[日本語] English
万見
- PDB-9c0a: Sigma class glutathione transferase from Taenia solium 1.75 A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c0a
タイトルSigma class glutathione transferase from Taenia solium 1.75 A
要素Sigma-type glutathione S-transferase
キーワードIMMUNE SYSTEM / Glutathione / Glutathione transferase Sigma class / Taenia solium / Detoxification system.
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Sigma-type glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Taenia solium (かぎさなだ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Miranda-Blancas, R. / Cardona-Echavarria, M.C. / Garcia-Gutierrez, P. / Sanchez-Juarez, C. / Flores-Lopez, R. / Zubillaga, R. / Rodriguez-Lima, O. / Sanchez-Perez, L.C. / Landa, A. / Rudino-Pinera, E.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Not funded メキシコ
引用
ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2025
タイトル: Structural insights into sigma class glutathione transferase from Taenia solium: Analysis and functional implications.
著者: Miranda-Blancas, R. / Garcia-Gutierrez, P. / Sanchez-Juarez, C. / Cardona-Echavarria, M.C. / Flores-Lopez, R. / Zubillaga, R.A. / Rodriguez-Lima, O. / Sanchez-Perez, L.C. / Rudino-Pinera, E. / Landa, A.
#1: ジャーナル: Journal of the Mexican Chemical Society / 年: 2025
タイトル: Effect of Glutathione on the Stability, Dynamics and Catalysis of Two Different Classes of Glutathione Transferases from Taenia solium
著者: Sanchez-Juarez, C. / Sanchez-Perez, L.C. / Zubillaga, R. / Flores-Lopez, R. / Landa, A. / Jimenez, L. / Miranda-Blancas, R. / Rudino-Pinera, E. / Cardona-Echavarria, M.C. / Garcia-Gutierrez, P.
履歴
登録2024年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sigma-type glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9537
ポリマ－24,3261
非ポリマー6276
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.675, 110.113, 65.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-513-

HOH

21A-530-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Sigma-type glutathione S-transferase


分子量: 24326.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Taenia solium (かぎさなだ) / 遺伝子: GST-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0M0N5
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.8 / 詳細: Sodium cirtate 1M / PH範囲: 4.5-5-0

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2023年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→32.73 Å / Num. obs: 21048 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0307 / Rpim(I) all: 0.0307 / Rrim(I) all: 0.0435 / Net I/σ(I): 32.06
反射 シェル解像度: 1.75→32.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.3548 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique obs: 2049 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.3548 / Rrim(I) all: 0.5017 / % possible all: 98.51

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→32.73 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 -5 %
Rwork0.1891 --
obs0.191 21048 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→32.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1706 0 41 131 1878
拘束条件タイプ: f_plane_restr / Dev ideal: 0.006 / 数: 321
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.81 Å /
反射数%反射
Rwork3958 -
obs-98.51 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る