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万見
- PDB-9c3i: Rebuilt CNOT3/tRNA-LEU structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c3i
タイトルRebuilt CNOT3/tRNA-LEU structure
要素
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 3
  • tRNA Leu, UAA-1-1
キーワードTRANSCRIPTION / mRNA degradation / CCR4-NOT complex / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / trophectodermal cell differentiation / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / P-body ...CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / trophectodermal cell differentiation / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / P-body / regulation of translation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of DNA-templated transcription / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCR4-Not complex component, Not N-terminal domain / NOT2/NOT3/NOT5, C-terminal / CCR4-NOT complex, subunit 3/ 5 / Not1 N-terminal domain, CCR4-Not complex component / NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal / CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain superfamily / Not2/Not3/Not5
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CCR4-NOT transcription complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Erzberger, J.P. / Cruz, V.E.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA282036 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135617-01 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP220309 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR150074 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP170644 米国
Welch FoundationI-1961 米国
Welch FoundationI-1897 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Specific tRNAs promote mRNA decay by recruiting the CCR4-NOT complex to translating ribosomes.
著者: Xiaoqiang Zhu / Victor Emmanuel Cruz / He Zhang / Jan P Erzberger / Joshua T Mendell /
要旨: The CCR4-NOT complex is a major regulator of eukaryotic messenger RNA (mRNA) stability. Slow decoding during translation promotes association of CCR4-NOT with ribosomes, accelerating mRNA degradation. ...The CCR4-NOT complex is a major regulator of eukaryotic messenger RNA (mRNA) stability. Slow decoding during translation promotes association of CCR4-NOT with ribosomes, accelerating mRNA degradation. We applied selective ribosome profiling to further investigate the determinants of CCR4-NOT recruitment to ribosomes in mammalian cells. This revealed that specific arginine codons in the P-site are strong signals for ribosomal recruitment of human CNOT3, a CCR4-NOT subunit. Cryo-electron microscopy and transfer RNA (tRNA) mutagenesis demonstrated that the D-arms of select arginine tRNAs interact with CNOT3 and promote its recruitment whereas other tRNA D-arms sterically clash with CNOT3. These effects link codon content to mRNA stability. Thus, in addition to their canonical decoding function, tRNAs directly engage regulatory complexes during translation, a mechanism we term P-site tRNA-mediated mRNA decay.
履歴
登録2024年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
Remark 0THIS ENTRY 9C3I REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 8BHF, DETERMINED BY ...THIS ENTRY 9C3I REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 8BHF, DETERMINED BY Absmeier, E., Chandrasekaran, V., O'Reilly, F.J., Stowell, J.A.W., Rappsilber, J., Passmore, L.A.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: CCR4-NOT transcription complex subunit 3
A: tRNA Leu, UAA-1-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,8562
ポリマ－91,8562
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 3 / CCR4-associated factor 3 / Leukocyte receptor cluster member 2


分子量: 64125.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT3, KIAA0691, LENG2, NOT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75175
#2: RNA鎖 tRNA Leu, UAA-1-1


分子量: 27730.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CNOT3/tRNA-Leu / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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