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- PDB-9bxd: CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 LM/HS CLADE A/E CRF01 GP120 CORE IN CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bxd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 LM/HS CLADE A/E CRF01 GP120 CORE IN COMPLEX WITH HZ-IV-188
要素HIV-1 LM/HS clade A/E CRF01 gp120 core
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 GP120 / CLADE A/E CF01
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
: / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Niu, L. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI174908 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI162242 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Optimization of a Piperidine CD4-Mimetic Scaffold Sensitizing HIV-1 Infected Cells to Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity.
著者: Lee, D. / Niu, L. / Ding, S. / Zhu, H. / Tolbert, W.D. / Medjahed, H. / Beaudoin-Bussieres, G. / Abrams, C. / Finzi, A. / Pazgier, M. / Smith 3rd, A.B.
履歴
登録2024年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 LM/HS clade A/E CRF01 gp120 core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,32513
ポリマ－39,4531
非ポリマー2,87212
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.013, 65.837, 90.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 A

#1: タンパク質 HIV-1 LM/HS clade A/E CRF01 gp120 core


分子量: 39452.723 Da / 分子数: 1 / 変異: H61Y, Q105H, V108I, H375S, N474D, I475M, K476R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 183分子

#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-A1ATK / (3S)-1-(4-L-arginylpiperazine-1-carbonyl)-N-(4-chloro-3-fluorophenyl)piperidine-3-carboxamide


分子量: 525.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H34ClFN8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 3350 5% PEG 400 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月25日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 29237 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1143 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.526 / % possible all: 74.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→27.43 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 1457 4.99 %
Rwork0.2297 --
obs0.2311 29202 92.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2659 0 185 180 3024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9973939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.326433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.920.33021200.35522270X-RAY DIFFRACTION77
1.92-20.35321320.31732512X-RAY DIFFRACTION85
2-2.090.35851250.29872554X-RAY DIFFRACTION86
2.09-2.20.30871420.28522899X-RAY DIFFRACTION97
2.2-2.330.2951720.27832919X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.520.2731810.26742923X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.770.31161420.25592943X-RAY DIFFRACTION98
2.77-3.170.23481240.23932890X-RAY DIFFRACTION95
3.17-3.990.25521670.20852937X-RAY DIFFRACTION97
3.99-27.430.21711520.18972898X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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