PDB-9byf: Fab 212-55 in complex with OspA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9byf

タイトル

Fab 212-55 in complex with OspA

要素

221-55 Fab Heavy Chain
221-55 Fab Light Chain
Outer surface protein A

キーワード

IMMUNE SYSTEM/ANTIGEN / Fab-antigen complex / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-ANTIGEN complex

機能・相同性

Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / Outer surface protein A

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Borreliella burgdorferi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Mantis, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fab 212-55 in complex with OspA
著者: Rudolph, M.J. / Mantis, N.

履歴

登録	2024年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9byf.cif.gz	306.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9byf.ent.gz	206.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9byf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9byf_validation.pdf.gz	459.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9byf_full_validation.pdf.gz	467.8 KB	表示
XML形式データ	9byf_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	9byf_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/9byf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/9byf	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
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ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

H: 221-55 Fab Heavy Chain

L: 221-55 Fab Light Chain

A: Outer surface protein A

ヘテロ分子

75.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.120, 162.416, 126.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222
Space group name Hall	C22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-443- HOH
2	1	H-451- HOH
3	1	L-404- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質	Outer surface protein A 分子量: 27595.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア) 株: B31 / 遺伝子: ospA, BB_A15 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL66

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	221-55 Fab Heavy Chain 分子量: 24533.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	221-55 Fab Light Chain 分子量: 23449.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 125分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, and 200 mM NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 24587 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 50.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.353 / Net I/σ(I): 2.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.85-2.9	10.1	1.911	1218	0.353	0.722	0.627	2.015	0.693	99.8
2.9-2.95	9.8	1.727	1200	0.47	0.8	0.574	1.823	0.708	99.9
2.95-3.01	9	1.502	1229	0.553	0.844	0.523	1.593	0.7	99.9
3.01-3.07	9.1	1.324	1217	0.642	0.884	0.459	1.404	0.704	99.8
3.07-3.14	9.2	1.264	1201	0.67	0.896	0.435	1.339	0.742	99.7
3.14-3.21	9.3	1.112	1206	0.767	0.932	0.379	1.177	0.783	99.5
3.21-3.29	9.2	0.942	1218	0.816	0.948	0.324	0.998	0.802	99.6
3.29-3.38	8.9	0.807	1228	0.861	0.962	0.281	0.856	0.845	99.6
3.38-3.48	8.2	0.655	1188	0.856	0.96	0.237	0.699	0.926	99
3.48-3.59	9.8	0.603	1246	0.905	0.975	0.2	0.637	0.903	99.9
3.59-3.72	11.3	0.532	1208	0.954	0.988	0.164	0.557	0.911	99.6
3.72-3.87	11.2	0.429	1240	0.976	0.994	0.134	0.45	0.938	100
3.87-4.04	10.8	0.365	1219	0.976	0.994	0.116	0.384	0.999	99.8
4.04-4.26	10.1	0.271	1225	0.983	0.996	0.089	0.286	1.109	99.9
4.26-4.52	11	0.212	1241	0.987	0.997	0.067	0.223	1.207	99.8
4.52-4.87	10.1	0.185	1226	0.99	0.997	0.061	0.195	1.297	99.5
4.87-5.36	9	0.17	1231	0.988	0.997	0.059	0.181	1.246	98.9
5.36-6.14	11.8	0.186	1256	0.991	0.998	0.056	0.194	1.086	99.9
6.14-7.73	10.9	0.141	1269	0.991	0.998	0.045	0.148	1.202	99.8
7.73-50	9.5	0.083	1321	0.996	0.999	0.028	0.088	1.493	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.85→47.73 Å / SU ML: 0.3596 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3863
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2884	1264	5.15 %
R_work	0.2302	23298	-
obs	0.2331	24562	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→47.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4673	0	12	116	4801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	4781
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4463	6480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0405	749
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.1785	661

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.96	0.3222	143	0.3031	2408	X-RAY DIFFRACTION	93.96
2.96-3.1	0.3626	147	0.2905	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.1-3.26	0.3313	142	0.2778	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.26-3.46	0.3549	142	0.2687	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.46-3.73	0.2757	125	0.2307	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.73-4.11	0.2627	134	0.2111	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.11-4.7	0.2332	166	0.1786	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.67
4.7-5.92	0.2665	137	0.2034	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.39
5.92-47.73	0.2885	128	0.2312	2739	X-RAY DIFFRACTION	98.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.24319125142	1.90938947743	2.82857148949	4.11483013857	2.76818392138	5.79619151164	-0.117357142844	0.111648770446	0.350274646673	-0.149601692358	-0.165561399126	0.635942831918	-0.0013416739861	-0.287799861996	0.354126557562	0.212418171424	-0.04225287806	0.0549919164941	0.136081517817	0.124136591091	0.836696336303	-12.2934359254	-13.8659853196	45.3137677081
2	1.34729485622	1.23621201041	-0.246850148926	3.54975637131	1.03643520461	0.993089113253	-0.420085583309	0.413061732758	-0.12139742968	-0.826000884091	0.214383262477	0.0510951636149	-0.488375438412	0.104775858448	0.0612300318365	0.390296059743	-0.360720074714	0.0371512675523	0.29189508063	-0.100568250461	0.784594343131	-10.7452540654	-13.1041813437	32.0471284775
3	3.31367312795	-0.192940770309	1.91504795775	3.40723373844	1.79845524524	3.94889162377	-0.210207686525	-0.119356495305	0.466708066209	1.46505235746	0.318557328593	1.23215872408	0.160759390496	0.662193589649	-0.220774645282	1.54421426329	-0.68916999704	0.272930871622	1.93542130952	-0.0483701970353	0.778064810942	-20.3479655192	-6.80746736925	113.923881276
4	3.84156226828	1.11249012327	2.4413467603	2.66594245176	0.976253192185	4.97365794653	0.217583550682	-1.0799857907	0.239776286777	0.37432751345	-0.34855027941	-0.155823473233	-0.178118404925	-0.0545380145024	0.264145158954	0.39706139558	-0.149536522651	0.108546650672	0.856955512103	-0.23754714778	0.919730699867	-36.533591451	-7.26765216894	97.6091257819
5	4.19415408315	1.58698611281	-1.89053235163	0.901167445391	-0.529758858822	1.98294729103	0.152812041647	-0.220220142978	-0.236861869667	0.251236025508	-0.116830109635	0.663177037978	-0.0284683708584	-0.312658786941	-0.0935487454759	0.167780504593	-0.0543475043689	0.0955958493971	0.747042313279	-0.188979766007	0.841025295737	-54.301211009	-19.1393312794	87.9936728762
6	2.44653571696	-0.647522321393	1.95899382368	2.58383985271	-0.96706462587	5.60216159542	0.290573108874	-0.00973101668542	-0.428826611149	0.0207425760319	-0.16682968385	0.180285283439	0.270817261836	0.492415855939	-0.17630119169	0.233142566233	-0.0280305099731	0.203790828535	0.325689662858	-0.0365002213445	0.916394957291	-29.4506389671	-34.6899991505	63.3645330781
7	2.11224566276	0.607312025163	-0.283253968746	0.269973983792	0.0852360763462	1.33679030167	-0.141004596055	-0.413247390122	-0.38518693343	0.0918832003931	-0.0298511720857	0.255595371471	0.251153869701	-0.0524761295873	0.265397522959	0.102299518582	-0.0624235500327	0.184588976442	0.381659716892	0.158948840227	0.822399278038	-34.1850054171	-28.4039128407	72.9870039038
8	2.51315354392	1.40054371196	1.80873144903	2.58180041274	-0.249907741715	7.0110214938	-0.0881788763848	0.0905022798306	-0.47977822858	0.275173820468	-0.110489770991	0.250796077344	0.858476899711	-0.293009222526	0.0594394422038	0.324217120277	-0.0233022022326	0.212515636993	0.29340007088	0.0102532307975	0.840401892084	-38.9066931833	-32.4035981334	69.5136229487
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13	3.65319672462	-1.11152075257	1.08392558158	3.83412045157	0.259353726901	2.5225997025	0.112176744563	0.533521855208	-0.120257075962	-0.264559682922	0.158695667575	-0.595704462085	0.0415259592464	0.375643383512	-0.05515981392	0.251525539848	-0.194279551964	0.0639609495238	0.347533298228	-0.132314718701	0.603409350417	-8.57728060396	-36.3847090872	41.0066737908
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15	2.73782742909	-1.43565079433	-1.64044151673	0.79355894811	1.06871630797	2.01264538036	0.26700697804	0.151079139605	0.958782491962	-0.00523351784126	-0.0950252081909	0.07783392486	-0.360490783558	-0.0522994761995	-0.208390912307	0.150073794477	0.0376925876613	0.107195032221	0.287051363488	-0.0614250824924	0.909006352215	-27.0444236212	-8.90920823984	74.3875849992
16	1.94420979851	0.516103788183	-0.953685473412	0.819264490143	-0.259306292151	1.61563372518	0.170313801997	-0.382530808977	0.181758955877	0.170501065883	-0.245128702078	-0.0961249194983	-0.121910027602	-0.0540917696845	0.158168335367	0.0956428574285	-0.0296495475373	-0.0101233945897	0.465301802397	-0.081874679008	0.890271875725	-19.4324285658	-12.9204521899	77.2958095268
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18	2.44568922273	2.8360866959	0.855449770374	3.88855544234	0.0154673139847	1.85746602222	-0.311270329669	0.247957484908	0.0986098764496	-0.663133246655	0.465826861717	-0.0520840909602	0.0805111061302	-0.207854371114	0.0157241261589	0.189992367624	-0.0964847034661	0.0242426333342	0.41368917252	-0.0564492667071	0.9045013303	-10.3396570221	-16.9633216868	37.9570066861

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'L' and (resid 152 through 175 )	L	B	152 - 175	152 - 175
2	2	chain 'L' and (resid 176 through 213 )	L	B	176 - 213	176 - 213
3	3	chain 'A' and (resid 88 through 108 )	A	C	88 - 108	1 - 21
4	4	chain 'A' and (resid 109 through 203 )	A	C	109 - 203	22 - 116
5	5	chain 'A' and (resid 204 through 273 )	A	C	204 - 273	117 - 186
6	6	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	A	1 - 17	1 - 17
7	7	chain 'H' and (resid 18 through 60 )	H	A	18 - 60	18 - 60
8	8	chain 'H' and (resid 61 through 83 )	H	A	61 - 83	61 - 83
9	9	chain 'H' and (resid 84 through 118 )	H	A	84 - 118	84 - 118
10	10	chain 'H' and (resid 119 through 143 )	H	A	119 - 143	119 - 136
11	11	chain 'H' and (resid 144 through 197 )	H	A	144 - 197	137 - 190
12	12	chain 'H' and (resid 198 through 209 )	H	A	198 - 209	191 - 202
13	13	chain 'H' and (resid 210 through 223 )	H	A	210 - 223	203 - 216
14	14	chain 'L' and (resid 1 through 18 )	L	B	1 - 18	1 - 18
15	15	chain 'L' and (resid 19 through 39 )	L	B	19 - 39	19 - 39
16	16	chain 'L' and (resid 40 through 76 )	L	B	40 - 76	40 - 76
17	17	chain 'L' and (resid 77 through 114 )	L	B	77 - 114	77 - 114
18	18	chain 'L' and (resid 115 through 151 )	L	B	115 - 151	115 - 151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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