PDB-9c2k: The crystal structure of HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c2k

タイトル

The crystal structure of HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II in complex with a Fab

要素

BL3-6 Fab heavy chain
BL3-6 Fab light chain
Rev Response Element

キーワード

RNA / HIV-1 / Replication / Fab / Chaperone / Rev response element

機能・相同性

PHOSPHATE ION / : / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Ojha, M. / Koirala, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HIV-1 RRE SL2 in complex with Fab BL3-6
著者: Ojha, M. / Koirala, D.

履歴

登録	2024年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c2k.cif.gz	625.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c2k.ent.gz	427.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/9c2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/9c2k	HTTPS FTP

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類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

H: BL3-6 Fab heavy chain

L: BL3-6 Fab light chain

A: BL3-6 Fab heavy chain

B: BL3-6 Fab light chain

R: Rev Response Element

C: Rev Response Element

ヘテロ分子

145 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: BL3-6 Fab heavy chain

L: BL3-6 Fab light chain

R: Rev Response Element

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.5 kDa, 3 ポリマー
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2

A: BL3-6 Fab heavy chain

B: BL3-6 Fab light chain

C: Rev Response Element

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.359, 76.238, 82.599
Angle α, β, γ (deg.)	116.560, 94.910, 102.750
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	chain "H"
d_1	ens_2	chain "B"
d_2	ens_2	chain "L"
d_1	ens_3	chain "C"
d_2	ens_3	chain "R"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	ens_1	SER	SER	CYS	CYS	A	C	3 - 228	3 - 228
d_2	ens_1	SER	SER	CYS	CYS	H	A	3 - 228	3 - 228
d_1	ens_2	SER	SER	CYS	CYS	B	D	1 - 215	1 - 215
d_2	ens_2	SER	SER	CYS	CYS	L	B	1 - 215	1 - 215
d_1	ens_3	G	G	C	C	C	F	1 - 3	1 - 3
d_2	ens_3	G	G	C	C	R	E	1 - 3	1 - 3

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.395785168245, 0.7840671779, 0.478113753344), (0.784185136448, 0.0176079979642, 0.620277059209), (0.477920257335, 0.620426159142, -0.621822811323)	-0.0141491849805, -1.91187533027, 94.4596297598
2	given	(-0.405703878239, 0.781747662319, 0.473576768476), (0.774792509001, 0.0192811255519, 0.631921519014), (0.484872077127, 0.623296743659, -0.613514660108)	-0.647591172271, -2.51502173931, 94.7796655972
3	given	(-0.436026701639, 0.761933669435, 0.478892262246), (0.695566317441, -0.0523230994705, 0.716554109125), (0.571023829188, 0.645538052048, -0.507161128102)	-5.11000088762, -15.5202366524, 93.7382091523

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 RC

#3: RNA鎖	Rev Response Element 分子量: 23261.906 Da / 分子数: 2 / Fragment: Stem-Loop II / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: GenBank: 902798

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体	BL3-6 Fab heavy chain 分子量: 24766.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	BL3-6 Fab light chain 分子量: 23394.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 431分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% PEG 3350 PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→45.76 Å / Num. obs: 102736 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 46.12 Å² / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.083 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.42→2.45 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2744 / CC_1/2: 0.753 / R_rim(I) all: 0.554 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.42→45.33 Å / SU ML: 0.3984 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.3926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2653	3409	3.55 %
R_work	0.2055	92550	-
obs	0.2075	95959	83.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→45.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6654	3086	122	424	10286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	10360
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1802	14740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0552	1758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	1326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.3434	4188

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	C	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.790166378577
ens_2	d_2	D	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.605713344047
ens_3	d_2	F	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	4.97638191697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.45	0.3406	138	0.316	3654	X-RAY DIFFRACTION	78.9
2.45-2.49	0.3758	142	0.2973	3819	X-RAY DIFFRACTION	83.11
2.49-2.53	0.3657	140	0.2894	3813	X-RAY DIFFRACTION	82.77
2.53-2.57	0.3258	144	0.2866	3842	X-RAY DIFFRACTION	82.02
2.57-2.61	0.2911	131	0.2765	3822	X-RAY DIFFRACTION	81.84
2.61-2.66	0.3869	136	0.2926	3729	X-RAY DIFFRACTION	81.23
2.66-2.71	0.3766	136	0.2765	3761	X-RAY DIFFRACTION	80.92
2.71-2.77	0.3348	137	0.2791	3626	X-RAY DIFFRACTION	78.59
2.77-2.83	0.3639	132	0.255	3507	X-RAY DIFFRACTION	76.03
2.83-2.89	0.3006	146	0.2517	3826	X-RAY DIFFRACTION	82.3
2.89-2.96	0.2652	142	0.2539	3648	X-RAY DIFFRACTION	79.29
2.96-3.05	0.3002	143	0.2406	3910	X-RAY DIFFRACTION	84.05
3.05-3.13	0.2969	149	0.254	4029	X-RAY DIFFRACTION	86.54
3.13-3.24	0.3001	146	0.2253	3982	X-RAY DIFFRACTION	86.58
3.24-3.35	0.2502	145	0.2044	3997	X-RAY DIFFRACTION	85.93
3.35-3.49	0.2988	147	0.1972	3977	X-RAY DIFFRACTION	85.17
3.49-3.64	0.2745	143	0.1897	3921	X-RAY DIFFRACTION	85.34
3.64-3.84	0.2738	137	0.1922	3849	X-RAY DIFFRACTION	83.01
3.84-4.08	0.194	133	0.1849	3642	X-RAY DIFFRACTION	78.84
4.08-4.39	0.2535	139	0.167	3851	X-RAY DIFFRACTION	82.71
4.39-4.83	0.194	149	0.1542	4104	X-RAY DIFFRACTION	88.2
4.83-5.53	0.257	149	0.1657	4193	X-RAY DIFFRACTION	90.5
5.53-6.96	0.2447	155	0.1951	4040	X-RAY DIFFRACTION	87.84
6.96-45.33	0.2035	150	0.1745	4008	X-RAY DIFFRACTION	86.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7634009358	-1.67684496305	-2.34288868407	3.85292100799	-3.27992080889	5.34791361603	-0.191347474713	0.382500319248	-0.212848138139	0.383441258786	0.42720390616	-1.23721063602	1.06653266124	1.5952977102	-0.132531787197	0.374044087075	0.0249497209969	-0.0393030329591	0.370954560028	0.193963264514	0.462584408302	7.18773226608	-15.538953244	29.1104611677
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22	0.873856699992	0.237216519923	-0.262198537325	2.36998540453	0.336045190235	0.33038251695	0.139255919859	0.439710836271	0.139789595639	-0.111256689073	-0.217032876888	-0.019299297543	0.240584552139	0.401580329907	0.0711384303358	0.419056935094	0.107477151232	-0.011177306739	0.586958749084	0.14586776317	0.317581695917	-48.6224188415	-22.2328027701	10.6464936229
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29	0.583511740426	0.822354777325	-0.843336229284	1.82417781323	-1.62758640077	1.51878093295	-0.768054335514	0.838775357571	-1.03407762043	-0.326946630013	-0.508794856076	-0.597628530051	0.150418100352	2.03149694474	0.512607570771	1.61240123893	0.0666958381087	-0.166056403111	1.97294015491	-0.39636157874	2.34215116471	-19.8944395714	20.6600976753	12.6945986715
30	4.60136736369	-5.06055608449	-3.23919255849	5.52677215281	3.64139378571	5.64691775632	0.450754396515	-0.0634164139249	1.77514957477	-1.65871303404	-0.417996034208	-0.907773006926	-1.07742459003	0.283937564865	-0.351114927277	1.53754284291	0.249804103243	-0.390692986581	0.802907160915	0.00347141882829	1.92213735013	-30.2114766482	14.3634512655	-1.16105246633
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32	4.30530201621	2.95754393762	-0.731196910873	4.90227028778	2.99972299871	4.73380547962	0.647842071531	-1.98930797631	0.805363162079	0.904753627755	0.0327106421527	-1.57104578265	-0.317834782944	1.86978735106	-0.648161429636	1.77809847921	0.147687108944	-0.535996280811	2.18352690321	-0.184484712331	2.32737808506	-13.6115180171	-72.1628304533	54.3256920888
33	2.44817279046	0.705368944756	-0.581692479147	3.95530459423	-0.188930691633	2.34970189276	0.103411310606	-0.170820852763	-1.12880055841	0.254652796234	-0.021903996432	-0.970701404739	1.15008091678	1.12775214725	-0.209900008232	1.25175938352	0.451985251204	-0.18492114756	0.916631431967	0.144956546541	1.06029472694	-29.5375375619	-76.9435179206	47.4988331131

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'H' and (resid 3 through 20 )	H	A	3 - 20	1 - 18
2	2	chain 'H' and (resid 21 through 86 )	H	A	21 - 86	19 - 84
3	3	chain 'H' and (resid 87 through 102 )	H	A	87 - 102	85 - 100
4	4	chain 'H' and (resid 103 through 115 )	H	A	103 - 115	101 - 113
5	5	chain 'H' and (resid 116 through 187 )	H	A	116 - 187	114 - 185
6	6	chain 'H' and (resid 188 through 228 )	H	A	188 - 228	186 - 226
7	7	chain 'L' and (resid 1 through 26 )	L	B	1 - 26	1 - 26
8	8	chain 'L' and (resid 27 through 103 )	L	B	27 - 103	27 - 103
9	9	chain 'L' and (resid 104 through 114 )	L	B	104 - 114	104 - 114
10	10	chain 'L' and (resid 115 through 129 )	L	B	115 - 129	115 - 129
11	11	chain 'L' and (resid 130 through 164 )	L	B	130 - 164	130 - 164
12	12	chain 'L' and (resid 165 through 189 )	L	B	165 - 189	165 - 189
13	13	chain 'L' and (resid 190 through 215 )	L	B	190 - 215	190 - 215
14	14	chain 'A' and (resid 3 through 20 )	A	C	3 - 20	1 - 18
15	15	chain 'A' and (resid 21 through 36 )	A	C	21 - 36	19 - 34
16	16	chain 'A' and (resid 37 through 63 )	A	C	37 - 63	35 - 61
17	17	chain 'A' and (resid 64 through 86 )	A	C	64 - 86	62 - 84
18	18	chain 'A' and (resid 87 through 102 )	A	C	87 - 102	85 - 100
19	19	chain 'A' and (resid 103 through 115 )	A	C	103 - 115	101 - 113
20	20	chain 'A' and (resid 116 through 136 )	A	C	116 - 136	114 - 134
21	21	chain 'A' and (resid 137 through 157 )	A	C	137 - 157	135 - 155
22	22	chain 'A' and (resid 158 through 200 )	A	C	158 - 200	156 - 198
23	23	chain 'A' and (resid 201 through 228 )	A	C	201 - 228	199 - 226
24	24	chain 'B' and (resid 1 through 26 )	B	D	1 - 26	1 - 26
25	25	chain 'B' and (resid 27 through 91 )	B	D	27 - 91	27 - 91
26	26	chain 'B' and (resid 92 through 140 )	B	D	92 - 140	92 - 140
27	27	chain 'B' and (resid 141 through 215 )	B	D	141 - 215	141 - 215
28	28	chain 'R' and (resid 1 through 15 )	R	E	1 - 15
29	29	chain 'R' and (resid 16 through 30 )	R	E	16 - 30
30	30	chain 'R' and (resid 31 through 45 )	R	E	31 - 45
31	31	chain 'R' and (resid 46 through 72 )	R	E	46 - 72
32	32	chain 'C' and (resid 1 through 30 )	C	F	1 - 30
33	33	chain 'C' and (resid 31 through 72 )	C	F	31 - 72

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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