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- PDB-9bx7: Fab 8C1 in complex with OspCA peptide P20 (residues 131-150) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bx7
タイトルFab 8C1 in complex with OspCA peptide P20 (residues 131-150)
要素
  • 8C1 Fab Heavy Chain
  • 8C1 Fab Light Chain
  • P20 peptide from Outer surface protein C
キーワードIMMUNE SYSTEM/ANTIGEN / Human monoclonal Fab 8C1 in complex with Outer Surface Protein C type A P20 peptide (residues 131-150) / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-ANTIGEN complex
機能・相同性external side of cell outer membrane / Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / Outer surface protein C
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Borreliella burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Mantis, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00040 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fab 8C1 in complex with OspCA peptide P20 (residues 131-150)
著者: Rudolph, M.J. / Mantis, N.
履歴
登録2024年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 8C1 Fab Heavy Chain
L: 8C1 Fab Light Chain
P: P20 peptide from Outer surface protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,40910
ポリマ－49,8923
非ポリマー5177
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.146, 106.146, 71.485
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド P20 peptide from Outer surface protein C / pC / P23


分子量: 2266.526 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 131-150 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア)
株: B31 / 遺伝子: ospC, BB_B19 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07337

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 8C1 Fab Heavy Chain


分子量: 23659.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 8C1 Fab Light Chain


分子量: 23965.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 339分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris- pH 7.0, 200 mM LiSO4, and 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 50294 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 2431 / CC1/2: 0.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→33.31 Å / SU ML: 0.2153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.3874
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 2469 4.97 %
Rwork0.1757 47169 -
obs0.1768 49638 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3352 0 26 332 3710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09134752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0529539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1527477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.730.40661220.37962578X-RAY DIFFRACTION97.16
1.73-1.770.35251310.31652562X-RAY DIFFRACTION97.79
1.77-1.810.26861420.25272601X-RAY DIFFRACTION98.1
1.81-1.850.23231360.21962583X-RAY DIFFRACTION98.3
1.85-1.90.21791480.20352605X-RAY DIFFRACTION98.25
1.9-1.950.21971260.20462564X-RAY DIFFRACTION98.18
1.95-2.010.21571380.1892620X-RAY DIFFRACTION98.43
2.01-2.070.19681370.18642613X-RAY DIFFRACTION98.71
2.07-2.140.21951400.19222609X-RAY DIFFRACTION98.64
2.14-2.230.20381380.16172598X-RAY DIFFRACTION98.45
2.23-2.330.23671610.17592610X-RAY DIFFRACTION99.18
2.33-2.450.17221280.17052637X-RAY DIFFRACTION99.18
2.45-2.610.20831430.17662630X-RAY DIFFRACTION99.39
2.61-2.810.20821130.17042661X-RAY DIFFRACTION99.39
2.81-3.090.19391450.17452647X-RAY DIFFRACTION99.57
3.09-3.540.18671580.1542655X-RAY DIFFRACTION99.65
3.54-4.460.15781610.1442646X-RAY DIFFRACTION99.72
4.46-33.310.18651020.17842750X-RAY DIFFRACTION99.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.767662766860.965948746452-1.983209139611.80103440432-2.954985775617.11972362178-0.0546009857439-0.1799468123510.17886402970.1377232538130.1236977562610.140583911021-0.272736135539-0.387034720782-0.1279687683920.2538954665690.06552506456050.02792505882110.253142915199-0.05236092741840.23629826692916.7002579501-26.499929346822.0091753844
23.678251454920.3690215952022.191379484723.39606245984-1.694207297152.399097647730.0545444962774-0.1259711021550.02702134080180.041293230003-0.0425328763199-0.1119307904210.1708635505920.165076383557-0.05867840783570.1428438703560.0371814161116-0.0004212607132350.165229064497-0.0002779764790710.1605883713824.9133429905-34.656177511322.5919172213
34.25443242968-1.805050119380.2276729416935.846042487370.1352144745584.630450874340.0370273953056-0.5011566674090.4184521249220.2268404662750.0167318233142-0.287583691193-0.492218781480.317867399801-0.08169305019880.206919130785-0.0273827303515-0.04791606861650.20078936072-0.03651466812770.23244222213928.145771564-28.16142655725.9409062225
40.688214706091-0.02887703835180.5879674063961.61673005885-1.369750541763.40781191029-0.0338467010194-0.1313577279470.128203327920.09708615051260.00134398903778-0.0712066827738-0.1475896046920.06507818543130.07549452615950.1493189085850.02286182037220.01917135064710.156587925493-0.01050743467330.1904240903321.3245661705-28.565070211815.6260792559
53.677381249242.363310602430.6348552103963.297582867540.5435260574561.57569977296-0.2987307088020.7414217365420.321594191498-0.2627410465380.2248528297320.38529328405-0.0459507347342-0.01385276117490.09290940334270.146099657912-0.004176151680990.0201577515880.2862963838220.01128142937330.2394650772132.58593632797-29.0179196554-8.02596899741
67.092076437632.04649237124-0.6115193111431.238897323670.2127384649281.71102671033-0.07407177423630.0508777182287-0.145254123304-0.04158602418790.0161540105940.0110307707220.0150416023135-0.2206447059460.06416131611660.1629517170240.028911021810.02948140787150.1533486694030.04405010879720.2042588098954.50327218715-30.0076350079-0.825209977636
78.623548592025.282069844714.36780320587.195658367013.248700942517.49390279863-0.5088269821940.2924379049560.731672053812-0.2073298678630.1428521189460.196227157948-0.514618778056-0.5596699892320.275081569560.2461250126570.09560222170940.03568846441620.3253302512090.0410476882270.372481170697-1.00086574211-21.9644345072-2.91242529972
83.33476536722-0.6246591784611.28130267532.564719498770.3230531520764.016906316250.109193066634-0.0511791456961-0.353735799237-0.1170050672270.02767373375250.05549937855370.205059383683-0.135533560071-0.09978423992410.168952767007-0.021992321029-0.01393169367060.1355604534140.03333343290380.21504303988220.8533661631-51.09045279818.3395769472
94.57920200461-0.5792050136341.362125947863.243539209890.4600778040555.124382945480.124034903833-0.330141645434-0.3354346194670.0509494731177-0.02755119264180.3363173449330.0906060983498-0.642328566394-0.1012125256560.22830340379-0.0567736101739-0.01953856209290.2690014710670.07565099043370.30105792859215.3524327025-55.239397952723.1458133089
102.19732191546-0.1965660944131.883910225410.223719179466-0.5790901085082.942802729190.04880524675010.0931917911916-0.1590154126730.04354837215160.04570601895050.0484790127011-0.0380125477532-0.178647621602-0.1582354217780.1446255605940.04734979174740.01554252586990.214365770623-0.02674700684030.20854827579212.3108368431-43.74698609434.35149049111
113.362325504360.5977968940840.2473799422835.20258565002-1.45592648923.21107348234-0.08042947785120.956198824631-0.188971487236-0.5244783829630.2070393801430.004826702814550.03640916352270.0188410149497-0.1155096758160.176331080022-0.007721635962710.02297400378840.517752647224-0.09744149506370.2531848555097.07725633411-39.1244129749-16.0786002591
126.74829254546-3.79726457835-3.942119717846.540224555653.230644436979.72772188416-0.571350417846-0.867406980106-0.2088336083060.8043869235620.4247530605660.4952554255790.466130749851-0.6261053156090.08959951129990.4062848990420.02526162876080.03348935193270.4880520439370.06118116639870.28156259281717.9645754076-40.428778302137.4890000544
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 32 )HA1 - 321 - 32
22chain 'H' and (resid 33 through 57 )HA33 - 5733 - 57
33chain 'H' and (resid 58 through 76 )HA58 - 7658 - 76
44chain 'H' and (resid 77 through 120 )HA77 - 12077 - 120
55chain 'H' and (resid 121 through 146 )HA121 - 146121 - 141
66chain 'H' and (resid 147 through 204 )HA147 - 204142 - 199
77chain 'H' and (resid 205 through 215 )HA205 - 215200 - 210
88chain 'L' and (resid 1 through 53 )LB1 - 531 - 53
99chain 'L' and (resid 54 through 80 )LB54 - 8054 - 80
1010chain 'L' and (resid 81 through 133 )LB81 - 13381 - 133
1111chain 'L' and (resid 134 through 216 )LB134 - 216134 - 216
1212chain 'P' and (resid 134 through 146 )PC134 - 1461 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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