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万見
- PDB-9c3d: Crystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c3d
タイトルCrystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein CcrA-like_MBL-B1 from Dyadobacter fermentans
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lacatamase / CcrA-like_MBL / antibiotic-resistance / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Dyadobacter fermentans DSM 18053 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein CcrA-like_MBL-B1 from Dyadobacter fermentans
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
履歴
登録2024年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0233
ポリマ－24,8921
非ポリマー1312
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.176, 62.256, 72.387
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase type II


分子量: 24892.285 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-244 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dyadobacter fermentans DSM 18053 (バクテリア)
遺伝子: Dfer_1371 / プラスミド: pMGCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: C6W709, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 18637 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 29.69 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 1.159 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 827 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.387 / Rrim(I) all: 1.227 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→47.2 Å / SU ML: 0.2618 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7503
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2111 952 5.12 %
Rwork0.1877 17626 -
obs0.1889 18578 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1746 0 2 130 1878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00651810
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87432456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0604273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2944655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.940.34641180.29392297X-RAY DIFFRACTION90.48
1.94-2.060.29031290.23322475X-RAY DIFFRACTION98.04
2.06-2.220.25231500.19932515X-RAY DIFFRACTION99.7
2.22-2.450.27331400.19692522X-RAY DIFFRACTION99.78
2.45-2.80.211270.19172558X-RAY DIFFRACTION99.15
2.8-3.530.24051380.19752576X-RAY DIFFRACTION99.67
3.53-47.20.161500.16092683X-RAY DIFFRACTION98.99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.60586525346-1.17284677490.9901239898165.04290338095-0.3713341679226.97562542201-0.119441214277-0.481095443994-0.3395480856670.532876443532-0.005961642126630.279270101360.4107637759870.04609864748310.1024623552420.3204034531990.03414897895260.08786579523180.195844468234-0.01658681164070.25206287129-13.6767141388-6.07648361245-4.7404451406
21.67317830343-0.767624254607-0.6247395863233.79636457661.368877401732.04704681174-0.01262371762250.077308929839-0.121883737052-0.165862022696-0.009629600069830.008673008299680.106416803570.05595908853860.01711558787830.216520741770.0128359262781-0.006782619090290.2559433912520.0009787510624470.19577517119-9.489690835913.98538842076-10.9431802234
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 20 through 76 )20 - 761 - 57
22chain 'A' and (resid 77 through 243 )77 - 24358 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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