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- PDB-9c2g: ISOBUTYLENE EPOXIDE HYDROLASE FROM MYCOLICIBACTERIUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c2g
タイトルISOBUTYLENE EPOXIDE HYDROLASE FROM MYCOLICIBACTERIUM
要素Isobutylene epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / bacterial epoxide hydrolase / 2-methylpropene (isobutylene) / alpha/beta hydrolase fold / soluble epoxide hydrolase
機能・相同性Octadecane
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Rose, R.B. / Swartz, P. / Faulkner, N.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentUS Department of Agriculture's National Institute of Food and Agriculture, Hatch Project NC02591, NCSU Biotechnology Program 米国
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2025
タイトル: Characterization of an isobutylene epoxide hydrolase (IbcK) from the isobutylene-catabolizing bacterium Mycolicibacterium sp. ELW1.
著者: Faulkner, N.W. / Joyce, J.B. / Smith, C. / Swartz, P. / Rose, R.B. / Miller, E.S. / Hyman, M.R.
履歴
登録2024年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isobutylene epoxide hydrolase
B: Isobutylene epoxide hydrolase
C: Isobutylene epoxide hydrolase
D: Isobutylene epoxide hydrolase
E: Isobutylene epoxide hydrolase
F: Isobutylene epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,41223
ポリマ－220,9996
非ポリマー2,41217
水4,972276
1
A: Isobutylene epoxide hydrolase
B: Isobutylene epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3847
ポリマ－73,6662
非ポリマー7175
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
2
D: Isobutylene epoxide hydrolase
ヘテロ分子

C: Isobutylene epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5729
ポリマ－73,6662
非ポリマー9067
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_355-x-2,y+1/2,-z+1/21
Buried area3090 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
3
E: Isobutylene epoxide hydrolase
F: Isobutylene epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4567
ポリマ－73,6662
非ポリマー7895
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.417, 181.005, 221.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Isobutylene epoxide hydrolase


分子量: 36833.191 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Environmental isolate from stream adjacent soil, Raleigh, NC, USA
由来: (組換発現) Mycolicibacterium (バクテリア) / 株: ELW1 / 遺伝子: ibcK / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: EC: 3.3.23.10

-
非ポリマー , 5種, 293分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-8K6 / Octadecane / N-Octadecane


分子量: 254.494 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M MgSO4, 0.1 M MES:NaOH / Temp details: l

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen gas / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→47.3 Å / Num. obs: 81304 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 37.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.2 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.29→2.34 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Num. unique obs: 3614 / CC1/2: 0.768 / CC star: 0.932 / Rpim(I) all: 0.311 / Rrim(I) all: 0.709 / % possible all: 83.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→47.3 Å / SU ML: 0.2599 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.9039
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 1990 2.46 %Random selection
Rwork0.1776 78746 --
obs0.1788 80736 90.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14100 0 109 276 14485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002714637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.567119936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04312114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00532563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.75915131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.350.29221190.22474791X-RAY DIFFRACTION78.62
2.35-2.410.22551320.22245200X-RAY DIFFRACTION84.47
2.41-2.480.29611310.21865173X-RAY DIFFRACTION85.26
2.48-2.560.31391350.22245313X-RAY DIFFRACTION85.86
2.56-2.650.30831340.22345306X-RAY DIFFRACTION86.96
2.65-2.760.2671370.21225361X-RAY DIFFRACTION87.49
2.76-2.880.261380.20515468X-RAY DIFFRACTION88.35
2.89-3.040.30741390.22015530X-RAY DIFFRACTION89.57
3.04-3.230.25281440.21045674X-RAY DIFFRACTION91.39
3.23-3.480.23141480.18295859X-RAY DIFFRACTION94.69
3.48-3.830.20411530.15956065X-RAY DIFFRACTION97.55
3.83-4.380.20461570.14146159X-RAY DIFFRACTION98.26
4.38-5.510.15481570.146260X-RAY DIFFRACTION99.03
5.52-47.30.22291660.17336587X-RAY DIFFRACTION99.34
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.0351197821 Å / Origin y: -16.0723599577 Å / Origin z: 26.4064406277 Å
111213212223313233
T0.254631341776 Å2-0.00702974238449 Å20.0471828789836 Å2-0.323540563692 Å20.0113650339007 Å2--0.299191604915 Å2
L0.189316312471 °2-0.0450811842219 °2-0.0563272815576 °2-0.372709011918 °20.146707429555 °2--0.18062095907 °2
S0.0452899188309 Å °-0.0162306318544 Å °0.0662714224891 Å °-0.129918641826 Å °0.0318442505168 Å °-0.0238086530569 Å °-0.134126723395 Å °0.0108806450185 Å °-0.0781326523054 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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