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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9c1s | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Fab F946 in complex with OspC type A | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/ANTIGEN / Fab-antigen complex / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-ANTIGEN complex | ||||||
| Function / homology | external side of cell outer membrane / Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / Outer surface protein C Function and homology information | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) Borreliella burgdorferi (Lyme disease spirochete) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Rudolph, M.J. / Mantis, N. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Fab F946 in complex with OspC type A Authors: Rudolph, M.J. / Mantis, N. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9c1s.cif.gz | 555.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9c1s.ent.gz | 381.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9c1s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9c1s_validation.pdf.gz | 462.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9c1s_full_validation.pdf.gz | 475 KB | Display | |
| Data in XML | 9c1s_validation.xml.gz | 48 KB | Display | |
| Data in CIF | 9c1s_validation.cif.gz | 63.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/9c1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/9c1s | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 24591.562 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 23429.057 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 17528.031 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Borreliella burgdorferi (Lyme disease spirochete)Strain: B31 / Gene: ospC, BB_B19 / Production host: ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.58 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 200 mM Ammonium nitrate and 20% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 5, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. obs: 42767 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10 |
| Reflection shell | Resolution: 2.55→2.59 Å / Num. unique obs: 1909 / CC1/2: 0.71 / % possible all: 91.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6→47.57 Å / SU ML: 0.3452 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.2688 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 54.04 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→47.57 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Homo sapiens (human)
Borreliella burgdorferi (Lyme disease spirochete)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation
PDBj








