[日本語] English
万見
- PDB-9byj: Crystal Structure of Hck in complex with the Src-family kinase in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9byj
タイトルCrystal Structure of Hck in complex with the Src-family kinase inhibitor A-419259
要素Tyrosine-protein kinase HCK
キーワードTRANSFERASE / Src Family kinase / Inhibitor / Transferase Inhibitor / Tyrosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte degranulation / innate immune response-activating signaling pathway / respiratory burst after phagocytosis / leukocyte migration involved in immune response / regulation of podosome assembly / FLT3 signaling through SRC family kinases / regulation of phagocytosis / Nef and signal transduction / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of actin filament polymerization ...leukocyte degranulation / innate immune response-activating signaling pathway / respiratory burst after phagocytosis / leukocyte migration involved in immune response / regulation of podosome assembly / FLT3 signaling through SRC family kinases / regulation of phagocytosis / Nef and signal transduction / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of actin filament polymerization / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / mesoderm development / FCGR activation / type II interferon-mediated signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / transport vesicle / phosphotyrosine residue binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / integrin-mediated signaling pathway / cell projection / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of signaling by CBL / non-specific protein-tyrosine kinase / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine-mediated signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / caveola / cytoplasmic side of plasma membrane / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / regulation of inflammatory response / protein tyrosine kinase activity / cell differentiation / cytoskeleton / lysosome / cell adhesion / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / inflammatory response / signaling receptor binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase HCK, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily ...Tyrosine-protein kinase HCK, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Chem-VSE / Tyrosine-protein kinase HCK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Selzer, A.M. / Alvarado, J.J. / Smithgall, T.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA233576 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F31 CA265294 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Cocrystallization of the Src-Family Kinase Hck with the ATP-Site Inhibitor A-419259 Stabilizes an Extended Activation Loop Conformation.
著者: Selzer, A.M. / Alvarado, J.J. / Smithgall, T.E.
履歴
登録2024年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase HCK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,16925
ポリマ－52,2861
非ポリマー1,88324
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.346, 85.025, 128.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase HCK / Hematopoietic cell kinase / Hemopoietic cell kinase / p59-HCK/p60-HCK / p59Hck / p61Hck


分子量: 52286.492 Da / 分子数: 1 / 変異: Q523E,Q524E,Q525I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCK / プラスミド: Pet28a Hck YEEI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star
参照: UniProt: P08631, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 243分子

#2: 化合物 ChemComp-VSE / 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine / RK-20449


分子量: 482.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H34N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 75 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP, 0.1 M sodium thiocyanate, 10% w/v PEG 3350, 0.095 mM 7-[trans-4-(4-Methyl-1-piperazinyl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H- ...詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 75 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP, 0.1 M sodium thiocyanate, 10% w/v PEG 3350, 0.095 mM 7-[trans-4-(4-Methyl-1-piperazinyl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-Pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine, 0.5 mM N~2~-{[2-(2,4-difluorophenoxy)pyridin-3-yl]methyl}-N~4~-isopropylpyrimidine-2,4-diamine,1 % DMSO
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.5125 Å / Num. obs: 44990 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.97 % / Rmerge(I) obs: 2.898 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4379 / CC1/2: 0.301 / Rrim(I) all: 3.135 / % possible all: 99.64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→42.51 Å / SU ML: 0.278 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.1326
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 3764 4.46 %
Rwork0.1994 80673 -
obs0.2003 42703 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3580 0 113 219 3912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01493802
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.60095118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0967539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0301648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.73161433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.36611250.38392588X-RAY DIFFRACTION88.08
1.82-1.850.39921290.37142865X-RAY DIFFRACTION94.57
1.85-1.870.35141370.35362987X-RAY DIFFRACTION98.02
1.87-1.90.37221360.33422953X-RAY DIFFRACTION98.72
1.9-1.930.34071420.3262980X-RAY DIFFRACTION99.17
1.93-1.960.31751420.31643028X-RAY DIFFRACTION99.72
1.96-1.990.28921420.29863016X-RAY DIFFRACTION99.91
1.99-2.020.26141390.28783007X-RAY DIFFRACTION99.94
2.02-2.060.25671400.28573044X-RAY DIFFRACTION99.94
2.06-2.10.3161320.27732960X-RAY DIFFRACTION99.9
2.1-2.140.31451420.27993036X-RAY DIFFRACTION99.87
2.14-2.190.33081390.26213022X-RAY DIFFRACTION99.84
2.19-2.240.23741360.23883020X-RAY DIFFRACTION99.87
2.24-2.30.2481420.24093033X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.360.25841410.2232965X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.430.22751440.21543071X-RAY DIFFRACTION99.94
2.43-2.510.24511380.20453011X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.60.23081360.21682982X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.70.25921410.20783031X-RAY DIFFRACTION99.97
2.7-2.820.21331440.20813002X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.970.231440.19843020X-RAY DIFFRACTION99.97
2.97-3.160.18421380.18763021X-RAY DIFFRACTION99.56
3.16-3.40.221460.16952999X-RAY DIFFRACTION99.9
3.4-3.740.19231430.16182994X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.280.17911430.14033032X-RAY DIFFRACTION99.94
4.28-5.390.15841400.15063000X-RAY DIFFRACTION99.71
5.4-42.510.17411430.17583006X-RAY DIFFRACTION99.72

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る