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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c3s
タイトルCrystal structure of DNA N6-Adenine Methyltransferase M.BceJIV from Burkholderia cenocepacia in complex with duplex DNA substrate containing GTATAC as recognition sequence
要素
  • DNA1
  • DNA2
  • Methyltransferase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA N6-Adenine Methyltransferase / M.BceJIV / Burkholderia cenocepacia
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Restriction/modification DNA-methyltransferase / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / SINEFUNGIN / DNA / DNA (> 10) / Methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Kottur, J. / Quintana-Feliciano, R. / Aggarwal, A.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Burkholderia cenocepacia epigenetic regulator M.BceJIV simultaneously engages two DNA recognition sequences for methylation.
著者: Quintana-Feliciano, R. / Kottur, J. / Ni, M. / Ghosh, R. / Salas-Estrada, L. / Ahlsen, G. / Rechkoblit, O. / Shapiro, L. / Filizola, M. / Fang, G. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2024年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase
B: Methyltransferase
C: Methyltransferase
D: Methyltransferase
E: DNA1
F: DNA2
G: DNA1
H: DNA2
I: DNA1
J: DNA2
K: DNA1
L: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,06517
ポリマ－160,19712
非ポリマー1,8685
水5,693316
1
A: Methyltransferase
B: Methyltransferase
E: DNA1
F: DNA2
G: DNA1
H: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2049
ポリマ－80,0996
非ポリマー1,1053
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14810 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area24130 Å2
手法PISA
2
C: Methyltransferase
D: Methyltransferase
I: DNA1
J: DNA2
K: DNA1
L: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8618
ポリマ－80,0996
非ポリマー7632
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14100 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area24580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.728, 137.728, 167.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-417-

HOH

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 EGIKFHJL

#2: DNA鎖
DNA1


分子量: 4254.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
#3: DNA鎖
DNA2


分子量: 4303.829 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質
Methyltransferase


分子量: 31490.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
遺伝子: JAO13_04290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8I1DKW0
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 320分子

#5: 化合物
ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.10% w/v n-Octyl-beta-D-glucoside, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, and 22% w/v Polyethylene glycol 3350
PH範囲: 5-6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979338 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→32.91 Å / Num. obs: 41892 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.17→2.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2094 / CC1/2: 0.627

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20rc3_4406: ???)精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
XDSJun 30, 2023 (BUILT 20230630)データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→32.76 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 2090 4.99 %
Rwork0.189 --
obs0.1917 41883 50.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→32.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7563 2269 131 316 10279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71715006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.8352195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061540
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.210.587760.378366X-RAY DIFFRACTION
2.21-2.270.434140.3356192X-RAY DIFFRACTION
2.27-2.330.4186150.3354298X-RAY DIFFRACTION
2.33-2.40.273321456X-RAY DIFFRACTION
2.4-2.480.4047260.3366691X-RAY DIFFRACTION
2.48-2.570.3797660.3274976X-RAY DIFFRACTION
2.57-2.670.379790.31721430X-RAY DIFFRACTION27
2.67-2.790.3292960.29812059X-RAY DIFFRACTION39
2.79-2.940.30731620.27993004X-RAY DIFFRACTION58
2.94-3.120.28712480.25114514X-RAY DIFFRACTION86
3.12-3.360.24182680.19365164X-RAY DIFFRACTION98
3.36-3.70.23742650.18225213X-RAY DIFFRACTION99
3.7-4.230.21663210.15465178X-RAY DIFFRACTION99
4.23-5.330.22222350.14655280X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2075-0.02690.00040.0796-0.00110.0981-0.0740.04040.0528-0.03590.04030.0971-0.2259-0.0688-0.26030.3233-0.02-0.15470.18910.14990.3722-16.1036-13.7991-49.1962
20.1284-0.07740.15050.1036-0.08650.2319-0.2528-0.01280.2880.14360.03210.1062-0.34430.0245-0.40480.29090.0151-0.1093-0.1280.16140.1756-5.5114-20.0039-40.3662
30.0369-0.0178-0.02360.1170.0830.06020.03670.0764-0.1867-0.0773-0.0072-0.04910.12730.09260.16050.39070.14210.05110.1987-0.11830.45495.9053-58.8704-51.6265
40.0071-0.007-0.00360.00720.00450.0026-0.13210.03980.0253-0.0727-0.0106-0.053-0.02360.05920.00010.2816-0.02640.0830.3431-0.12910.431614.5618-40.7984-50.7843
50.00720.0014-0.00780.01120.00530.01510.02950.1813-0.05130.0049-0.02110.0940.08220.1498-00.30560.0568-0.00750.4049-0.05020.26084.2563-44.9252-58.9198
60.03390.02470.12070.0390.03210.6073-0.0390.1115-0.06760.04560.01240.0177-0.14370.1717-0.04880.1407-0.0113-0.00580.0932-0.02160.1991-0.0838-38.915-47.0898
70.14480.03150.01720.15440.12670.102-0.01160.0073-0.07210.0623-0.00590.0820.0760.02560.00290.1791-0.10120.05920.11180.05280.26-5.4712-42.2684-39.5998
80.0436-0.01520.10140.0201-0.04090.23310.0978-0.1504-0.08950.0982-0.03830.00340.0872-0.115-0.07720.2143-0.02880.15020.06420.12370.1648-7.0178-42.1954-26.0871
90.03630.01730.01910.1440.1690.1977-0.00850.0258-0.2150.16350.0506-0.03680.15660.06180.0660.23640.03720.08490.024-0.05270.3497.7473-54.1114-40.6867
100.00650.0059-0.00280.0088-0.00180.0010.06390.0733-0.11850.09650.11330.08420.0806-0.19810.00020.45420.0804-0.17021.2123-0.15470.6188.0863-17.7286-4.7278
110.01420.01160.01170.01020.00940.00860.0537-0.0138-0.2077-0.078-0.09850.02930.017-0.196800.43780.0881-0.11070.978-0.12610.453224.3015-18.7325-3.5611
120.20030.0174-0.1420.11520.07780.62820.08720.169-0.0311-0.1189-0.08120.00080.0261-0.03080.03290.35330.2511-0.0040.675-0.01040.173227.4884-7.40421.3136
130.01510.0312-0.01010.0649-0.02120.0068-0.04340.11720.13650.09950.14460.14780.022-0.1292-0.00360.52360.3043-0.03991.1754-0.04870.355814.46615.07399.0341
140.00430.00290.00540.0040.00260.00640.0679-0.09120.1230.0643-0.0110.02630.01950.00180.00010.68360.246-0.05890.9671-0.06610.512822.827215.826623.5096
150.44740.0350.0040.10750.04560.12070.0423-0.0846-0.0812-0.0941-0.14890.0743-0.1896-0.3181-0.14540.33640.2326-0.02360.7939-0.02120.276820.8322-6.957714.6864
160.00680.0047-0.00220.00690.0020.0032-0.08930.0602-0.0914-0.0440.01150.1008-0.0636-0.140200.44160.1373-0.1231.1577-0.05770.571310.1101-11.77227.0448
170.49450.0385-0.17940.022-0.03410.0867-0.12490.0758-0.0297-0.0696-0.0390.0198-0.1132-0.069-0.03460.486-0.0035-0.12641.0516-0.02040.358810.2118-20.51639.3381
18-0.00020-0.00060.0004-0.00210.0056-0.13740.10640.0937-0.11770.05740.0367-0.09080.1636-0.00020.89150.04140.2220.80680.22170.785956.04047.8594-10.6568
190.52550.14770.20080.16130.11730.1078-0.23740.04830.0127-0.31710.0355-0.1129-0.249-0.2168-0.19860.90360.20320.13880.67290.26060.394541.56228.8839-8.6869
200.11770.12360.03640.12980.03790.01170.06510.018-0.0663-0.0203-0.0372-0.053-0.01760.05590.02710.63920.20190.10010.71250.14180.289641.0752-1.6166-5.7137
210.21730.0288-0.13810.10510.16130.4024-0.10210.01450.1207-0.0022-0.0863-0.0367-0.1659-0.0885-0.2410.51870.2626-0.03690.60890.11430.299133.99362.77355.8174
220.08980.1873-0.0080.3832-0.01710.0014-0.04530.1577-0.0864-0.1518-0.116-0.1006-0.2348-0.2584-0.04920.35980.19780.08950.610.07120.294242.3738-3.81657.0907
230.00590.00210.00090.00370.0010.0047-0.0153-0.008-0.0404-0.01170.0435-0.0486-0.0161-0.0301-00.4740.07610.04510.49630.01430.344843.1193-14.673528.5306
240.00180.0130.01680.04350.05750.0717-0.0814-0.06770.2629-0.0524-0.0006-0.2966-0.36950.14620.01170.49450.0894-0.02610.50840.06840.477347.92674.65159.6373
250.00030.0022-0.00310.0075-0.00980.00980.0290.05020.0213-0.00180.0647-0.1703-0.07030.11860.00010.7345-0.04720.19160.53070.12740.620154.747115.32611.8106
260.19220.1388-0.03370.4109-0.11760.49150.1658-0.1658-0.2709-0.08220.17120.46010.2437-0.50250.29240.3035-0.0082-0.02440.36020.00650.4784-23.7447-38.4253-34.1323
270.1129-0.095-0.0060.106-0.01850.0289-0.097-0.1431-0.1269-0.38970.11690.1141-0.2831-0.58140.00020.375-0.0337-0.04230.3470.03240.3661-24.6357-39.8879-35.3584
280.0267-0.084-0.00980.3618-0.02470.0877-0.03530.16170.12580.00760.0589-0.3218-0.40250.44840.37130.3244-0.12950.05710.42820.11310.365220.3943-27.4616-37.8933
290.1767-0.00090.13480.05470.04350.1383-0.01950.1319-0.031-0.10330.097-0.04010.01390.57850.03190.4641-0.19020.04280.51880.02150.273821.4598-26.0864-38.6773
300.0730.04610.0490.12140.00430.03770.26950.0252-0.24050.22210.2723-0.27620.1487-0.04310.0040.5710.1442-0.00250.7029-0.0370.497441.3242-22.263913.468
310.08950.07320.06670.10820.03840.0507-0.00120.1174-0.0017-0.16270.0754-0.05990.3914-0.288900.62820.10260.02960.72680.02320.333642.8561-22.852712.6005
320.13140.0366-0.09610.0121-0.02660.17330.02150.03120.1818-0.05970.12540.1585-0.1093-0.23630.34310.99480.4293-0.08590.72930.08620.528824.72519.45997.3752
330.2453-0.3162-0.26280.41160.34060.28360.15190.2004-0.1687-0.05190.16470.1771-0.2067-0.0170.14480.68840.3618-0.13190.85360.06360.43223.642320.28926.9693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 279 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 30 through 58 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 59 through 76 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 77 through 94 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 95 through 140 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 141 through 171 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 172 through 210 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 211 through 278 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 36 through 54 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 55 through 90 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 91 through 154 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 155 through 171 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 172 through 186 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 187 through 230 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 231 through 254 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 255 through 279 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 37 through 54 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 55 through 94 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 95 through 120 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 121 through 140 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 141 through 171 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 172 through 186 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 187 through 254 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 255 through 277 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 1 through 14 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 1 through 14 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 1 through 14 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 1 through 14 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'I' and (resid 1 through 14 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'J' and (resid 1 through 14 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'K' and (resid 1 through 14 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'L' and (resid 1 through 14 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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