.990.08299.8
2.68-2.854.8160.06721.815750.9920.076100
2.85-3.044.770.05924.4214670.9930.06799.9
3.04-3.294.6640.05526.0313760.9940.062100
3.29-3.64.7140.05127.4412440.9940.05799.8
3.6-4.034.6280.04827.8411320.9940.054100
4.03-4.654.3110.04427.2810050.9940.05199.2
4.65-5.694.5440.04228.038460.9940.04899.8
5.69-8.054.9650.04229.416580.9950.047100
8.05-504.7640.03729.263520.9980.04299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5US4

5us4


解像度: 1.8→42.97 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.85 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2078 1974 6.19 %
Rwork0.1722 29968 -
obs0.18 31943 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.75 Å2 / Biso mean: 33.6998 Å2 / Biso min: 21.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→42.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2618 0 58 126 2802
Biso mean--26.69 34.24 -
残基数----330
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A996X-RAY DIFFRACTION7.14TORSIONAL
12B996X-RAY DIFFRACTION7.14TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.840.33721420.31722141228394
1.85-1.890.29721380.28822164230294
1.89-1.950.25731420.25792123226594
1.95-2.010.25471330.24982120225394
2.01-2.090.28151370.24342202233994
2.09-2.170.28191370.23542106224394
2.17-2.270.20761440.23722161230594
2.27-2.390.22851500.22212139228993
2.39-2.540.211410.21922098223993
2.54-2.730.22651350.20222160229594
2.73-3.010.2341470.19532130227794
3.01-3.440.22721310.16612167229894
3.45-4.330.18181450.12822128227393
4.34-42.970.16991530.12672129228293
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.3966 Å / Origin y: -14.0233 Å / Origin z: -2.285 Å
111213212223313233
T0.1554 Å20.0251 Å2-0.0084 Å2-0.1872 Å20.0215 Å2--0.3127 Å2
L0.3319 °2-0.1996 °2-0.162 °2-0.9408 °20.4677 °2--0.6417 °2
S-0.0039 Å °0.004 Å °0.031 Å °0.0494 Å °0.0365 Å °0.0014 Å °0.007 Å °-0.0123 Å °-0.0177 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 168
2X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 204
3X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 168
4X-RAY DIFFRACTION1allB202 - 204
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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