PDB-9bz1: Cocrystal structure of Clostridium beijerinckii ZTP riboswitch wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bz1

タイトル

Cocrystal structure of Clostridium beijerinckii ZTP riboswitch with AICA

要素

RNA (84-MER)

キーワード

RNA / riboswitch / single-stranded RNA / ZMP / ZTP / AICAR

機能・相同性

5-amino-1H-imidazole-4-carboxamide / : / : / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Clostridium beijerinckii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Jones, C.J. / Ferre D'Amare, A.R. / Tran, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cocrystal structure of Clostridium beijerinckii ZTP riboswitch with AICA
著者: Jones, C.P. / Tran, B. / Ferre-D'Amare, A.R.

履歴

登録	2024年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bz1.cif.gz	193.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bz1.ent.gz	155.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/9bz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/9bz1	HTTPS FTP

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#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (84-MER)

B: RNA (84-MER)

ヘテロ分子

58 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.069, 47.642, 113.791
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: RNA鎖	RNA (84-MER) 分子量: 28651.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (バクテリア) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他) 参照: GenBank: 1995533340
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-5AC / 5-amino-1H-imidazole-4-carboxamide / 5-アミノ-1H-イミダゾ-ル-4-カルボアミド分子量: 126.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49.06 Å / Num. obs: 25466 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 2445 / CC_1/2: 0.279

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→49.06 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	2003	7.89 %
R_work	0.2095	-	-
obs	0.2125	25388	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	3576	30	35	3641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4028
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.073	6276
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.638	2004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	838
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	172

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.87	0.4547	139	0.4074	1590	X-RAY DIFFRACTION	98
2.87-2.95	0.3642	142	0.3633	1684	X-RAY DIFFRACTION	98
2.95-3.03	0.3345	143	0.3309	1592	X-RAY DIFFRACTION	98
3.03-3.13	0.2992	139	0.2753	1729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.24	0.2564	146	0.2291	1669	X-RAY DIFFRACTION	99
3.24-3.37	0.283	150	0.2183	1710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.53	0.2588	148	0.2167	1643	X-RAY DIFFRACTION	99
3.53-3.71	0.2334	139	0.2076	1674	X-RAY DIFFRACTION	99
3.71-3.95	0.2347	134	0.1796	1713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.25	0.2308	145	0.1655	1675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.68	0.1992	146	0.1805	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.35	0.2071	146	0.1708	1693	X-RAY DIFFRACTION	99
5.35-6.74	0.2032	152	0.1796	1692	X-RAY DIFFRACTION	100
6.75-49.06	0.2541	134	0.1992	1661	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8356	0.0797	-1.6835	1.5097	0.2018	2.3904	0.0756	-0.1711	0.3753	0.5766	-0.0002	0.3275	-0.328	0.0196	-0.0857	0.5691	-0.0148	0.1203	0.4326	-0.0871	0.6705	-101.4179	49.6222	34.9462
2	1.5525	-0.3458	0.5255	1.3415	-0.27	1.3505	-0.0858	0.6386	-0.0797	-0.1575	-0.733	0.5046	-0.098	0.339	0.6571	0.9974	0.123	0.2035	0.9265	0.2324	1.0082	-74.0244	14.4075	41.9273
3	1.4905	-0.6291	0.0025	0.4043	0.0405	1.3853	-0.0499	0.0401	0.133	0.2462	0.0258	0.2657	0.2236	0.0841	0.0185	0.7777	0.0245	0.209	0.5384	-0.1173	0.8827	-107.4199	40.6797	38.7266
4	0.0592	-0.1051	-0.3608	0.6419	0.3087	4.4531	-0.2131	0.586	0.1232	-0.4453	0.8655	0.2294	-0.7565	-0.7928	-0.1906	0.3743	-0.1521	-0.0128	0.7221	0.0327	1.022	-113.8134	23.1355	11.7024
5	1.3882	-0.8651	-0.9631	1.4939	0.2055	2.5754	-0.0497	0.2339	-0.0749	0.0119	0.1895	0.2205	-0.0527	-0.1713	-0.1336	0.2785	-0.0088	-0.0411	0.2704	-0.0362	0.3189	-97.0278	36.9001	14.2825
6	0.931	-0.0997	0.5093	1.5934	1.1758	2.1894	-0.117	-0.4779	0.0781	0.1205	0.4576	-1.3818	0.0489	0.4444	-0.2026	0.4976	0.0098	-0.0577	0.6226	-0.1802	0.6877	-128.0216	-0.9084	6.9237
7	2.0756	0.692	-0.3202	0.319	0.61	1.9441	-0.1891	0.1062	-0.4733	-0.1381	0.139	0.5067	0.3273	-0.2626	0.0082	0.5468	-0.0485	0.0052	0.3748	-0.024	0.5735	-94.4429	24.9776	10.3207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 89 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 10 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 11 through 45 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 46 through 65 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 89 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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