PDB-9c19: Structure of human LIAS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c19

タイトル

Structure of human LIAS

要素

Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
Lipoyl synthase, mitochondrial

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Lipoyl synthase / LIAS

機能・相同性

機能・相同性情報

lipoyl synthase / lipoate synthase activity / lipoate biosynthetic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / Protein lipoylation / neural tube closure / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM-122595	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB1716686	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)	SJB	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the mechanism of the human lipoyl synthase (LIAS) and its complex with the H-protein
著者: Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J.

履歴

登録	2024年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c19.cif.gz	485.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c19.ent.gz	401.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9c19_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c19_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	9c19_validation.xml.gz	48.6 KB	表示
CIF形式データ	9c19_validation.cif.gz	61.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/9c19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/9c19	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8trwC 8tskC 8ugoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (5)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (6)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Lipoyl synthase, mitochondrial

A: Lipoyl synthase, mitochondrial

B: Lipoyl synthase, mitochondrial

F: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial

D: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial

E: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial

ヘテロ分子

185 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Lipoyl synthase, mitochondrial

F: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
61.6 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Lipoyl synthase, mitochondrial

D: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
61.7 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Lipoyl synthase, mitochondrial

E: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
61.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.260, 171.377, 196.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 6分子 CABFDE

#1: タンパク質	Lipoyl synthase, mitochondrial 分子量: 41515.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIAS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43766
#2: タンパク質	Glycine cleavage system H protein, mitochondrial / Lipoic acid-containing protein 分子量: 18902.498 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCSH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23434

-
非ポリマー , 6種, 113分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₃S₄
#5: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-YVI / 6-THIOOCTANOIC ACID / 6-sulfanyloctanoic acid 分子量: 176.276 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM potassium phosphate pH 8.0, 200 mM potassium chloride, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 74304 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.977 / CC star: 0.994 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.58→2.62 Å / Num. unique obs: 2620 / CC_1/2: 0.506 / CC star: 0.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.58→38.28 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2395	2969	4 %
R_work	0.1996	-	-
obs	0.2012	74303	73.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→38.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9193	0	10	99	9302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9407
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.462	12760
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.016	3564
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1422
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1622

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.58-2.62	0.3702	46	0.2968	1190	X-RAY DIFFRACTION	26
2.62-2.66	0.3853	62	0.2852	1461	X-RAY DIFFRACTION	32
2.66-2.71	0.3786	71	0.2906	1781	X-RAY DIFFRACTION	38
2.71-2.76	0.3001	88	0.2764	2023	X-RAY DIFFRACTION	44
2.76-2.82	0.3219	94	0.2861	2226	X-RAY DIFFRACTION	48
2.82-2.88	0.279	111	0.276	2554	X-RAY DIFFRACTION	55
2.88-2.95	0.3096	109	0.2683	2641	X-RAY DIFFRACTION	58
2.95-3.02	0.3038	122	0.264	2839	X-RAY DIFFRACTION	61
3.02-3.1	0.3151	129	0.2516	3094	X-RAY DIFFRACTION	67
3.1-3.19	0.279	146	0.2453	3273	X-RAY DIFFRACTION	71
3.19-3.3	0.2897	155	0.2457	3661	X-RAY DIFFRACTION	78
3.3-3.42	0.2943	155	0.2201	3772	X-RAY DIFFRACTION	82
3.42-3.55	0.2794	178	0.2103	4235	X-RAY DIFFRACTION	90
3.55-3.71	0.2547	185	0.1941	4418	X-RAY DIFFRACTION	95
3.71-3.91	0.2347	182	0.1845	4493	X-RAY DIFFRACTION	98
3.91-4.15	0.201	189	0.1751	4652	X-RAY DIFFRACTION	99
4.15-4.47	0.2093	185	0.1641	4656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-4.92	0.178	193	0.151	4616	X-RAY DIFFRACTION	99
4.92-5.63	0.2118	194	0.1718	4562	X-RAY DIFFRACTION	99
5.64-7.09	0.2099	191	0.1947	4623	X-RAY DIFFRACTION	99
7.09-38.28	0.2004	184	0.1885	4564	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0825	0.9568	-4.9657	8.5383	1.9865	2.0627	-1.0848	0.7174	-2.6713	-2.1409	-0.768	0.3124	3.252	0.0884	1.797	1.0871	-0.0371	0.3548	0.9698	-0.0278	1.0586	12.3316	93.7758	83.4254
2	7.9123	0.3709	-5.1758	5.3161	1.8469	4.2149	-0.6914	0.9574	-1.1154	-0.5576	0.1051	-0.0048	0.4166	-0.4142	0.5837	0.3654	0.0306	-0.0435	0.3819	-0.0665	0.2985	23.7108	102.0203	69.5114
3	4.2931	0.7037	2.8709	4.1946	0.6973	4.0153	0.2627	0.7677	-0.6478	-0.3691	-0.172	-0.0948	0.4334	0.3068	-0.0711	0.292	0.0164	0.028	0.3117	-0.1301	0.3371	39.3792	108.2104	72.7986
4	7.7106	-6.1557	1.9918	8.5348	-7.0347	1.9943	1.513	0.3365	0.504	-2.7831	-0.3116	0.9629	2.3444	2.3058	-1.2601	0.8977	0.0173	-0.1288	0.5653	-0.1024	0.6228	32.1003	119.72	61.6921
5	4.6954	0.9349	0.7942	0.7261	0.5103	7.3801	-0.0277	-0.1427	-0.9359	0.1044	0.0393	-0.115	0.4409	0.4764	0.0191	0.2177	0.0492	0.0184	0.2061	-0.0085	0.3676	37.3756	105.9595	86.2662
6	5.8245	-3.396	5.7845	8.2335	-5.7868	6.8432	0.2043	0.4082	-0.2165	-0.0701	-0.1101	-0.1419	0.3117	0.1671	-0.0754	0.2559	-0.0315	0.0143	0.3372	-0.1411	0.291	48.1707	113.7534	81.2335
7	4.7168	-3.0602	3.2449	2.7411	-7.8092	9.5262	-0.4017	-0.0167	0.101	0.3658	-0.6383	-0.8255	-0.7765	0.5896	0.5528	0.3643	0.0298	-0.1175	0.2044	-0.0255	0.3558	40.4991	114.4442	87.6266
8	5.9295	-0.2257	-8.1651	5.0962	-2.0809	2.0875	0.4678	-0.533	0.06	0.6149	0.0906	-0.5143	-1.0711	1.362	-0.4975	0.265	-0.0585	-0.0714	0.3282	-0.0711	0.3336	46.6008	120.5279	87.8894
9	7.1871	4.3549	-2.2227	6.0374	-4.3261	9.7054	-0.19	-0.0337	-0.1781	0.0246	-0.0714	-0.5117	-0.1293	0.3318	0.2964	0.2192	0.0719	-0.0372	0.1826	-0.0828	0.2591	40.2336	122.6371	88.6271
10	6.3762	5.4313	-1.1278	8.7959	-1.0004	2.725	-0.087	-0.4424	-0.1028	0.2314	-0.0223	-0.0539	-0.0883	0.0186	0.088	0.1913	0.0645	-0.0213	0.2886	-0.0354	0.1784	29.1937	116.667	94.7848
11	9.3577	8.4885	8.0141	9.633	4.6381	2.113	-0.0707	0.2502	0.7317	0.368	0.0111	-0.138	-0.0908	0.3152	0.0907	0.3314	-0.0184	0.0214	0.2536	-0.0444	0.2806	31.169	129.0875	88.5242
12	6.215	0.3342	0.0286	2.264	0.8849	5.6311	-0.0269	-0.227	-0.0958	-0.0541	0.1616	0.5586	-0.0606	-0.497	-0.1824	0.2062	0.001	0.0155	0.2797	0.029	0.2286	16.3607	115.0961	91.3392
13	6.5662	-0.0201	1.1365	4.8014	2.2483	5.8092	0.2204	0.0615	-0.7133	-0.5019	-0.1512	0.4895	0.5089	0.0791	-0.0453	0.1421	-0.0148	0.0462	0.25	-0.0173	0.1613	22.6249	105.2488	84.5481
14	3.0228	0.8583	-0.0545	9.0375	0.7973	1.7065	-0.0226	0.6279	0.1114	-0.5474	-0.1415	0.4562	-0.0874	-0.2348	0.144	0.2197	0.0361	-0.0361	0.3534	-0.0136	0.1781	17.1147	117.6356	80.3457
15	6.735	-1.5463	2.5701	2.0504	-9.5786	9.8845	0.0237	0.4462	0.7251	1.0433	0.1418	0.6776	-1.1855	-0.2381	-0.0155	0.3698	-0.0311	0.038	0.3455	0.012	0.3977	25.4139	130.9705	78.3764
16	2.0138	-6.2649	5.2697	6.6047	-2.5881	7.6573	0.9648	2.0348	-0.2472	-1.907	-0.4966	-0.9491	0.3158	3.2702	-0.4648	1.0167	-0.1052	0.0883	1.1818	-0.0285	0.6879	44.5409	140.409	38.0069
17	8.7282	1.0189	-3.2928	3.7058	0.1039	3.509	-0.2812	0.3502	-0.5832	-0.1886	0.1408	0.2216	0.6933	-0.2567	0.143	0.4582	-0.0288	-0.0665	0.3999	0.0243	0.3224	23.1938	129.4276	52.2618
18	3.0086	4.9811	-5.6898	8.1714	-9.3895	1.9959	1.6442	1.4546	-0.4414	0.3621	1.6804	2.2473	1.3589	-1.5915	-3.2308	1.4754	0.1374	-0.1712	1.0038	0.3614	1.4386	21.795	122.5021	67.8985
19	9.5717	-0.8437	-1.536	7.1066	-1.1664	7.8199	0.1528	1.4153	-0.1082	-0.6485	-0.0445	0.5315	0.2261	0.0396	-0.1193	0.269	-0.0051	-0.0644	0.4405	0.0279	0.3207	19.71	143.4059	50.0744
20	2.0065	2.0035	-3.5412	2.009	-2.8368	7.4333	0.1403	1.3725	2.2616	-0.3802	1.4826	1.4046	-1.0478	0.3084	-1.6229	0.47	-0.0445	0.1454	0.8703	0.174	0.7463	10.1542	150.4305	44.382
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62	3.1359	-1.5709	-2.0413	3.3828	3.7222	4.1298	0.43	0.5465	-0.4434	-0.469	-0.1034	-0.2143	-0.2335	-0.5444	-0.2655	0.7611	0.0409	0.0004	0.7786	-0.3131	0.6154	29.3863	112.4753	29.0654
63	7.77	4.7274	-5.2583	6.3086	0.5767	2.07	0.2241	-0.1705	-1.0275	-0.1088	0.1301	-0.4689	1.6958	-0.3057	-0.389	1.0261	0.1346	0.0209	0.6279	-0.0575	0.7985	22.6009	103.5198	38.6033
64	7.2384	1.2798	-1.1149	2.0259	1.2915	8.1201	0.6825	-0.6328	-0.7741	0.6569	-1.3365	1.9754	1.5586	-0.651	0.7249	1.1705	-0.2038	0.247	0.636	-0.1013	0.8379	15.1897	114.2805	45.8778
65	0.3251	-0.0615	-1.7779	0.0002	0.2869	9.6641	-0.3979	-0.2287	0.2538	-1.9448	-1.5709	-0.5799	1.5155	-1.3916	1.6428	0.8826	-0.4087	-0.071	1.3039	-0.0322	0.9347	36.0638	68.8244	96.34

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 64:73)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 74:88)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 89:119)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 120:125)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 126:149)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 150:172)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 173:186)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 187:200)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 201:225)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 226:268)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 269:275)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 276:299)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 300:322)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 323:355)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 356:368)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 65:72)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 73:119)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 120:125)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 126:148)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 149:154)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 155:201)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 202:224)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 225:283)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 284:300)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 301:322)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 323:355)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 356:365)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 71:91)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 92:102)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 103:149)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 150:164)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 165:174)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 175:189)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain C and resid 190:220)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain C and resid 221:256)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 257:272)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain C and resid 273:309)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain C and resid 310:340)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain C and resid 341:365)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 48:56)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain D and resid 57:63)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain D and resid 64:76)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain D and resid 77:82)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 83:91)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain D and resid 92:99)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 100:109)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 110:119)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 120:127)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain D and resid 128:135)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain D and resid 136:141)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain D and resid 142:159)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain D and resid 160:171)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain E and resid 48:52)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain E and resid 53:63)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain E and resid 64:75)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain E and resid 76:90)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain E and resid 91:100)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain E and resid 101:110)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain E and resid 111:117)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain E and resid 118:136)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain E and resid 137:141)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain E and resid 142:149)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain E and resid 150:161)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain E and resid 162:168)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(chain F and resid 105:107)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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