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- PDB-9bye: Nanoparticle Crystal Structure of a Thermostabilized Mutant E.col... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bye
タイトルNanoparticle Crystal Structure of a Thermostabilized Mutant E.coli Ferritin ECFTNA
要素Bacterial non-heme ferritin
キーワードFLAVOPROTEIN / nanoparticle
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial non-heme ferritin / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / ferrous iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial non-heme ferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seraj, N. / Cappelli, L. / Wahome, N. / Cinelli, P. / Fabiola, G. / Cartocci, E. / Harshbarger, W. / Delany, I. / Cozzi, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: In silico Self-assembling Protein Nanoparticles Optimization for Protein Antigen display
著者: Cappelli, L. / Wahome, N. / Cinelli, P. / Giusti, F. / Seraj, N. / Cartocci, E. / Harshbarger, W. / Delany, I. / Cozzi, R.
履歴
登録2024年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterial non-heme ferritin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0491
ポリマ－19,0491
非ポリマー00
水3,387188
1
A: Bacterial non-heme ferritin
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)457,18424
ポリマ－457,18424
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area66760 Å2
ΔGint-498 kcal/mol
Surface area144850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.373, 180.373, 180.373
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Space group name HallF423
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-z,y
#3: x,z,-y
#4: z,y,-x
#5: -z,y,x
#6: -y,x,z
#7: y,-x,z
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z,x
#11: z,-x,-y
#12: -y,z,-x
#13: -z,-x,y
#14: -z,x,-y
#15: y,-z,-x
#16: x,-y,-z
#17: -x,y,-z
#18: -x,-y,z
#19: y,x,-z
#20: -y,-x,-z
#21: z,-y,x
#22: -z,-y,-x
#23: -x,z,y
#24: -x,-z,-y
#25: x,y+1/2,z+1/2
#26: x,-z+1/2,y+1/2
#27: x,z+1/2,-y+1/2
#28: z,y+1/2,-x+1/2
#29: -z,y+1/2,x+1/2
#30: -y,x+1/2,z+1/2
#31: y,-x+1/2,z+1/2
#32: z,x+1/2,y+1/2
#33: y,z+1/2,x+1/2
#34: -y,-z+1/2,x+1/2
#35: z,-x+1/2,-y+1/2
#36: -y,z+1/2,-x+1/2
#37: -z,-x+1/2,y+1/2
#38: -z,x+1/2,-y+1/2
#39: y,-z+1/2,-x+1/2
#40: x,-y+1/2,-z+1/2
#41: -x,y+1/2,-z+1/2
#42: -x,-y+1/2,z+1/2
#43: y,x+1/2,-z+1/2
#44: -y,-x+1/2,-z+1/2
#45: z,-y+1/2,x+1/2
#46: -z,-y+1/2,-x+1/2
#47: -x,z+1/2,y+1/2
#48: -x,-z+1/2,-y+1/2
#49: x+1/2,y,z+1/2
#50: x+1/2,-z,y+1/2
#51: x+1/2,z,-y+1/2
#52: z+1/2,y,-x+1/2
#53: -z+1/2,y,x+1/2
#54: -y+1/2,x,z+1/2
#55: y+1/2,-x,z+1/2
#56: z+1/2,x,y+1/2
#57: y+1/2,z,x+1/2
#58: -y+1/2,-z,x+1/2
#59: z+1/2,-x,-y+1/2
#60: -y+1/2,z,-x+1/2
#61: -z+1/2,-x,y+1/2
#62: -z+1/2,x,-y+1/2
#63: y+1/2,-z,-x+1/2
#64: x+1/2,-y,-z+1/2
#65: -x+1/2,y,-z+1/2
#66: -x+1/2,-y,z+1/2
#67: y+1/2,x,-z+1/2
#68: -y+1/2,-x,-z+1/2
#69: z+1/2,-y,x+1/2
#70: -z+1/2,-y,-x+1/2
#71: -x+1/2,z,y+1/2
#72: -x+1/2,-z,-y+1/2
#73: x+1/2,y+1/2,z
#74: x+1/2,-z+1/2,y
#75: x+1/2,z+1/2,-y
#76: z+1/2,y+1/2,-x
#77: -z+1/2,y+1/2,x
#78: -y+1/2,x+1/2,z
#79: y+1/2,-x+1/2,z
#80: z+1/2,x+1/2,y
#81: y+1/2,z+1/2,x
#82: -y+1/2,-z+1/2,x
#83: z+1/2,-x+1/2,-y
#84: -y+1/2,z+1/2,-x
#85: -z+1/2,-x+1/2,y
#86: -z+1/2,x+1/2,-y
#87: y+1/2,-z+1/2,-x
#88: x+1/2,-y+1/2,-z
#89: -x+1/2,y+1/2,-z
#90: -x+1/2,-y+1/2,z
#91: y+1/2,x+1/2,-z
#92: -y+1/2,-x+1/2,-z
#93: z+1/2,-y+1/2,x
#94: -z+1/2,-y+1/2,-x
#95: -x+1/2,z+1/2,y
#96: -x+1/2,-z+1/2,-y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-220-

HOH

21A-375-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bacterial non-heme ferritin / Ferritin-1


分子量: 19049.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ftnA, Z2960, ECs2613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9A0, bacterial non-heme ferritin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 1% w/v PEG MME 2K, 1M Na2 Succ

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→41.38 Å / Num. obs: 25810 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.25 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / Num. unique obs: 1268 / CC1/2: 0.967

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→41.38 Å / SU ML: 0.1571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.4025
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 2783 7.76 %
Rwork0.1776 33064 -
obs0.1794 25810 75.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→41.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1340 0 0 188 1528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86011853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0496196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0385508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.780.2122980.19681176X-RAY DIFFRACTION52.71
1.78-1.810.2093960.19881139X-RAY DIFFRACTION52.8
1.81-1.850.2414990.19131181X-RAY DIFFRACTION52.89
1.85-1.890.2038970.19291152X-RAY DIFFRACTION52.95
1.89-1.930.225970.19041164X-RAY DIFFRACTION53.03
1.93-1.970.24571000.19771182X-RAY DIFFRACTION53.55
1.97-2.020.21131030.19731259X-RAY DIFFRACTION57.18
2.02-2.080.20421110.19141421X-RAY DIFFRACTION65.67
2.08-2.140.24341440.18991701X-RAY DIFFRACTION77.36
2.14-2.210.2341510.1861771X-RAY DIFFRACTION80.65
2.21-2.290.20671620.181893X-RAY DIFFRACTION86.97
2.29-2.380.23451690.17661936X-RAY DIFFRACTION88.41
2.38-2.490.20421680.19412003X-RAY DIFFRACTION91.14
2.49-2.620.23061700.17992039X-RAY DIFFRACTION92.31
2.62-2.780.2091760.1882030X-RAY DIFFRACTION92.69
2.78-30.21871700.17711995X-RAY DIFFRACTION91.04
3-3.30.19541680.17252000X-RAY DIFFRACTION90.6
3.3-3.770.16091560.17151920X-RAY DIFFRACTION87.15
3.77-4.750.1651610.15721964X-RAY DIFFRACTION88.5
4.75-41.380.19361870.16992138X-RAY DIFFRACTION96.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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