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- PDB-9bw8: Structure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13 in Complex wit... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bw8

タイトル

Structure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13 in Complex with Fluorinated Biarylitide

要素

Cytochrome P450-SU1
Fluorinated Biarylitide

キーワード

OXIDOREDUCTASE / complex / biarylitide / crosslink

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora sp. MW-13 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Hansen, M.H. / Cryle, M.J. / Zhao, Y.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2024
タイトル: Loss of fluorine during crosslinking by the biarylitide P450 Blt proceeds due to restricted peptide orientation.
著者: Zhao, Y. / Gullick, J. / Hansen, M.H. / Coe, L. / Treisman, M. / Schittenhelm, R.B. / McKay, A. / Murray, L.A.M. / Tailhades, J. / De Voss, J.J. / Krenske, E.H. / Cryle, M.J.

履歴

登録	2024年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bw8.cif.gz	802.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bw8.ent.gz	558.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bw8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9bw8_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bw8_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9bw8_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	9bw8_validation.cif.gz	71.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/9bw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/9bw8	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Cytochrome P450-SU1

B: Cytochrome P450-SU1

C: Cytochrome P450-SU1

E: Fluorinated Biarylitide

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Cytochrome P450-SU1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

B: Cytochrome P450-SU1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.2 kDa, 1 ポリマー
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C: Cytochrome P450-SU1

E: Fluorinated Biarylitide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.915, 94.152, 105.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.770, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 14 through 32 or resid 34...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 14 through 32 or resid 34...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 14 through 32 or resid 34...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	A	A	14 - 32	35 - 53
d_1	2	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	34 - 38	55 - 59
d_1	3	TRP	TRP	CYS	CYS	A	A	40 - 55	61 - 76
d_1	4	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	57 - 83	78 - 104
d_1	5	SER	SER	VAL	VAL	A	A	85 - 110	106 - 131
d_1	6	GLN	GLN	ALA	ALA	A	A	112 - 123	133 - 144
d_1	7	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	125 - 127	146 - 148
d_1	8	PRO	PRO	GLN	GLN	A	A	129 - 163	150 - 184
d_1	9	SER	SER	VAL	VAL	A	A	165 - 169	186 - 190
d_1	10	SER	SER	GLU	GLU	A	A	171 - 204	192 - 225
d_1	11	GLY	GLY	VAL	VAL	A	A	206 - 252	227 - 273
d_1	12	HIS	HIS	ALA	ALA	A	A	254 - 296	275 - 317
d_1	13	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	298 - 329	319 - 350
d_1	14	ARG	ARG	GLY	GLY	A	A	331 - 338	352 - 359
d_1	15	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	340 - 366	361 - 387
d_1	16	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	368 - 392	389 - 413
d_1	17	TFA	TFA	TFA	TFA	A	E	401
d_2	1	TYR	TYR	LEU	LEU	B	B	14 - 32	35 - 53
d_2	2	GLU	GLU	VAL	VAL	B	B	34 - 38	55 - 59
d_2	3	TRP	TRP	CYS	CYS	B	B	40 - 55	61 - 76
d_2	4	GLN	GLN	VAL	VAL	B	B	57 - 83	78 - 104
d_2	5	SER	SER	VAL	VAL	B	B	85 - 110	106 - 131
d_2	6	GLN	GLN	ALA	ALA	B	B	112 - 123	133 - 144
d_2	7	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	125 - 127	146 - 148
d_2	8	PRO	PRO	GLN	GLN	B	B	129 - 163	150 - 184
d_2	9	SER	SER	VAL	VAL	B	B	165 - 169	186 - 190
d_2	10	SER	SER	GLU	GLU	B	B	171 - 204	192 - 225
d_2	11	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	206 - 215	227 - 236
d_2	12	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	220 - 252	241 - 273
d_2	13	HIS	HIS	ALA	ALA	B	B	254 - 296	275 - 317
d_2	14	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	298 - 329	319 - 350
d_2	15	ARG	ARG	GLY	GLY	B	B	331 - 338	352 - 359
d_2	16	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	340 - 366	361 - 387
d_2	17	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	368 - 392	389 - 413
d_2	18	TFA	TFA	TFA	TFA	B	I	401
d_3	1	TYR	TYR	LEU	LEU	C	C	14 - 32	35 - 53
d_3	2	GLU	GLU	VAL	VAL	C	C	34 - 38	55 - 59
d_3	3	TRP	TRP	CYS	CYS	C	C	40 - 55	61 - 76
d_3	4	GLN	GLN	VAL	VAL	C	C	57 - 83	78 - 104
d_3	5	SER	SER	VAL	VAL	C	C	85 - 110	106 - 131
d_3	6	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	112 - 123	133 - 144
d_3	7	LEU	LEU	GLY	GLY	C	C	125 - 127	146 - 148
d_3	8	PRO	PRO	GLN	GLN	C	C	129 - 163	150 - 184
d_3	9	SER	SER	VAL	VAL	C	C	165 - 169	186 - 190
d_3	10	SER	SER	GLU	GLU	C	C	171 - 204	192 - 225
d_3	11	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	206 - 215	227 - 236
d_3	12	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	220 - 252	241 - 273
d_3	13	HIS	HIS	ALA	ALA	C	C	254 - 296	275 - 317
d_3	14	LEU	LEU	ARG	ARG	C	C	298 - 329	319 - 350
d_3	15	ARG	ARG	GLY	GLY	C	C	331 - 338	352 - 359
d_3	16	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	340 - 366	361 - 387
d_3	17	LEU	LEU	VAL	VAL	C	C	368 - 392	389 - 413
d_3	18	TFA	TFA	TFA	TFA	C	L	401

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.492878145343, -0.867342157979, 0.0692005407227), (-0.869746741956, -0.493379093848, 0.0108477928914), (0.0247333519798, -0.0655335848765, -0.99754378879)	3.75248972659, 23.0101758313, 34.5349810128
2	given	(0.518231151796, 0.855108993217, 0.0150027673258), (0.854989908727, -0.518424233986, 0.0151185181216), (0.0207057789684, 0.00499232760691, -0.99977314796)	-29.533173325, -61.0372331973, 68.555160343

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質	Cytochrome P450-SU1 分子量: 45332.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora sp. MW-13 (バクテリア) 遺伝子: C5N14_21030 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E2YLT4
#2: タンパク質・ペプチド	Fluorinated Biarylitide 分子量: 738.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 443分子

#3: 化合物	ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸分子量: 114.023 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂HF₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG400 and 14% PEG 20K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.858→46.73 Å / Num. obs: 103651 / % possible obs: 98.92 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.03 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.05374 / R_pim(I) all: 0.03053 / Net I/σ(I): 11.17
反射シェル	解像度: 1.858→1.924 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.7746 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 10268 / CC_1/2: 0.712 / CC star: 0.912 / R_pim(I) all: 0.4483 / % possible all: 97.99

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→46.73 Å / SU ML: 0.2524 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.3233
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	5168	4.99 %
R_work	0.1785	98424	-
obs	0.18	103592	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→46.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8679	0	216	434	9329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	9184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2713	12584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0668	1391
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0138	1676
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3214	3354

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.599273252711
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.541240235624

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.88	0.4038	153	0.3873	3279	X-RAY DIFFRACTION	97.81
1.88-1.9	0.3805	150	0.3536	3214	X-RAY DIFFRACTION	98.13
1.9-1.92	0.3886	157	0.321	3290	X-RAY DIFFRACTION	98.04
1.92-1.95	0.3244	159	0.3018	3225	X-RAY DIFFRACTION	98.14
1.95-1.97	0.316	180	0.2693	3214	X-RAY DIFFRACTION	98.32
1.97-2	0.2571	157	0.2502	3293	X-RAY DIFFRACTION	98.52
2-2.03	0.2432	162	0.228	3255	X-RAY DIFFRACTION	98.36
2.03-2.06	0.2493	173	0.213	3263	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.06-2.09	0.2244	187	0.185	3275	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.09-2.13	0.2003	193	0.1895	3170	X-RAY DIFFRACTION	98.59
2.13-2.16	0.2433	165	0.1811	3274	X-RAY DIFFRACTION	98.71
2.16-2.2	0.2295	184	0.1828	3300	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.2-2.24	0.2406	172	0.1803	3231	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.24-2.29	0.2043	151	0.1758	3322	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.29-2.34	0.2184	150	0.1743	3266	X-RAY DIFFRACTION	98.96
2.34-2.39	0.1942	158	0.1774	3303	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.45	0.2256	164	0.1774	3295	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.45-2.52	0.2015	172	0.1776	3255	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.52-2.6	0.188	173	0.1673	3291	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.6-2.68	0.2105	169	0.1622	3295	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.68-2.77	0.2013	174	0.1723	3330	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.77-2.89	0.2131	157	0.1833	3287	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.89-3.02	0.2206	199	0.1949	3255	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.02-3.18	0.2375	183	0.198	3306	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.18-3.38	0.2094	174	0.1759	3319	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.38-3.64	0.1966	198	0.1615	3271	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.64-4	0.1805	192	0.1565	3311	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4-4.58	0.1879	198	0.141	3312	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.58-5.77	0.1702	187	0.1635	3328	X-RAY DIFFRACTION	99.74
5.77-46.73	0.1904	177	0.1748	3395	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.14483574463	-0.24461641631	4.37205424521	4.92772648083	-3.2638170603	8.45978561894	0.288130457046	0.937611193655	-0.309217883939	0.30921998339	-0.269638047479	-1.29846438122	1.83234551333	1.18076535522	0.189574786126	0.517636356387	0.118887069134	-0.070231955105	0.726530033465	0.0115078778825	0.41348942949	53.287	11.884	35.047
2	1.93567425211	-1.64623721424	-0.00852769669792	5.05268701706	1.40115276565	5.92071032334	0.0994740638729	0.204874932262	0.147134225133	-0.152508513187	0.0222189481082	-0.44502532895	-0.380417534181	0.0725944647699	-0.203603362842	0.202892199432	-0.0967939295294	0.00771007190307	0.356319811428	-0.013902867702	0.326114042772	50.215	17.926	29.726
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精密化 TLSグループ

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17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN A AND RESID 337:350 )	A	337 - 350
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN A AND RESID 365:386 )	A	365 - 386
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN A AND ( RESID 387:393 OR RESID 401:402 ) )	A	387 - 393
21	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN A AND ( RESID 387:393 OR RESID 401:402 ) )	A	401 - 402
22	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN B AND RESID 12:28 )	B	12 - 28
23	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN B AND RESID 29:36 )	B	29 - 36
24	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN B AND RESID 37:54 )	B	37 - 54
25	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID 55:72 )	B	55 - 72
26	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN B AND RESID 73:79 )	B	73 - 79
27	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN B AND RESID 80:103 )	B	80 - 103
28	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN B AND RESID 104:125 )	B	104 - 125
29	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN B AND RESID 126:129 )	B	126 - 129
30	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN B AND RESID 130:156 )	B	130 - 156
31	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN B AND RESID 157:182 )	B	157 - 182
32	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN B AND RESID 183:198 )	B	183 - 198
33	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN B AND RESID 199:209 )	B	199 - 209
34	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN B AND RESID 210:233 )	B	210 - 233
35	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN B AND RESID 234:289 )	B	234 - 289
36	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN B AND RESID 290:297 )	B	290 - 297
37	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN B AND RESID 298:329 )	B	298 - 329
38	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN B AND RESID 330:335 )	B	330 - 335
39	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN B AND RESID 336:364 )	B	336 - 364
40	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN B AND RESID 365:391 )	B	365 - 391
41	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN B AND ( RESID 392:393 OR RESID 401:402 ) )	B	392 - 393
42	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN B AND ( RESID 392:393 OR RESID 401:402 ) )	B	401 - 402
43	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN C AND RESID 12:17 )	C	12 - 17
44	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN C AND RESID 18:36 )	C	18 - 36
45	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN C AND RESID 37:55 )	C	37 - 55
46	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN C AND RESID 56:85 )	C	56 - 85
47	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN C AND RESID 86:105 )	C	86 - 105
48	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN C AND RESID 106:124 )	C	106 - 124
49	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN C AND RESID 125:129 )	C	125 - 129
50	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN C AND RESID 130:162 )	C	130 - 162
51	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN C AND RESID 163:183 )	C	163 - 183
52	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN C AND RESID 184:197 )	C	184 - 197
53	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN C AND RESID 198:220 )	C	198 - 220
54	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN C AND RESID 221:233 )	C	221 - 233
55	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN C AND RESID 234:260 )	C	234 - 260
56	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN C AND RESID 261:283 )	C	261 - 283
57	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN C AND RESID 284:300 )	C	284 - 300
58	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN C AND RESID 301:330 )	C	301 - 330
59	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN C AND RESID 331:344 )	C	331 - 344
60	X-RAY DIFFRACTION	58	( CHAIN C AND RESID 345:367 )	C	345 - 367
61	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN C AND RESID 368:384 )	C	368 - 384
62	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN C AND ( RESID 385:393 OR RESID 401:401 ) )	C	385 - 393
63	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN C AND ( RESID 385:393 OR RESID 401:401 ) )	C	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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