PDB-9c01: UIC-1 bound to phenol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c01

タイトル

UIC-1 bound to phenol

要素

UIC-1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / synthetic construct

機能・相同性

ethyl 5'-formyl[2,2'-bipyridine]-5-carboxylate / Chem-I77 / PHENOL

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 0.83 Å

データ登録者

Heinz-Kunert, S.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolvable conformational diversity in assemblies of short peptides
著者: Heinz-Kunert, S.L. / Nguyen, A.I.

履歴

登録	2024年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c01.cif.gz	29.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c01.ent.gz	19.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9c01_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c01_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9c01_validation.xml.gz	4.5 KB	表示
CIF形式データ	9c01_validation.cif.gz	5.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/9c01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/9c01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bztC 9bzuC 9bzvC 9bzwC 9bzxC 9bzyC 9bzzC 9c00C 9c02C 9c03C 9c04C 9c05C 9c06C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UIC-1

ヘテロ分子

1.52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	13.916, 13.389, 27.419
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.750, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質・ペプチド	UIC-1 分子量: 897.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-I77 / 5'-(hydrazinecarbonyl)[2,2'-bipyridine]-5-carboxamide 分子量: 257.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-I6W / ethyl 5'-formyl[2,2'-bipyridine]-5-carboxylate 分子量: 272.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-IPH / PHENOL 分子量: 94.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: acetonitrile and water

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.83→13.55 Å / Num. obs: 9671 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 6.31 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 40.19
反射シェル	解像度: 0.83→0.8597 Å / Num. unique obs: 946 / CC_1/2: 0.984

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.83→13.55 Å / SU ML: 0.0339 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 10.2304
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1162	967	10.01 %
R_work	0.0861	8698	-
obs	-	9665	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.83→13.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	62	0	45	21	128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0153	218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.2859	301
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0366	13
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	35
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	44.2185	39

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.83-0.87	0.1305	137	0.1066	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
0.87-0.93	0.1145	135	0.0923	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
0.93-1	0.1063	137	0.0759	1229	X-RAY DIFFRACTION	100
1-1.1	0.0862	138	0.0674	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1-1.26	0.0845	137	0.0678	1249	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.26-1.59	0.1157	139	0.0928	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-13.55	0.1311	144	0.0929	1292	X-RAY DIFFRACTION	99.58

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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