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- PDB-9c0o: Crystal structure of DmCfp1 PHD finger bound to H3K4me3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c0o
タイトルCrystal structure of DmCfp1 PHD finger bound to H3K4me3
要素
  • CXXC-type zinc finger protein 1
  • Histone H3.3C
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Chromatin binding protein / histone H3 reader
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Set1C/COMPASS complex / nucleosomal DNA binding / : / euchromatin / structural constituent of chromatin / nucleosome / positive regulation of cell growth / protein heterodimerization activity / positive regulation of DNA-templated transcription ...Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Set1C/COMPASS complex / nucleosomal DNA binding / : / euchromatin / structural constituent of chromatin / nucleosome / positive regulation of cell growth / protein heterodimerization activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
CpG binding protein, C-terminal / CpG binding protein C-terminal domain / Spp1/CFP1 / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger ...CpG binding protein, C-terminal / CpG binding protein C-terminal domain / Spp1/CFP1 / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3C / CXXC-type zinc finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Gregoire, S. / Couture, J.F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-148533 カナダ
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into an atypical histone binding mechanism by a PHD finger.
著者: Gregoire, S. / Gregoire, J. / Yang, Y. / Capitani, S. / Joshi, M. / Sarvan, S. / Zaker, A. / Ning, Z. / Figeys, D. / Ulrich, K. / Brunzelle, J.S. / Mer, A. / Couture, J.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2024年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CXXC-type zinc finger protein 1
D: Histone H3.3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9398
ポリマ－9,4732
非ポリマー4666
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area5230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.270, 43.120, 47.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 CXXC-type zinc finger protein 1 / PHD finger and CXXC domain-containing protein 1


分子量: 7772.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Cfp1, CG17446
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9W352
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.3C / Histone H3.5


分子量: 1699.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NXT2

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非ポリマー , 4種, 76分子

#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG3350, 0.01M Tris pH8.5, 0.2M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→31.95 Å / Num. obs: 10748 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.53→1.585 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1046 / Rpim(I) all: 0.381 / Rrim(I) all: 1.425 / Χ2: 0.91 / % possible all: 98.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.15データスケーリング
PHASER位相決定
xia2データ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→31.95 Å / SU ML: 0.1455 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.4978
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 548 5.1 %
Rwork0.1562 10198 -
obs0.158 10746 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→31.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数582 0 17 70 669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7132873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.038894
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.680.25181270.17752478X-RAY DIFFRACTION98.9
1.68-1.930.22341410.16072493X-RAY DIFFRACTION99.36
1.93-2.430.21261260.15472567X-RAY DIFFRACTION99.59
2.43-31.950.17161540.15232660X-RAY DIFFRACTION99.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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