[日本語] English
万見
- PDB-9bzl: Targeting N-Myc in Neuroblastoma with Selective Aurora Kinase A D... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bzl
タイトルTargeting N-Myc in Neuroblastoma with Selective Aurora Kinase A Degraders
要素Aurora kinase A
キーワードSIGNALING PROTEIN / Aurora A Kinase / AurA Kinase / N-Myc degrader / AurA Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / pronucleus / mitotic centrosome separation ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / pronucleus / mitotic centrosome separation / germinal vesicle / meiotic spindle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of protein binding / centriole / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of mitotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / molecular function activator activity / AURKA Activation by TPX2 / liver regeneration / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / mitotic spindle organization / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / kinetochore / response to wounding / spindle / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic spindle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / peptidyl-serine phosphorylation / microtubule cytoskeleton / midbody / protein autophosphorylation / basolateral plasma membrane / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / microtubule / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynaptic density / ciliary basal body / protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aurora kinase A / Aurora kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Aurora kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Baker, Z.D. / Tang, J. / Shi, K. / Aihara, H. / Levinson, N.M. / Harki, D.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01-CA234228 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-21-1-0674 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Targeting N-Myc in neuroblastoma with selective Aurora kinase A degraders.
著者: Tang, J. / Moorthy, R. / Hirsch, L.E. / Demir, O. / Baker, Z.D. / Naumann, J.A. / Jones, K.F.M. / Grillo, M.J. / Haefner, E.S. / Shi, K. / Levy, M.J. / Gupta, H.B. / Aihara, H. / Harris, R.S. ...著者: Tang, J. / Moorthy, R. / Hirsch, L.E. / Demir, O. / Baker, Z.D. / Naumann, J.A. / Jones, K.F.M. / Grillo, M.J. / Haefner, E.S. / Shi, K. / Levy, M.J. / Gupta, H.B. / Aihara, H. / Harris, R.S. / Amaro, R.E. / Levinson, N.M. / Harki, D.A.
履歴
登録2024年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22025年3月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Aurora kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3882
ポリマ－32,9811
非ポリマー4071
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.752, 83.752, 77.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Aurora kinase A / Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / Breast tumor-amplified ...Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / Breast tumor-amplified kinase / Ipl1- and aurora-related kinase 1 / Serine/threonine-protein kinase 15 / Serine/threonine-protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase Ayk1 / Serine/threonine-protein kinase aurora-A


分子量: 32980.637 Da / 分子数: 1 / 変異: C290A, C393S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -RIL
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-OGR / 7-cyclopentyl-N,N-dimethyl-2-{[5-(methylcarbamoyl)pyridin-2-yl]amino}-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide


分子量: 407.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % / 解説: Hexagonal Rod
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 0.1 M Sodium Citrate 15 mg/ml AurA / PH範囲: 5.4-5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→52.97 Å / Num. obs: 54645 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 41.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.81→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.994 / Num. unique obs: 14435 / CC1/2: 0.559 / Rpim(I) all: 0.476 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Coot0.8.9.2モデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→52.97 Å / SU ML: 0.2419 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.0433
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2139 3756 6.87 %
Rwork0.1899 50889 -
obs0.1917 54645 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→52.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2127 0 30 118 2275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00882216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0343006
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.099312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.830.41261320.3691711X-RAY DIFFRACTION90.3
1.83-1.850.33591400.32881901X-RAY DIFFRACTION99.42
1.85-1.880.36671420.30571889X-RAY DIFFRACTION99.12
1.88-1.910.25541400.28581951X-RAY DIFFRACTION99.19
1.91-1.940.3211470.26121902X-RAY DIFFRACTION98.65
1.94-1.970.27061350.25881852X-RAY DIFFRACTION98.42
1.97-20.26741360.24691888X-RAY DIFFRACTION98.4
2-2.030.27031410.24661931X-RAY DIFFRACTION99.19
2.03-2.070.26231360.251841X-RAY DIFFRACTION99.45
2.07-2.110.29871450.22621982X-RAY DIFFRACTION99.35
2.11-2.150.26621360.20661905X-RAY DIFFRACTION99.22
2.15-2.20.23261340.21051890X-RAY DIFFRACTION99.12
2.2-2.250.20081380.21681886X-RAY DIFFRACTION98.73
2.25-2.310.27391370.21221883X-RAY DIFFRACTION99.07
2.31-2.370.24871410.20251943X-RAY DIFFRACTION99.43
2.37-2.440.29241390.20761877X-RAY DIFFRACTION98.97
2.44-2.520.27031320.2211899X-RAY DIFFRACTION98.54
2.52-2.610.23661470.20851903X-RAY DIFFRACTION98.18
2.61-2.710.21741390.19621861X-RAY DIFFRACTION97.8
2.71-2.830.22691370.20871898X-RAY DIFFRACTION98.07
2.84-2.980.19771370.20481890X-RAY DIFFRACTION98.21
2.98-3.170.22131330.20451892X-RAY DIFFRACTION97.73
3.17-3.420.17991490.18171826X-RAY DIFFRACTION96.91
3.42-3.760.18391360.17031836X-RAY DIFFRACTION95.87
3.76-4.30.1551340.15761856X-RAY DIFFRACTION96.65
4.3-5.410.19661420.15441885X-RAY DIFFRACTION98.06
5.42-52.970.22141510.17861911X-RAY DIFFRACTION98.94

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る