PDB-9bvi: Identification of multiple ligand hotspots on SOS2, compound 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bvi

タイトル

Identification of multiple ligand hotspots on SOS2, compound 2

要素

Son of sevenless homolog 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / small molecule complex crystal structure / SOS2 / guanosine nucleotide exchange factor / RAS-activator / oncogenes / inhibitor of SOS-mediated guanosine nucleotide exchange

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of pro-B cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / Interleukin-15 signaling / Activation of RAC1 / NRAGE signals death through JNK / B cell homeostasis / regulation of T cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / insulin receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.787 Å

データ登録者

Phan, J. / Fesik, S.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of Small Molecules that Bind to Son of Sevenless 2 (SOS2).
著者: Zak, K.M. / Waterson, A.G. / Geist, L. / Braun, N. / Hauer, K. / Rumpel, K. / Ramharter, J. / Stadtmueller, H. / Wolkerstorfer, B. / Schoenbauer, D. / Cui, J. / Phan, J. / Abbott, J.R. / ...

履歴

登録	2024年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bvi.cif.gz	224.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bvi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bvi_validation.pdf.gz	726.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bvi_full_validation.pdf.gz	729.9 KB	表示
XML形式データ	9bvi_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	9bvi_validation.cif.gz	38.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/9bvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/9bvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bveC 9bvfC 9ginC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (23) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Son of sevenless homolog 2

ヘテロ分子

60.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.014, 86.382, 106.367
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Son of sevenless homolog 2 / SOS-2 分子量: 60492.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07890
#2: 化合物	ChemComp-A1ASW / 4-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)quinazolin-2-yl]amino}phenol 分子量: 335.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.5, 200 mM sodium sulfate, 5% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 56235 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.972 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	10.3	1.202	2792	0.76	0.929	0.395	1.266	1.039	100
1.83-1.86	10.3	0.966	2748	0.822	0.95	0.318	1.018	1.065	100
1.86-1.9	10.3	0.818	2793	0.854	0.96	0.269	0.862	1.057	100
1.9-1.94	10.2	0.72	2780	0.88	0.967	0.238	0.759	1.138	100
1.94-1.98	10.3	0.519	2765	0.94	0.984	0.17	0.546	1.029	100
1.98-2.03	10.3	0.362	2774	0.963	0.991	0.119	0.381	1.065	100
2.03-2.08	10.3	0.312	2800	0.972	0.993	0.102	0.329	0.971	100
2.08-2.13	10.3	0.248	2756	0.975	0.994	0.082	0.261	0.758	100
2.13-2.2	10.4	0.193	2777	0.988	0.997	0.063	0.203	1.058	100
2.2-2.27	10.3	0.183	2792	0.987	0.997	0.06	0.192	0.759	100
2.27-2.35	10.3	0.147	2800	0.993	0.998	0.048	0.154	0.831	100
2.35-2.44	10.4	0.124	2800	0.993	0.998	0.041	0.131	1.058	100
2.44-2.55	10.4	0.101	2789	0.995	0.999	0.033	0.107	1.012	100
2.55-2.69	10.3	0.086	2825	0.997	0.999	0.028	0.091	0.878	100
2.69-2.86	10.3	0.069	2806	0.998	0.999	0.023	0.073	0.96	100
2.86-3.08	10.3	0.068	2822	0.998	0.999	0.022	0.071	1.051	100
3.08-3.39	10.3	0.064	2852	0.998	0.999	0.021	0.067	1.069	100
3.39-3.88	10.2	0.049	2848	0.999	1	0.016	0.052	0.846	100
3.88-4.88	10.1	0.037	2895	0.999	1	0.012	0.039	0.93	100
4.88-50	9.4	0.034	3021	0.999	1	0.012	0.036	0.869	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1565	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.787→33.527 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	1999	3.56 %
R_work	0.1736	-	-
obs	0.1746	56160	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.787→33.527 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3912	0	25	462	4399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4090
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974	5531
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.903	1615
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	596
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	716

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.787-1.8316	0.3015	128	0.2663	3467	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8316-1.8811	0.2561	142	0.2346	3845	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8811-1.9365	0.2956	141	0.2372	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9365-1.999	0.2401	141	0.2008	3837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.999-2.0704	0.2451	144	0.1959	3887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0704-2.1533	0.2188	141	0.1879	3828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1533-2.2513	0.2208	143	0.1817	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2513-2.3699	0.2361	144	0.1832	3885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3699-2.5184	0.2132	142	0.1812	3854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5184-2.7127	0.2151	144	0.18	3910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7127-2.9856	0.2349	144	0.1866	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9856-3.4172	0.1954	146	0.1831	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4172-4.3039	0.1829	147	0.1541	3982	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3039-33.52	0.1593	152	0.1464	4117	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0474	0.2038	0.2744	0.2917	0.4108	0.2906	-0.037	0.0952	-0.0368	-0.157	0.0435	0.0646	-0.0482	0.0523	-0	0.229	-0.0125	-0.0089	0.2508	-0.0272	0.2206	-18.2605	-15.4974	-28.3819
2	0.4506	0.1401	0.1444	1.4602	0.4334	1.7823	0.0823	-0.0942	0.0286	0.1403	-0.0904	0.1846	0.1914	-0.1099	-0.002	0.2256	-0.023	0.0008	0.2051	-0.0219	0.2172	-21.0527	-17.6826	-16.3601
3	0.6536	0.2194	0.7777	0.5376	-0.1625	-0.0386	0.1741	-0.4128	-0.1226	0.1985	-0.1259	-0.0181	0.1231	-0.0878	-0.0116	0.4292	-0.0972	0.0229	0.3827	-0.0466	0.2576	-8.5753	-11.4022	0.0822
4	0.8668	0.7099	0.0519	1.3862	-0.0604	0.7929	0.0718	-0.0234	-0.0561	0.0541	-0.1082	-0.0373	0.0905	0.0453	0.0003	0.203	-0.0156	-0.0167	0.2014	-0.0039	0.1971	21.9291	8.4581	-4.8127
5	0.2787	0.0812	-0.1944	0.8647	-0.3255	0.7707	-0.0126	0.2635	-0.0897	-0.1771	0.059	-0.0745	0.4602	-0.0134	0	0.3554	-0.0143	0.0044	0.2618	-0.0096	0.3072	22.9109	0.3481	-17.9841
6	0.2994	0.3765	-0	0.5373	0.2211	0.2481	-0.1152	0.5833	0.4377	-0.1228	-0.0182	-0.1356	-0.056	0.3588	0.0001	0.2764	-0.0413	-0.0137	0.3453	0.0347	0.3305	-2.6049	-3.1735	-25.1886
7	0.6359	0.2098	-0.1281	0.1909	0.0923	0.5152	0.1068	-0.1691	-0.1665	0.2653	0.0617	0.3918	0.1238	-0.2917	-0.0004	0.3041	-0.0435	0.0031	0.3035	0.0493	0.27	17.0997	4.8309	2.6394
8	0.6194	0.3381	-0.0862	0.3077	0.1897	0.6593	0.0955	0.0399	-0.0562	0.2115	-0.089	-0.0544	-0.346	0.1948	-0	0.2494	-0.0508	-0.0256	0.2882	0.0272	0.2536	32.2755	21.4282	-5.4539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -4 through 616 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 617 through 701 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 702 through 762 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 763 through 896 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 897 through 944 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 945 through 976 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 977 through 1003 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1004 through 1045 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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