PDB-9bzb: Crystal structure of metallo-hydrolase-like_MBL-fold protein from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bzb

タイトル

Crystal structure of metallo-hydrolase-like_MBL-fold protein from Salmonella typhimurium LT2

要素

putative metallo beta lactamase

キーワード

HYDROLASE / putative Zn-dependent hydrolase / metallo-hydrolase-like_MBL-fold / CSBID / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases

機能・相同性

Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / hydrolase activity / FORMIC ACID / Zn-dependent hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of metallo-hydrolase-like_MBL-fold protein from Salmonella typhimurium LT2
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2024年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bzb.cif.gz	146.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bzb.ent.gz	95.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bzb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bzb_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bzb_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	9bzb_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	9bzb_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/9bzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/9bzb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP02048

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: putative metallo beta lactamase

ヘテロ分子

30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.831, 120.831, 35.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂
Space group name Hall	P6₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/3 #3: y,-x+y,z+2/3 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z

#1: タンパク質	putative metallo beta lactamase / Zn-dependent hydrolase 分子量: 30082.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 遺伝子: STM3737 / プラスミド: p53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8ZL44
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM Tris pH 7.6. 2.9 % (v/v) PEG350 MME, 34.3 % (v/v) PEG 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 21268 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 45.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 803 / CC_1/2: 0.616 / R_pim(I) all: 0.518 / R_rim(I) all: 0.99 / % possible all: 75.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→39.55 Å / SU ML: 0.3155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.6335
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	1074	5.13 %
R_work	0.1967	19846	-
obs	0.1987	20920	95.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2086	0	12	39	2137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	2200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5694	2997
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0434	334
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9065	809

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.04	0.3658	100	0.3358	1875	X-RAY DIFFRACTION	74.03
2.04-2.15	0.3383	144	0.2732	2376	X-RAY DIFFRACTION	93.68
2.15-2.28	0.299	148	0.2579	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.28-2.46	0.3465	131	0.2369	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.71	0.3048	106	0.2671	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.71-3.1	0.2635	152	0.2332	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.1-3.9	0.2117	140	0.1939	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.9-39.55	0.1944	153	0.1499	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.37998465373	-2.19485000877	-1.10679367618	3.38897584494	1.19965918129	3.86105359734	-0.00170700984143	-0.0826977773018	-0.258373695601	-0.486194620957	0.325896115468	-0.137834516232	-0.801197237143	0.242650800141	-0.358380778429	0.541096337449	-0.0300983449673	0.0519775607384	0.461651825269	-0.130487286086	0.375547242326	-14.0880197046	-31.9784748558	10.5294411455
2	3.18974957653	0.557510897705	-0.284739069244	1.21860749583	0.0153373426304	4.58162444801	0.05416186717	0.379252111615	0.258741229857	-0.0908046871875	0.537855254159	-0.530373074115	-0.425553889592	0.934855750349	-0.528782538624	0.434992376894	-0.182218462715	0.0642970958763	0.809549494858	-0.272322768957	0.585317538762	0.676669515462	-39.3302303087	-1.93619940016
3	4.82446560883	-0.318837204195	-1.0646123603	0.128353626784	0.520062089091	1.86893018466	0.0398424175792	0.221924646694	0.663048668837	-0.165519700711	0.36917087842	-0.413532736422	-0.788641254605	0.719534943294	-0.510153395071	0.574660171493	-0.245665348605	0.095497656114	0.588398744692	-0.0504293234141	0.473304543283	-5.22034377519	-34.6136639453	-6.39599568713
4	3.6082759906	-0.0313528725957	-1.22645309137	2.10104493436	1.69964303901	6.02935978228	-0.0745559849718	0.539302545259	0.171554379707	-0.340559415289	0.305495200461	-0.0874566289517	-0.714605448961	-0.0176433325875	-0.241762542808	0.390290094536	-0.0996083942018	-0.0139611421308	0.436998818407	0.00728352265224	0.338961382533	-16.4544828332	-37.3575263452	-5.76416841695
5	4.00548795819	-0.602760686243	0.841233681956	3.377385334	0.722884266657	3.34137325406	0.00789613783249	0.0557015344184	-0.0878496402949	0.0893077894773	0.24959438253	-0.154372420426	0.0118042445844	0.0475522257279	-0.197015848775	0.316966186488	-0.0419489371673	-0.0453101020599	0.31633623594	-0.0190323980812	0.283085068636	-17.5891080112	-45.3035954154	3.0162096604
6	6.77760868744	-1.87128937344	-1.05011964643	1.31203949864	0.728939688871	4.0872761752	0.0392714210136	-0.092065530158	-0.482945302554	0.0512258140323	0.33395276606	-0.206529236423	0.289109460113	0.353779046569	-0.31323391842	0.436619659488	-0.0259203463768	-0.0497887247307	0.344989949309	-0.0911435943797	0.44740639698	-14.5669882744	-50.9117727998	5.1013476638
7	5.897601177	-0.498289055053	1.13027627688	2.76467778005	1.43360999944	6.94864225571	0.0364705500711	0.162418044117	-0.769737784546	0.479269839254	0.50066002505	-0.800268579613	0.63719516131	1.94197480044	-0.487304288319	0.726776756517	0.241797832865	-0.167933734947	1.00270573607	-0.323427383683	0.622318483878	4.34879454217	-51.7849371975	8.8271636479
8	9.05296754838	-2.35868027601	-3.13935692094	7.06641001429	3.29714149021	2.22243741153	0.351529088732	-0.591481554742	-0.3175728505	0.823271926086	-0.322227812688	-0.158280492134	0.93137463356	0.0141845331842	-0.0440730857847	0.560379199152	-0.0516594929216	-0.064440688205	0.500679213726	0.0457290679234	0.416311754155	-18.5627782672	-51.4404532294	14.2497495269

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 21 through 47 )	21 - 47	1 - 27
2	2	chain 'A' and (resid 48 through 93 )	48 - 93	28 - 73
3	3	chain 'A' and (resid 94 through 124 )	94 - 124	74 - 104
4	4	chain 'A' and (resid 125 through 180 )	125 - 180	105 - 160
5	5	chain 'A' and (resid 181 through 222 )	181 - 222	161 - 202
6	6	chain 'A' and (resid 223 through 251 )	223 - 251	203 - 231
7	7	chain 'A' and (resid 252 through 271 )	252 - 271	232 - 251
8	8	chain 'A' and (resid 272 through 290 )	272 - 290	252 - 270

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