PDB-9bwu: Glutarate L-2-hydroxylase (CsiD/GlaH) from Escherichia coli at 2....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bwu

タイトル

Glutarate L-2-hydroxylase (CsiD/GlaH) from Escherichia coli at 2.20 Angstroms Resolution

要素

Glutarate 2-hydroxylase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Oxygenase / Hydroxylase / Metal binding

機能・相同性

機能・相同性情報

glutarate dioxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, with 2-oxoglutarate as one donor, and the other dehydrogenated / glutarate dioxygenase activity / L-lysine catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Han, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design of Ferroelectric Protein Crystals via DNA-directed Symmetry Breaking
著者: Han, Z.

履歴

登録	2024年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bwu.cif.gz	80.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bwu.ent.gz	57.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/9bwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/9bwu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutarate 2-hydroxylase

ヘテロ分子

37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutarate 2-hydroxylase

ヘテロ分子

x 8

登録者が定義した集合体
299 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	7_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	8_555	-y,-x,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.830, 123.830, 139.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-609- HOH

#1: タンパク質	Glutarate 2-hydroxylase / G-2-H 分子量: 37312.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: glaH, EcolC_1047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1IVJ9, glutarate dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.64 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate, 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→61.92 Å / Num. obs: 26092 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.33 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1705 / CC_1/2: 0.934 / R_pim(I) all: 0.196 / R_rim(I) all: 0.382 / % possible all: 71.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless	0.7.15	データスケーリング
DIALS	3.17.0	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.92	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→61.915 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.168
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2258	1359	5.209 %	Random selection
R_work	0.1904	24730	-	-
all	0.192	-	-	-
obs	-	26089	94.045 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.046 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.046 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.092 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→61.915 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2373	0	1	240	2614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.012	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.979	1.842	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.299	5	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.702	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.809	10	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.46	10	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	964
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.144	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.825	1.834	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.033	3.265	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.6	2.346	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.779	4.084	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.364	22.883	3621

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.225	83	0.216	1620	0.217	2019	0.968	0.968	84.3487	0.193
2.257-2.319	0.313	61	0.225	1450	0.229	1950	0.929	0.968	77.4872	0.2
2.319-2.386	0.26	93	0.208	1842	0.21	1935	0.959	0.972	100	0.186
2.386-2.459	0.277	98	0.214	1739	0.217	1837	0.943	0.972	100	0.19
2.459-2.54	0.266	94	0.216	1734	0.219	1828	0.96	0.972	100	0.194
2.54-2.629	0.298	92	0.202	1648	0.206	1740	0.946	0.974	100	0.184
2.629-2.728	0.246	80	0.209	1255	0.211	1696	0.966	0.973	78.7146	0.193
2.728-2.839	0.239	95	0.205	1518	0.207	1613	0.964	0.973	100	0.192
2.839-2.965	0.217	86	0.207	1479	0.207	1565	0.971	0.973	100	0.197
2.965-3.109	0.214	90	0.203	1422	0.204	1512	0.972	0.975	100	0.2
3.109-3.277	0.272	72	0.196	1348	0.199	1420	0.959	0.976	100	0.197
3.277-3.475	0.25	55	0.198	1096	0.2	1356	0.96	0.978	84.882	0.201
3.475-3.714	0.195	63	0.187	1037	0.188	1282	0.977	0.981	85.8034	0.192
3.714-4.011	0.191	50	0.174	1009	0.175	1198	0.977	0.983	88.3973	0.185
4.011-4.392	0.155	52	0.145	1046	0.146	1098	0.983	0.987	100	0.162
4.392-4.907	0.188	44	0.14	977	0.142	1021	0.983	0.989	100	0.155
4.907-5.66	0.206	44	0.16	853	0.163	897	0.98	0.986	100	0.18
5.66-6.918	0.194	49	0.205	724	0.204	773	0.979	0.979	100	0.223
6.918-9.723	0.238	38	0.182	575	0.184	613	0.964	0.981	100	0.212
9.723-61.915	0.215	20	0.231	358	0.23	385	0.952	0.965	98.1818	0.302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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