PDB-9c1s: Fab F946 in complex with OspC type A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c1s

タイトル

Fab F946 in complex with OspC type A

要素

F946 Fab Heavy Chain
F946 Fab Light Chain
Outer surface protein C

キーワード

IMMUNE SYSTEM/ANTIGEN / Fab-antigen complex / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-ANTIGEN complex

機能・相同性

external side of cell outer membrane / Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / Outer surface protein C

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Borreliella burgdorferi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Mantis, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fab F946 in complex with OspC type A
著者: Rudolph, M.J. / Mantis, N.

履歴

登録	2024年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c1s.cif.gz	555.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c1s.ent.gz	381.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9c1s_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c1s_full_validation.pdf.gz	475 KB	表示
XML形式データ	9c1s_validation.xml.gz	48 KB	表示
CIF形式データ	9c1s_validation.cif.gz	63.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/9c1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/9c1s	HTTPS FTP

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類似性 (1)
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類似性 (1)
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多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

H: F946 Fab Heavy Chain

L: F946 Fab Light Chain

A: F946 Fab Heavy Chain

B: F946 Fab Light Chain

C: Outer surface protein C

D: Outer surface protein C

131 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.815, 95.141, 182.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: 抗体	F946 Fab Heavy Chain 分子量: 24591.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	F946 Fab Light Chain 分子量: 23429.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質	Outer surface protein C / PC 分子量: 17528.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア) 株: B31 / 遺伝子: ospC, BB_B19 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07337
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM Ammonium nitrate and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 42767 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 38.5 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / Num. unique obs: 1909 / CC_1/2: 0.71 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→47.57 Å / SU ML: 0.3452 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.2688
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2508	2083	4.95 %
R_work	0.1958	39993	-
obs	0.1985	42076	96.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8960	0	0	233	9193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9133
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5609	12382
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0399	1435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	1563
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.1807	1236

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.66	0.3305	93	0.2516	1688	X-RAY DIFFRACTION	61.5
2.66-2.73	0.3115	130	0.2621	2479	X-RAY DIFFRACTION	92
2.73-2.8	0.3321	131	0.2669	2614	X-RAY DIFFRACTION	95.02
2.8-2.88	0.3248	126	0.2585	2632	X-RAY DIFFRACTION	96.53
2.88-2.97	0.3627	136	0.2588	2721	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.97-3.08	0.3428	125	0.242	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.08-3.2	0.3084	132	0.2283	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.35	0.2737	155	0.2159	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.35-3.53	0.265	174	0.2136	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.75	0.2261	160	0.1978	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.04	0.2463	163	0.1793	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.44	0.235	114	0.1541	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.08	0.1774	146	0.1438	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
5.08-6.4	0.2114	147	0.1728	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4-47.57	0.1974	151	0.1726	2949	X-RAY DIFFRACTION	99.01

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.19890707179	0.29050053278	0.421458475989	3.20600175207	-0.116599437795	2.4570457573	-0.0701084740276	-0.102774851047	-0.218696932661	0.000644702870596	0.235844141428	0.533944373284	0.148266128289	-0.263473939688	-0.105014962778	0.283862828076	-0.027804059355	0.00466457433165	0.233741156006	0.0134555310005	0.321665701787	-11.6625195209	6.43445719642	22.9382377989
2	3.58820484924	1.86794771553	-1.13953897119	3.79637176884	-0.165900862399	5.19710105357	0.164197038702	0.27523906403	-0.366170821353	-0.30781614307	0.106424220058	-0.234096228175	0.579060940186	0.569926053253	-0.130277219809	0.413416202134	0.135781508197	-0.145724695773	0.371944105753	-0.135886328387	0.429845675079	-9.72532282147	3.2228355602	-10.8487098537
3	2.44320900943	-0.481023308393	-0.580044741072	3.74950231138	0.222511263062	5.03921489129	-0.249672570998	0.0707898625387	0.160660470548	-0.00603942597215	0.214280394305	0.394626007574	-0.092552144443	-0.195355216245	0.00669486968847	0.298630754584	-0.0151528818847	-0.0800602148406	0.199893754409	0.0174813777006	0.343789038118	-8.92219863195	27.1532975232	16.6916439424
4	5.30244567435	1.19849082821	-4.57167897625	0.84996515718	-0.425930982069	6.27588226457	0.326148715269	0.481990004941	0.470031028388	0.0412375531265	-0.0961972001712	0.589842439608	-1.46194125254	-0.416827967258	-0.251357427747	0.540413530472	0.0821270271948	-0.0619505750796	0.217093317367	-0.0546162665869	0.465323470485	-9.40395784935	33.3800731317	20.0855324436
5	5.52373188124	3.88217795329	-3.30785538498	3.95781319402	-3.21949882857	7.78101229643	-0.151267216713	-0.0189845640385	0.170799945098	-0.344037939323	0.173303772458	0.207456736301	0.322872693579	-0.124293519032	0.00870014272416	0.349588470487	0.0692540428544	-0.0811134223816	0.19965341024	-0.0457774363636	0.337496332343	-10.5079918376	23.6527567101	16.2911578786
6	1.61946394747	-0.329482460683	0.635246653845	2.72393701446	3.55415887057	5.35545164694	-0.0933910652434	0.489175414958	0.247169141345	-0.615445295804	0.827531720345	-0.284498278183	0.00404444796128	-0.195061841482	-0.607385632132	0.464672636959	-0.175634337794	-0.0326173532271	0.438786510204	0.0422479654268	0.240600194512	-8.40494015307	29.1791014488	-5.32261696244
7	4.67376984506	1.58792956114	1.52042049393	4.6100798222	0.0783168004997	3.59068316372	0.250589214251	0.617286332123	-0.834518806344	-0.2409367926	0.351605139047	-0.492114359669	0.456501964784	0.361717286419	-0.563900753517	0.493260763951	0.0381113373146	-0.0328735779819	0.507248083956	-0.155046772968	0.444012954575	-17.5981886155	4.98988448028	-21.1480367969
8	3.73535839285	0.793600512857	1.88209650554	2.23694017638	1.22312727939	2.38853443003	0.0591042318024	0.295821020114	-0.118370433729	0.0269609997893	0.0204968557621	0.0636422524585	-0.091926872991	0.0892470015351	-0.0420853381763	0.310034841203	-0.0194210592316	0.0389646412519	0.265528250326	-0.0206046896581	0.255429408887	-21.289912637	17.4822729563	-14.4908940234
9	4.62093036883	4.13491552925	2.88899078134	3.925847703	2.26071383572	2.41295343236	0.287046384183	-0.610774135075	-0.340139001803	-0.397208286823	-0.440216930872	-0.714315084499	-0.0848461724496	1.24085739641	0.0665274855019	0.439881236666	-0.0670937559537	-0.0136604509428	0.511410512382	-0.00169022303063	0.514431568516	-5.89931072792	21.5841696516	-5.73101638356
10	5.13299181346	3.91318122844	2.28597224936	7.40524588586	1.77129083987	6.65388783501	-0.17454223581	0.514040472777	0.088678799894	-1.00968184077	-0.0632106486637	0.339476957617	-0.307908061602	0.0955961848769	0.193886976433	0.36518516434	0.0835238965873	-0.0303390342351	0.377139938057	-0.0256393388977	0.260374894691	-22.8725933818	14.4054981384	-22.3040327934
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精密化 TLSグループ

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21	21	chain 'C' and (resid 87 through 140 )	C	E	87 - 140	47 - 100
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25	25	chain 'D' and (resid 76 through 140 )	D	F	76 - 140	37 - 98
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28	28	chain 'D' and (resid 170 through 201 )	D	F	170 - 201	128 - 159

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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