PDB-9c06: UIC-1 A4S/B5(4-Cl)F soaked in equimolar ortho-, meta-, and para-xylene

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c06

タイトル

UIC-1 A4S/B5(4-Cl)F soaked in equimolar ortho-, meta-, and para-xylene

要素

UIC-1-A4S/B5F(4-Cl)/B7M

キーワード

DE NOVO PROTEIN / synthetic construct

機能・相同性

ethyl 5'-formyl[2,2'-bipyridine]-5-carboxylate / Chem-I77 / ORTHO-XYLENE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.85 Å

データ登録者

Heinz-Kunert, S.L. / Nguyen, A.I.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolvable conformational diversity in assemblies of short peptides
著者: Heinz-Kunert, S.L. / Nguyen, A.I.

履歴

登録	2024年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c06.cif.gz	25.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c06.ent.gz	15.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/9c06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/9c06	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bztC 9bzuC 9bzvC 9bzwC 9bzxC 9bzyC 9bzzC 9c00C 9c01C 9c02C 9c03C 9c04C 9c05C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UIC-1-A4S/B5F(4-Cl)/B7M

ヘテロ分子

1.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	13.553, 13.461, 30.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質・ペプチド	UIC-1-A4S/B5F(4-Cl)/B7M 分子量: 1055.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-I77 / 5'-(hydrazinecarbonyl)[2,2'-bipyridine]-5-carboxamide 分子量: 257.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-I6W / ethyl 5'-formyl[2,2'-bipyridine]-5-carboxylate 分子量: 272.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-OXE / ORTHO-XYLENE 分子量: 106.165 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 14.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: acetonitrile, water

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.688802 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.688802 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.85→10.07 Å / Num. obs: 9835 / % possible obs: 99.33 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 8.05 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 35.73
反射シェル	解像度: 0.85→0.8804 Å / Num. unique obs: 961 / CC_1/2: 0.991

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.85→10.07 Å / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.0172
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1375	968	-
R_work	0.1375	0	-
obs	0.1375	9835	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.85→10.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	90	0	43	0	133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0104	170
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6133	228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1507	11
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	26
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	40.716	24

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.85-0.86	0.2467	625	0.2467	625	X-RAY DIFFRACTION	99.52
0.86-0.87	0.2491	627	0.2491	627	X-RAY DIFFRACTION	99.68
0.87-0.88	0.2304	610	0.2304	610	X-RAY DIFFRACTION	99.19
0.88-0.89	0.2295	638	0.2295	638	X-RAY DIFFRACTION	98.61
0.89-0.9	0.2186	646	0.2186	646	X-RAY DIFFRACTION	98.78
0.9-0.92	0.2422	618	0.2422	618	X-RAY DIFFRACTION	99.2
0.92-0.93	0.225	579	0.225	579	X-RAY DIFFRACTION	98.81
0.93-0.94	0.2092	633	0.2092	633	X-RAY DIFFRACTION	99.22
0.94-0.96	0.1974	660	0.1974	660	X-RAY DIFFRACTION	99.85
0.96-0.97	0.1941	648	0.1941	648	X-RAY DIFFRACTION	100
0.97-0.99	0.1943	569	0.1943	569	X-RAY DIFFRACTION	100
0.99-1.01	0.1855	662	0.1855	662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.01-1.03	0.1877	616	0.1877	616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.03-1.05	0.1653	654	0.1653	654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.05-1.07	0.1664	608	0.1664	608	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.07-1.1	0.1686	609	0.1686	609	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.1-1.12	0.1416	696	0.1416	696	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.12-1.15	0.1635	560	0.1635	560	X-RAY DIFFRACTION	98.25
1.15-1.19	0.1323	636	0.1323	636	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.19-1.23	0.1347	636	0.1347	636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.27	0.1517	614	0.1517	614	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.27-1.32	0.1308	637	0.1308	637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.38	0.1343	615	0.1343	615	X-RAY DIFFRACTION	98.72
1.38-1.45	0.1308	620	0.1308	620	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.45-1.54	0.1444	612	0.1444	612	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.54-1.66	0.1182	650	0.1182	650	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.66-1.83	0.1164	607	0.1164	607	X-RAY DIFFRACTION	99.02
1.83-2.09	0.1007	631	0.1007	631	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.09-2.63	0.108	630	0.108	630	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.63-10.07	0.1313	592	0.1313	592	X-RAY DIFFRACTION	93.67

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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