PDB-9bwf: Crystal structure of cellulose oxidative enzyme without ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bwf

タイトル

Crystal structure of cellulose oxidative enzyme without ligand

要素

Cellulose oxidative enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Carbohydrate oxidase / copper complex

機能・相同性

COPPER (II) ION

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Morais, M.A.B. / Santos, C.A. / Araujo, E.A. / Santos, C.R. / Morao, L.G. / Motta, M.L. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: A metagenomic 'dark matter' enzyme catalyses oxidative cellulose conversion.
著者: Santos, C.A. / Morais, M.A.B. / Mandelli, F. / Lima, E.A. / Miyamoto, R.Y. / Higasi, P.M.R. / Araujo, E.A. / Paixao, D.A.A. / Junior, J.M. / Motta, M.L. / Streit, R.S.A. / Morao, L.G. / ...

履歴

登録	2024年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2025年4月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bwf.cif.gz	111.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bwf.ent.gz	86.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bwf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/9bwf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/9bwf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bwhC 9bwiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cellulose oxidative enzyme

B: Cellulose oxidative enzyme

ヘテロ分子

31.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.218, 72.218, 94.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Cellulose oxidative enzyme 分子量: 15772.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEGl 8000, 2-methyl-2,4-pentanediol, imidazole

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 1.3699 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.3699 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→37.81 Å / Num. obs: 28104 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.149 / R_rim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 10.05

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.2-2.26	3.183	2086	0.454	3.35	1
2.26-2.32	2.669	2017	0.457	2.802	1
2.32-2.39	2.646	1980	0.504	2.779	1
2.39-2.46	2.331	1888	0.54	2.449	1
2.46-2.54	2.024	1876	0.607	2.127	1
2.54-2.63	1.591	1771	0.661	1.673	1
2.63-2.73	1.285	1721	0.822	1.352	1
2.73-2.84	0.849	1682	0.911	0.894	1
2.84-2.97	0.599	1610	0.94	0.632	1
2.97-3.11	0.339	1509	0.977	0.359	1
3.11-3.28	0.24	1486	0.988	0.253	1
3.28-3.48	0.147	1354	0.996	0.155	1
3.48-3.72	0.125	1289	0.996	0.132	1
3.72-4.02	0.1	1220	0.998	0.104	1
4.02-4.4	0.07	1095	0.999	0.074	1
4.4-4.92	0.058	995	0.999	0.061	1
4.92-5.68	0.068	890	0.999	0.071	1
5.68-6.96	0.071	736	0.999	0.075	1
6.96-9.84	0.05	585	0.999	0.053	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS	Jan 10, 2022	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→37.81 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2724	751	5.01 %
R_work	0.2253	-	-
obs	0.2276	14989	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	2	14	1898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.554	2616
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.254	714
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	295
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	327

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.37	0.4302	147	0.3926	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.61	0.4118	148	0.3513	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.99	0.3689	149	0.3034	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.76	0.2659	150	0.2256	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-37.81	0.2229	157	0.1762	2976	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4909	-3.5425	2.251	8.6782	-1.1819	4.977	-0.5764	0.1526	-0.2483	0.1766	1.0661	0.1384	0.5431	-0.4323	-0.6604	0.8836	-0.2557	-0.0366	0.5973	0.1077	0.7653	-32.8305	6.6138	4.7968
2	5.627	0.6594	0.5708	3.8304	-0.9982	2.8105	-0.2152	0.3611	-0.8317	-0.0447	0.3762	-0.2828	0.0732	0.3283	-0.2425	0.7011	-0.181	0.005	0.3356	-0.0302	0.3785	-21.774	12.1617	6.0763
3	6.5557	0.4529	-0.1951	6.1383	2.9092	8.5102	-0.5269	-0.2301	-0.0867	0.912	0.1044	-1.1974	-0.4625	0.9358	0.4484	0.7681	-0.1525	-0.1542	0.4295	0.0796	0.734	-14.4012	19.5398	8.6293
4	6.3892	-2.8967	1.9083	4.4491	-0.2105	3.5729	-1.0884	-0.2828	-0.6937	0.7229	0.432	-1.1004	-0.3816	0.477	0.3541	0.7976	-0.1657	-0.0073	0.3539	0.0079	0.5551	-19.9364	12.4702	10.7252
5	8.7641	3.0834	-0.1836	3.6305	-2.5093	3.5392	-0.9629	0.0598	-1.1332	-1.2316	0.7388	-0.6792	-0.2015	0.4574	0.1236	1.0453	-0.3388	0.0488	0.6166	-0.1257	0.9138	-29.4462	7.0163	-3.0608
6	4.7184	1.7107	0.6206	5.9656	-2.6058	3.3323	-0.1845	0.1005	0.7402	0.6449	0.1352	0.0299	-0.5473	0.2333	0.1125	0.8338	-0.1718	0.0302	0.3453	0.1361	0.5961	-26.4375	29.7853	7.2075
7	6.0549	0.5922	-1.477	0.4013	0.1498	0.602	-0.5002	1.3505	1.0553	0.8339	0.596	0.5146	0.1861	-0.464	-0.2257	1.0634	-0.0259	-0.0606	0.6835	0.2765	0.7632	-40.064	30.5707	-0.3359
8	6.8723	-0.4956	-0.6112	2.9935	-1.2806	2.8691	-0.4114	0.8565	-0.7663	0.167	0.6048	0.6532	0.2868	-0.5665	-0.2373	0.6896	-0.2689	-0.014	0.6534	0.2626	0.7189	-40.2396	20.2561	0.4772
9	4.0541	0.0008	-1.1876	1.4547	-0.6117	3.1207	-0.3317	0.7163	0.7594	-0.1164	0.5533	0.8413	-0.2911	-0.5854	-0.0846	0.8709	-0.1346	-0.0301	0.4396	0.168	0.6553	-30.6976	29.7774	4.1072

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 99 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 100 through 115 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid -2 through 35 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 36 through 48 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 49 through 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 115 )

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