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- PDB-9bzb: Crystal structure of metallo-hydrolase-like_MBL-fold protein from... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9bzb | ||||||
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Title | Crystal structure of metallo-hydrolase-like_MBL-fold protein from Salmonella typhimurium LT2 | ||||||
![]() | putative metallo beta lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / putative Zn-dependent hydrolase / metallo-hydrolase-like_MBL-fold / CSBID / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / hydrolase activity / FORMIC ACID / Zn-dependent hydrolase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of metallo-hydrolase-like_MBL-fold protein from Salmonella typhimurium LT2 Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 146.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 95.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 447.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 448.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30082.035 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: STM3737 / Plasmid: p53 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-FMT / |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#4: Chemical | ChemComp-EDO / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 50 mM Tris pH 7.6. 2.9 % (v/v) PEG350 MME, 34.3 % (v/v) PEG 600 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 28, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 21268 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 45.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 20.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 803 / CC1/2: 0.616 / Rpim(I) all: 0.518 / Rrim(I) all: 0.99 / % possible all: 75.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→39.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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