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- PDB-9c19: Structure of human LIAS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c19
タイトルStructure of human LIAS
要素
  • Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
  • Lipoyl synthase, mitochondrial
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Lipoyl synthase / LIAS
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyl synthase / lipoate synthase activity / lipoate biosynthetic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / Protein lipoylation / neural tube closure / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress ...lipoyl synthase / lipoate synthase activity / lipoate biosynthetic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / Protein lipoylation / neural tube closure / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / mitochondrial matrix / inflammatory response / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipoyl synthase, N-terminal / N-terminal domain of lipoyl synthase of Radical_SAM family / Lipoyl synthase / Glycine cleavage system H-protein, subgroup / Glycine cleavage system H-protein / Glycine cleavage system H-protein/Simiate / Glycine cleavage H-protein / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily ...Lipoyl synthase, N-terminal / N-terminal domain of lipoyl synthase of Radical_SAM family / Lipoyl synthase / Glycine cleavage system H-protein, subgroup / Glycine cleavage system H-protein / Glycine cleavage system H-protein/Simiate / Glycine cleavage H-protein / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / : / Lipoyl synthase, mitochondrial / Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-122595 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1716686 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)SJB 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the mechanism of the human lipoyl synthase (LIAS) and its complex with the H-protein
著者: Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J.
履歴
登録2024年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Lipoyl synthase, mitochondrial
A: Lipoyl synthase, mitochondrial
B: Lipoyl synthase, mitochondrial
F: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
D: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
E: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,11120
ポリマ-181,2546
非ポリマー3,85614
1,78399
1
C: Lipoyl synthase, mitochondrial
F: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6406
ポリマ-60,4182
非ポリマー1,2224
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area13700 Å2
手法PISA
2
A: Lipoyl synthase, mitochondrial
D: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7357
ポリマ-60,4182
非ポリマー1,3175
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
3
B: Lipoyl synthase, mitochondrial
E: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7357
ポリマ-60,4182
非ポリマー1,3175
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.260, 171.377, 196.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 CABFDE

#1: タンパク質 Lipoyl synthase, mitochondrial


分子量: 41515.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIAS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43766
#2: タンパク質 Glycine cleavage system H protein, mitochondrial / Lipoic acid-containing protein


分子量: 18902.498 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCSH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23434

-
非ポリマー , 6種, 113分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / : Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / : Fe3S4
#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-YVI / 6-THIOOCTANOIC ACID / 6-sulfanyloctanoic acid


分子量: 176.276 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H16O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM potassium phosphate pH 8.0, 200 mM potassium chloride, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 74304 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.977 / CC star: 0.994 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.58→2.62 Å / Num. unique obs: 2620 / CC1/2: 0.506 / CC star: 0.82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→38.28 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 2969 4 %
Rwork0.1996 --
obs0.2012 74303 73.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→38.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9193 0 10 99 9302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46212760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0163564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031622
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.620.3702460.29681190X-RAY DIFFRACTION26
2.62-2.660.3853620.28521461X-RAY DIFFRACTION32
2.66-2.710.3786710.29061781X-RAY DIFFRACTION38
2.71-2.760.3001880.27642023X-RAY DIFFRACTION44
2.76-2.820.3219940.28612226X-RAY DIFFRACTION48
2.82-2.880.2791110.2762554X-RAY DIFFRACTION55
2.88-2.950.30961090.26832641X-RAY DIFFRACTION58
2.95-3.020.30381220.2642839X-RAY DIFFRACTION61
3.02-3.10.31511290.25163094X-RAY DIFFRACTION67
3.1-3.190.2791460.24533273X-RAY DIFFRACTION71
3.19-3.30.28971550.24573661X-RAY DIFFRACTION78
3.3-3.420.29431550.22013772X-RAY DIFFRACTION82
3.42-3.550.27941780.21034235X-RAY DIFFRACTION90
3.55-3.710.25471850.19414418X-RAY DIFFRACTION95
3.71-3.910.23471820.18454493X-RAY DIFFRACTION98
3.91-4.150.2011890.17514652X-RAY DIFFRACTION99
4.15-4.470.20931850.16414656X-RAY DIFFRACTION100
4.47-4.920.1781930.1514616X-RAY DIFFRACTION99
4.92-5.630.21181940.17184562X-RAY DIFFRACTION99
5.64-7.090.20991910.19474623X-RAY DIFFRACTION99
7.09-38.280.20041840.18854564X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08250.9568-4.96578.53831.98652.0627-1.08480.7174-2.6713-2.1409-0.7680.31243.2520.08841.7971.0871-0.03710.35480.9698-0.02781.058612.331693.775883.4254
27.91230.3709-5.17585.31611.84694.2149-0.69140.9574-1.1154-0.55760.1051-0.00480.4166-0.41420.58370.36540.0306-0.04350.3819-0.06650.298523.7108102.020369.5114
34.29310.70372.87094.19460.69734.01530.26270.7677-0.6478-0.3691-0.172-0.09480.43340.3068-0.07110.2920.01640.0280.3117-0.13010.337139.3792108.210472.7986
47.7106-6.15571.99188.5348-7.03471.99431.5130.33650.504-2.7831-0.31160.96292.34442.3058-1.26010.89770.0173-0.12880.5653-0.10240.622832.1003119.7261.6921
54.69540.93490.79420.72610.51037.3801-0.0277-0.1427-0.93590.10440.0393-0.1150.44090.47640.01910.21770.04920.01840.2061-0.00850.367637.3756105.959586.2662
65.8245-3.3965.78458.2335-5.78686.84320.20430.4082-0.2165-0.0701-0.1101-0.14190.31170.1671-0.07540.2559-0.03150.01430.3372-0.14110.29148.1707113.753481.2335
74.7168-3.06023.24492.7411-7.80929.5262-0.4017-0.01670.1010.3658-0.6383-0.8255-0.77650.58960.55280.36430.0298-0.11750.2044-0.02550.355840.4991114.444287.6266
85.9295-0.2257-8.16515.0962-2.08092.08750.4678-0.5330.060.61490.0906-0.5143-1.07111.362-0.49750.265-0.0585-0.07140.3282-0.07110.333646.6008120.527987.8894
97.18714.3549-2.22276.0374-4.32619.7054-0.19-0.0337-0.17810.0246-0.0714-0.5117-0.12930.33180.29640.21920.0719-0.03720.1826-0.08280.259140.2336122.637188.6271
106.37625.4313-1.12788.7959-1.00042.725-0.087-0.4424-0.10280.2314-0.0223-0.0539-0.08830.01860.0880.19130.0645-0.02130.2886-0.03540.178429.1937116.66794.7848
119.35778.48858.01419.6334.63812.113-0.07070.25020.73170.3680.0111-0.138-0.09080.31520.09070.3314-0.01840.02140.2536-0.04440.280631.169129.087588.5242
126.2150.33420.02862.2640.88495.6311-0.0269-0.227-0.0958-0.05410.16160.5586-0.0606-0.497-0.18240.20620.0010.01550.27970.0290.228616.3607115.096191.3392
136.5662-0.02011.13654.80142.24835.80920.22040.0615-0.7133-0.5019-0.15120.48950.50890.0791-0.04530.1421-0.01480.04620.25-0.01730.161322.6249105.248884.5481
143.02280.8583-0.05459.03750.79731.7065-0.02260.62790.1114-0.5474-0.14150.4562-0.0874-0.23480.1440.21970.0361-0.03610.3534-0.01360.178117.1147117.635680.3457
156.735-1.54632.57012.0504-9.57869.88450.02370.44620.72511.04330.14180.6776-1.1855-0.2381-0.01550.3698-0.03110.0380.34550.0120.397725.4139130.970578.3764
162.0138-6.26495.26976.6047-2.58817.65730.96482.0348-0.2472-1.907-0.4966-0.94910.31583.2702-0.46481.0167-0.10520.08831.1818-0.02850.687944.5409140.40938.0069
178.72821.0189-3.29283.70580.10393.509-0.28120.3502-0.5832-0.18860.14080.22160.6933-0.25670.1430.4582-0.0288-0.06650.39990.02430.322423.1938129.427652.2618
183.00864.9811-5.68988.1714-9.38951.99591.64421.4546-0.44140.36211.68042.24731.3589-1.5915-3.23081.47540.1374-0.17121.00380.36141.438621.795122.502167.8985
199.5717-0.8437-1.5367.1066-1.16647.81990.15281.4153-0.1082-0.6485-0.04450.53150.22610.0396-0.11930.269-0.0051-0.06440.44050.02790.320719.71143.405950.0744
202.00652.0035-3.54122.009-2.83687.43330.14031.37252.2616-0.38021.48261.4046-1.04780.3084-1.62290.47-0.04450.14540.87030.1740.746310.1542150.430544.382
216.83461.29660.27078.1558-3.96488.35550.155-0.07230.00060.15240.21170.81980.0754-0.721-0.36460.20980.0067-0.01150.350.01550.329111.6598143.061861.709
229.84631.0046-3.32226.2188-7.20492.70750.2549-0.32810.2690.6785-0.06090.9928-0.1545-0.1964-0.20150.5465-0.0379-0.0230.4418-0.07490.338617.2148148.916765.3602
235.8458-0.9755-1.71272.65130.36322.9940.20720.22810.71350.1523-0.1035-0.3097-0.54760.0156-0.10930.3499-0.00830.00660.25350.09390.358628.1879152.476960.0137
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58X-RAY DIFFRACTION58(chain E and resid 101:110)
59X-RAY DIFFRACTION59(chain E and resid 111:117)
60X-RAY DIFFRACTION60(chain E and resid 118:136)
61X-RAY DIFFRACTION61(chain E and resid 137:141)
62X-RAY DIFFRACTION62(chain E and resid 142:149)
63X-RAY DIFFRACTION63(chain E and resid 150:161)
64X-RAY DIFFRACTION64(chain E and resid 162:168)
65X-RAY DIFFRACTION65(chain F and resid 105:107)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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