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万見
- PDB-9c2h: SARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Fab-NP1E9 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c2h
タイトルSARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Fab-NP1E9 and Fab-NP3B4
要素
  • Antibody Fab NP1-E9 Heavy Chain (variable region)
  • Antibody Fab NP1-E9 Light Chain (variable region)
  • Antibody Fab NP3-B4 Heavy Chain (variable region)
  • Antibody Fab NP3-B4 Light Chain (variable region)
  • Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Protein / Fab / immunocomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / molecular condensate scaffold activity / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / RNA stem-loop binding / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Mus sp. (ネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Landeras-Bueno, S. / Hariharan, C. / Diaz Avalos, R. / Ollmann Saphire, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH R21 AI178427-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural stabilization of the intrinsically disordered SARS-CoV-2 N by binding to RNA sequences engineered from the viral genome fragment.
著者: Sara Landeras-Bueno / Chitra Hariharan / Ruben Diaz Avalos / Andrew S Norris / Dalton T Snyder / Kathryn M Hastie / Stephanie Harkins / Michelle Zandonatti / Roshan R Rajamanickam / Eduardo ...著者: Sara Landeras-Bueno / Chitra Hariharan / Ruben Diaz Avalos / Andrew S Norris / Dalton T Snyder / Kathryn M Hastie / Stephanie Harkins / Michelle Zandonatti / Roshan R Rajamanickam / Eduardo Olmedillas / Robyn Miller / Sujan Shresta / Vicki H Wysocki / Erica Ollmann Saphire /
要旨: The nucleocapsid N is one of four structural proteins of the coronaviruses. Its essential role in genome encapsidation makes it a critical therapeutic target for COVID-19 and related diseases. ...The nucleocapsid N is one of four structural proteins of the coronaviruses. Its essential role in genome encapsidation makes it a critical therapeutic target for COVID-19 and related diseases. However, the inherent disorder of full-length N hampers its structural analysis. Here, we describe a stepwise method using viral-derived RNAs to stabilize SARS-CoV-2 N for EM analysis. We identify pieces of RNA from the SARS-CoV-2 genome that promote the formation of structurally homogeneous N dimers, intermediates of assembly, and filamentous capsid-like structures. Building on these results, we engineer a symmetric RNA to stabilize N protein dimers, the building block of high-order assemblies, for EM studies. We combine domain-specific monoclonal antibodies against N with chemical cross-linking mass spectrometry to validate the spatial arrangement of the N domains within the dimer. Additionally, our cryo-EM analysis reveals novel antigenic sites on the N protein. Our findings provide insights into N protein´s architectural and antigenic principles, which can guide design of pan-coronavirus therapeutics.
履歴
登録2024年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Antibody Fab NP3-B4 Heavy Chain (variable region)
C: Antibody Fab NP3-B4 Light Chain (variable region)
D: Nucleoprotein
E: Antibody Fab NP1-E9 Heavy Chain (variable region)
F: Antibody Fab NP1-E9 Light Chain (variable region)
G: Antibody Fab NP3-B4 Heavy Chain (variable region)
H: Antibody Fab NP3-B4 Light Chain (variable region)
I: Antibody Fab NP1-E9 Heavy Chain (variable region)
J: Antibody Fab NP1-E9 Light Chain (variable region)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,86210
ポリマ－157,86210
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 16422.410 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 244-364 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 抗体 Antibody Fab NP3-B4 Heavy Chain (variable region)


分子量: 26549.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus sp. (ネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Antibody Fab NP3-B4 Light Chain (variable region)


分子量: 11548.821 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus sp. (ネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 Antibody Fab NP1-E9 Heavy Chain (variable region)


分子量: 12557.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus sp. (ネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 Antibody Fab NP1-E9 Light Chain (variable region)


分子量: 11853.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus sp. (ネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Antibody Fabs NP1E9 and NP3B4
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHepesHepes1
2250 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.15粒子像選択
4cryoSPARC2.15CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.15分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1520588
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 632077 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0028830
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52411950
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9331206
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391270
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041528

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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