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- PDB-9c3t: Crystal structure of DNA N6-Adenine Methyltransferase M.BceJIV fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c3t
タイトルCrystal structure of DNA N6-Adenine Methyltransferase M.BceJIV from Burkholderia cenocepacia in complex with duplex DNA substrate containing GTAAAC as recognition sequence
要素
  • DNA1
  • DNA2
  • Methyltransferase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA N6-Adenine Methyltransferase / M.BceJIV / Burkholderia cenocepacia
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Restriction/modification DNA-methyltransferase / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / DNA / DNA (> 10) / Methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Kottur, J. / Quintana-Feliciano, R. / Aggarwal, A.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Burkholderia cenocepacia epigenetic regulator M.BceJIV simultaneously engages two DNA recognition sequences for methylation.
著者: Quintana-Feliciano, R. / Kottur, J. / Ni, M. / Ghosh, R. / Salas-Estrada, L. / Ahlsen, G. / Rechkoblit, O. / Shapiro, L. / Filizola, M. / Fang, G. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2024年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase
B: Methyltransferase
C: Methyltransferase
D: Methyltransferase
E: DNA1
F: DNA2
G: DNA1
H: DNA2
I: DNA1
J: DNA2
K: DNA1
L: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,72316
ポリマ－160,19712
非ポリマー1,5264
水6,233346
1
A: Methyltransferase
B: Methyltransferase
E: DNA1
F: DNA2
G: DNA1
H: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8618
ポリマ－80,0996
非ポリマー7632
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14300 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area23730 Å2
手法PISA
2
C: Methyltransferase
D: Methyltransferase
I: DNA1
J: DNA2
K: DNA1
L: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8618
ポリマ－80,0996
非ポリマー7632
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14110 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.728, 137.728, 167.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質
Methyltransferase


分子量: 31490.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
遺伝子: JAO13_04290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8I1DKW0
#2: DNA鎖
DNA1


分子量: 4263.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
#3: DNA鎖
DNA2


分子量: 4294.814 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
#4: 化合物
ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.10% w/v n-Octyl-beta-D-glucoside, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, and 22% w/v Polyethylene glycol 3350
PH範囲: 5-6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979338 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→32.98 Å / Num. obs: 38837 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.37→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1944 / CC1/2: 0.594 / % possible all: 74.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20rc3_4406: ???)精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
XDSJun 30, 2023 (BUILT 20230630)データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→32.76 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 1950 5.02 %
Rwork0.1808 --
obs0.1834 38828 61.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→32.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7876 2269 0 346 10491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60815081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.4592198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051557
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.430.2686160X-RAY DIFFRACTION
2.43-2.50.4624150.278211X-RAY DIFFRACTION
2.5-2.570.387330.3257448X-RAY DIFFRACTION
2.57-2.650.44500.3809X-RAY DIFFRACTION
2.65-2.750.3267570.29911259X-RAY DIFFRACTION30
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3.96-4.530.17992010.14494276X-RAY DIFFRACTION100
4.53-5.710.20792270.15054274X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05540.0663-0.02510.1473-0.06710.0319-0.0979-0.017-0.11010.0235-0.010.08630.11180.0037-0.2380.34140.04620.22460.0650.16790.387-16.1607-55.00357.5806
20.06420.03290.05480.01710.02790.0471-0.0053-0.0437-0.00690.0476-0.0180.0224-0.0153-0.0298-0.05430.3788-0.03430.16890.18420.03420.1658-12.5729-47.924815.8711
30.1474-0.01380.11510.0269-0.05720.1565-0.1329-0.146-0.07710.0769-0.0333-0.03560.01420.0906-0.49160.03650.2146-0.0466-0.15210.2435-0.0588-6.4697-40.75953.7577
40.18810.09230.1280.11170.01380.1347-0.01660.1433-0.157-0.16690.0577-0.081-0.04550.076-0.02970.39950.11790.09440.1438-0.05780.254811.4319-49.0688-10.4938
50.11090.111-0.0440.1237-0.02850.0412-0.2029-0.0166-0.1713-0.0795-0.01730.09770.2-0.0281-0.42280.3424-0.03450.1845-0.13030.02080.2608-9.5337-54.3304-5.1555
60.0817-0.06710.01890.11120.04390.06630.0294-0.05840.115-0.01110.0020.0267-0.10150.02830.06390.3031-0.029800.2015-0.17550.47085.8008-10.01249.9364
70.0572-0.0099-0.06230.00780.01050.07710.0006-0.28690.01710.16790.01910.05770.01080.18270.00790.21870.01290.01650.2143-0.04950.19064.6318-26.396211.9693
80.03090.0157-0.02030.14030.10940.12330.0196-0.0012-0.0042-0.0239-0.00780.02180.11650.1092-0.00650.0910.0966-0.0357-0.0060.05210.14171.9246-33.2977-0.1097
90.12820.0593-0.00790.0421-0.00030.00190.0046-0.0395-0.08430.0249-0.0022-0.00740.01160.02790.01470.13880.1942-0.05170.05070.02010.0522.2506-35.8711.8786
100.01940.0053-0.00610.01310.03450.1236-0.00750.00550.07740.00490.04910.1003-0.0412-0.0390.01320.28790.0736-0.05440.060.0770.2734-11.7687-19.1155-5.1334
11-0.00040.0005-0.0110.017-0.00840.08120.07680.08920.0026-0.09260.02430.072-0.0274-0.12020.09410.1020.0717-0.07060.06140.1460.2003-7.1009-26.7071-15.5568
120.00440.01870.02210.08150.10250.11890.0484-0.02250.0945-0.06980.0753-0.0643-0.09370.06910.26390.1357-0.0854-0.1015-0.0636-0.09960.25157.6631-14.7727-0.9637
130.0059-0.0009-0.00350.001-0.00030.0018-0.0566-0.00360.0322-0.00670.01590.0732-0.056-0.0405-0.00010.45670.05390.17910.8999-0.09910.52896.907-51.3096-39.6119
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160.16790.1108-0.02430.08510.01060.0487-0.0596-0.1021-0.05110.1560.0036-0.14110.09830.0026-0.02070.7559-0.0762-0.24150.60970.21460.418746.8498-77.5912-32.8717
170.07610.0021-0.04330.39790.01040.03980.0051-0.124-0.20270.2439-0.1121-0.370.2624-0.0725-0.01280.4508-0.1489-0.09350.46060.09510.325744.8683-70.5154-48.8037
180.0369-0.0150.00510.0331-0.03260.02220.17950.09960.16550.07710.06760.3127-0.1145-0.2360.00590.38880.0260.03250.3449-0.02780.4468-23.7831-30.4979-7.5407
190.04140.0291-0.00630.0233-0.0037-0.0001-0.00080.03070.11590.03810.11370.08360.153-0.30270.00010.34950.00470.05080.35760.02740.3639-24.7939-28.9378-6.2382
200.03270.0180.00820.10160.10040.0822-0.02250.0359-0.0112-0.04340.1645-0.26070.27590.37910.10690.37650.1299-0.0450.40980.05080.336720.2655-41.2531-3.7619
210.02240.0132-0.00520.04120.02770.0290.0595-0.0669-0.01930.14930.0853-0.0603-0.0170.3060.04760.47020.1453-0.0310.3760.03230.254221.395-42.7946-2.9103
220.0392-0.0187-0.03290.04660.01740.02350.2878-0.03580.2242-0.03880.1526-0.2072-0.06640.0210.00020.5329-0.0704-0.03130.7132-0.03260.430141.2742-46.6359-55.2298
230.04040.0102-0.03310.0388-0.01980.02680.078-0.09530.05880.13540.1516-0.1535-0.2216-0.12890.00030.522-0.1178-0.02480.5665-0.0240.334642.8617-45.9782-54.2701
240.03880.0080.03220.0317-0.00580.02610.1759-0.1572-0.15690.01590.0110.05770.0847-0.17360.00030.9375-0.28450.04270.66480.11160.427224.8424-88.2785-48.9851
250.0152-0.0210.00720.0311-0.01940.00770.0207-0.1896-0.07730.10680.02220.04670.2063-0.04400.7008-0.27010.0820.86590.04370.401423.6203-89.1218-48.6082
精密化 TLSグループ
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24X-RAY DIFFRACTION24chain 'K' and (resid 1 through 14 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and (resid 1 through 14 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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