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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c1b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GDP-bound human M-RAS protein in crystal form II | ||||||
要素 | Ras-related protein M-Ras | ||||||
キーワード | HYDROLASE / M-RAS / GDP / GTPase structure / RAS / crystal packing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTP-dependent protein binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / small monomeric GTPase / G protein activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / RAF activation / GDP binding / actin cytoskeleton organization / Ras protein signal transduction ...GTP-dependent protein binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / small monomeric GTPase / G protein activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / RAF activation / GDP binding / actin cytoskeleton organization / Ras protein signal transduction / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Bester, S.M. / Abrahamsen, R. / Samora, L.R. / Wu, W.-I. / Mou, T.-C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2024 タイトル: Crystal structure of the GDP-bound human M-RAS protein in two crystal forms. 著者: Bester, S.M. / Abrahamsen, R. / Rodrigues Samora, L. / Wu, W.I. / Mou, T.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9c1b.cif.gz | 197.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9c1b.ent.gz | 125.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9c1b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9c1b_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9c1b_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9c1b_validation.xml.gz | 34.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9c1b_validation.cif.gz | 45.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/9c1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/9c1b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9c1aC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25324.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MRAS, RRAS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14807, small monomeric GTPase |
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-非ポリマー , 6種, 364分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GDP / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.5 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→41.94 Å / Num. obs: 32348 / % possible obs: 91.29 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 29.22 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 11.81 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.351 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.71 / Num. unique obs: 3405 / CC1/2: 0.708 / Rpim(I) all: 0.207 / Rrim(I) all: 0.363 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→41.94 Å / SU ML: 0.2723 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.9418 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→41.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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